体外酶活性测定
验证kt-3283对PARP1、PARP2和HDAC的抑制活性
使用商业化的活性测定试剂盒测量kt-3283、奥拉帕利和伏立诺他对PARP1、PARP2和HDAC的抑制活性,计算IC50值。
A Bifunctional PARP-HDAC Inhibitor with Activity in Ewing Sarcoma
文献包含体外酶活性实验、细胞活力实验、细胞周期分析、DNA损伤检测、3D球体模型和离体肺转移模型等多个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。
TC32细胞 A673细胞 CHLA10细胞 TC32/A673细胞离体肺转移模型
细胞系:TC32、A673、CHLA10,STR鉴定且无支原体污染 药物处理:kt-3283与奥拉帕利、伏立诺他等比较,处理时间24或48小时(细胞周期) 剂量范围:kt-3283在纳摩尔浓度即有效,具体EC50为0.0163 μmol/L(TC32)、0.0342 μmol/L(A673)、0.053 μmol/L(CHLA10) 实验检测:细胞活力(IncuCyte、CellTiter-Glo)、细胞周期(PI染色)、DNA损伤(γH2AX、彗星实验) 体内外模型:3D球体和离体肺转移(PuMA),kt-3283在10 nmol/L即抑制转移
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证kt-3283对PARP1、PARP2和HDAC的抑制活性
使用商业化的活性测定试剂盒测量kt-3283、奥拉帕利和伏立诺他对PARP1、PARP2和HDAC的抑制活性,计算IC50值。
评估kt-3283对尤文肉瘤细胞系增殖的抑制作用
使用IncuCyte S3活细胞成像或CellTiter-Glo法处理三种尤文肉瘤细胞系(TC32、A673、CHLA10),测定EC50值,并与多种PARP和HDAC抑制剂比较。
检测kt-3283对细胞周期分布的影响
血清饥饿同步化后,用药物处理细胞,通过PI染色和流式细胞术分析细胞周期。
评估kt-3283诱导DNA损伤的能力
通过Western blot、免疫荧光检测γH2AX表达,并用彗星实验检测DNA损伤。
评估kt-3283对三维肿瘤球体生长的抑制效果
使用超低附着板形成球体后,药物处理4天,通过IncuCyte监测生长并计算EC50。
评估kt-3283对尤文肉瘤细胞肺转移定植的抑制效果
将表达tdTomato的TC32或A673细胞注射到NSG小鼠尾静脉,制备肺切片,离体培养14天,药物处理,通过荧光成像评估肿瘤负荷。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Iscove改良Dulbecco培养基 | Hyclone | SH30228.01 |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | Thermo Fisher Scientific | 41400045 | |
| 胎牛血清 | Gibco | A3160401 | |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875119 | |
| GlutaMAX补充剂 | Thermo Fisher Scientific | 35050061 | |
| DMEM培养基 | Gibco | 11995065 | |
| HDAC活性测定 | FLUOR DE LYS HDAC荧光活性检测试剂盒 | Enzo Life Sciences | BML-AK500-0001 |
| PARP活性测定 | HT通用比色PARP检测试剂盒 | R&D Systems | 4677-096-K |
| PARP2比色检测试剂盒 | BPS Bioscience | 80581 | |
| PAR形成实验 | 抗PAR/pADPr单克隆抗体 | R&D Systems | 4335-MC-100 |
| 山羊抗小鼠IgG-FITC | Thermo Scientific | F-2761 | |
| 细胞活力测定 | CellTiter-Glo检测试剂 | Promega | -- |
| Tecan Infinite M200Pro酶标仪 | Tecan | -- | |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶 | 未明确说明 | -- |
| 彗星实验 | 彗星实验试剂盒 | Trevigen | -- |
| SYBR Gold | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫荧光 | 抗磷酸化组蛋白H2AX(Ser 139)兔抗体 | Cell Signaling Technology | 2577 |
| 山羊抗兔IgG Alexa Fluor 488 | Abcam | ab150077 | |
| 含DAPI的VECTASHIELD抗淬灭封片剂 | Vector Laboratories | -- | |
| 共聚焦显微镜(奥林巴斯FV3000) | Olympus | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | 未明确说明 | -- |
| Pierce BCA蛋白检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| Mini-PROTEAN TGX预制蛋白胶 | Bio-Rad | 4561084 | |
| 硝酸纤维素膜 | 未明确说明 | -- | |
| LICOR Odyssey封闭缓冲液 | LI-COR | -- | |
| H2AX兔抗体 | Abcam | ab11175 | |
| 驴抗兔IRDye800CW二抗 | LI-COR | 926-32213 | |
| Odyssey扫描仪 | LI-COR | -- | |
| 球体形成实验 | 96孔透明圆底超低吸附微孔板 | Corning | 7007 |
| 肺转移实验 | PneumaCult-ALI培养基 | STEMCELL Technologies | 05001 |
| 低熔点琼脂糖 | Lonza | -- | |
| 青霉素/链霉素 | 未明确说明 | -- | |
| 明胶海绵 | 未明确说明 | -- | |
| 35毫米玻璃底培养皿 | IBIDI | -- | |
| 倒置蔡司Observer.Z1 Colibri显微镜 | Zeiss | -- | |
| 免疫组化 | Ventana Discovery Ultra自动染色仪 | Ventana Medical Systems | -- |
| 抗CD99兔多克隆抗体 | Abcam | ab27271 | |
| UltraMap DAB抗兔检测试剂盒 | Ventana | -- | |
| 徕卡扫描仪(Aperio AT2) | Leica Microsystems | -- | |
| Aperio eSlide管理软件 | Leica Microsystems | -- | |
| 数据分析 | GraphPad Prism 8 | GraphPad Software Inc. | -- |
| FlowJo v10 | FlowJo LLC | -- | |
| 图像分析 | ImageJ | NIH | -- |
| OpenComet | 未明确说明 | -- | |
| 活细胞成像 | IncuCyte S3系统 | Sartorius | 4647 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、传代数、支原体检测结果 阅读提示:见Materials and Methods中的Cell culture部分 |
| 体外酶活性测定 | 化合物浓度梯度、检测试剂盒型号、孵育时间、IC50计算方法 阅读提示:见Materials and Methods中的HDAC activity assay、PARP1/2 activity assay和PAR formation assay部分 |
| 细胞活力实验 | 细胞种板密度、药物处理浓度、处理时间、检测方法(IncuCyte或CellTiter-Glo) 阅读提示:见Materials and Methods中的Cell viability assay部分 |
| 细胞周期分析 | 血清饥饿时间、药物浓度、处理时间、PI染色液成分、流式细胞仪设置 阅读提示:见Materials and Methods中的Cell-cycle analysis部分 |
| DNA损伤检测 | 药物浓度、处理时间、γH2AX抗体稀释度、彗星实验电泳电压和时间 阅读提示:见Materials and Methods中的Alkaline comet assay和Immunofluorescence部分 |
| 球体形成实验 | 细胞数、球体大小、药物浓度、处理时间、图像分析参数 阅读提示:见Materials and Methods中的Spheroid formation assay部分 |
| 肺转移实验 | 小鼠品系、细胞注射数量、药物浓度、离体培养时间、图像分析参数 阅读提示:见Materials and Methods中的Pulmonary metastasis assay部分 |