一种在尤文肉瘤中具有活性的双功能PARP-HDAC抑制剂

A Bifunctional PARP-HDAC Inhibitor with Activity in Ewing Sarcoma

作者信息Louise Ramos, Sarah Truong, Beibei Zhai, Jay Joshi, Fariba Ghaidi, Michael M Lizardo, Taras Shyp, Sonia H Y Kung, Alireza M Rezakhanlou, Htoo Zarni Oo, Hans Adomat, Stephane Le Bihan, Colin Collins, Jeffrey Bacha, Dennis Brown, John Langlands, Wang Shen, Nada Lallous, Poul H Sorensen, Mads Daugaard
PMID37279093
发布时间2023-09-01
DOI10.1158/1078-0432.CCR-22-3897

实验完整度

文献包含体外酶活性实验、细胞活力实验、细胞周期分析、DNA损伤检测、3D球体模型和离体肺转移模型等多个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。

主要模型

TC32细胞 A673细胞 CHLA10细胞 TC32/A673细胞离体肺转移模型

重点核对

细胞系:TC32、A673、CHLA10,STR鉴定且无支原体污染 药物处理:kt-3283与奥拉帕利、伏立诺他等比较,处理时间24或48小时(细胞周期) 剂量范围:kt-3283在纳摩尔浓度即有效,具体EC50为0.0163 μmol/L(TC32)、0.0342 μmol/L(A673)、0.053 μmol/L(CHLA10) 实验检测:细胞活力(IncuCyte、CellTiter-Glo)、细胞周期(PI染色)、DNA损伤(γH2AX、彗星实验) 体内外模型:3D球体和离体肺转移(PuMA),kt-3283在10 nmol/L即抑制转移

摘要

目的:组蛋白去乙酰化酶(HDAC)抑制已被证明可在DNA修复功能完善的癌细胞中诱导药理性“BRCAness”。这为探索HDAC和PARP抑制剂联合治疗对单药PARP抑制剂(PARPi)不敏感的癌症类型提供了依据。在此,我们报告了一种新型双功能PARPi(kt-3283)在尤文肉瘤细胞中对PARP1/2和HDAC酶具有双重活性的概念和表征。实验设计:使用PARP1/2、HDAC活性和PAR形成实验测量对PARP1/2和HDAC的抑制作用。通过IncuCyte活细胞成像、CellTiter-Glo和球体实验评估细胞毒性。使用碘化丙啶染色和流式细胞术测定细胞周期谱。通过γH2AX表达和彗星实验检查DNA损伤。通过离体肺转移实验(PuMA)评估kt-3283对转移潜能的抑制。结果:与FDA批准的PARP(奥拉帕利)和HDAC(伏立诺他)抑制剂相比,kt-3283在尤文肉瘤模型中显示出增强的细胞毒性。kt-3283诱导的细胞毒性与纳摩尔浓度范围内的强烈S和G2-M细胞周期阻滞以及通过γH2AX追踪和彗星实验评估的DNA损伤升高相关。在尤文肉瘤的三维球体模型中,kt-3283在低于奥拉帕利和伏立诺他的浓度下显示出疗效,并且kt-3283在离体PuMA模型中抑制了尤文肉瘤细胞的定植。结论:我们的数据证明了在临床试验中研究双重PARP和HDAC抑制治疗尤文肉瘤的临床前合理性,并为双功能单分子治疗策略提供了概念验证。转化相关性:PARP抑制剂(PARPi)的临床应用主要限于同源重组DNA修复机制有缺陷的癌症,例如BRCA1或BRCA2的有害突变。尽管临床前数据显示出令人鼓舞的抗肿瘤效果,但在尤文肉瘤的II期临床试验中,第一代PARPi的反应并不理想。要在尤文肉瘤中获得PARP抑制的持久反应,需要采用能够提高PARP抑制效率的策略。组蛋白去乙酰化酶(HDAC) inhibition是已知的药理性“BRCAness”诱导剂,基于尤文肉瘤细胞对单药HDAC抑制的既定敏感性,构成了一种有吸引力的方法。在此,我们描述并表征了一种靶向PARP1/2和HDAC酶的双特异性单分子抑制剂在尤文肉瘤模型系统中的性能。我们的数据为在临床试验中测试双重PARP-HDAC抑制策略提供了论据。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
研究旨在评估双重PARP-HDAC抑制策略是否能在尤文肉瘤中增强抗肿瘤效果,并验证新型双功能分子kt-3283的潜力。
核心机制
kt-3283通过同时抑制PARP1/2和HDAC酶,诱导细胞周期阻滞(S和G2/M)和DNA损伤,从而发挥细胞毒性作用。
主要证据
体外实验显示kt-3283抑制PARP1/2和HDAC活性;细胞实验显示其在纳摩尔浓度下诱导细胞周期阻滞和DNA损伤,且比单药抑制剂更有效;3D球体和离体肺转移模型证实其在低浓度下抑制肿瘤生长和转移。
研究意义
研究为双重PARP-HDAC抑制策略在尤文肉瘤中的临床应用提供了临床前依据,并支持开发单分子双功能抑制剂作为治疗策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

体外酶活性测定

验证kt-3283对PARP1、PARP2和HDAC的抑制活性

使用商业化的活性测定试剂盒测量kt-3283、奥拉帕利和伏立诺他对PARP1、PARP2和HDAC的抑制活性,计算IC50值。

2

细胞活力实验

评估kt-3283对尤文肉瘤细胞系增殖的抑制作用

使用IncuCyte S3活细胞成像或CellTiter-Glo法处理三种尤文肉瘤细胞系(TC32、A673、CHLA10),测定EC50值,并与多种PARP和HDAC抑制剂比较。

3

细胞周期分析

检测kt-3283对细胞周期分布的影响

血清饥饿同步化后,用药物处理细胞,通过PI染色和流式细胞术分析细胞周期。

4

DNA损伤检测

评估kt-3283诱导DNA损伤的能力

通过Western blot、免疫荧光检测γH2AX表达,并用彗星实验检测DNA损伤。

5

3D球体生长抑制实验

评估kt-3283对三维肿瘤球体生长的抑制效果

使用超低附着板形成球体后,药物处理4天,通过IncuCyte监测生长并计算EC50。

6

离体肺转移实验(PuMA)

评估kt-3283对尤文肉瘤细胞肺转移定植的抑制效果

将表达tdTomato的TC32或A673细胞注射到NSG小鼠尾静脉,制备肺切片,离体培养14天,药物处理,通过荧光成像评估肿瘤负荷。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Iscove改良Dulbecco培养基HycloneSH30228.01
胰岛素-转铁蛋白-硒Thermo Fisher Scientific41400045
胎牛血清GibcoA3160401
RPMI-1640培养基Gibco11875119
GlutaMAX补充剂Thermo Fisher Scientific35050061
DMEM培养基Gibco11995065
FLUOR DE LYS HDAC荧光活性检测试剂盒Enzo Life SciencesBML-AK500-0001
HT通用比色PARP检测试剂盒R&D Systems4677-096-K
PARP2比色检测试剂盒BPS Bioscience80581
抗PAR/pADPr单克隆抗体R&D Systems4335-MC-100
山羊抗小鼠IgG-FITCThermo ScientificF-2761
CellTiter-Glo检测试剂Promega--
Tecan Infinite M200Pro酶标仪Tecan--
碘化丙啶未明确说明--
彗星实验试剂盒Trevigen--
SYBR GoldThermo Fisher Scientific--
抗磷酸化组蛋白H2AX(Ser 139)兔抗体Cell Signaling Technology2577
山羊抗兔IgG Alexa Fluor 488Abcamab150077
含DAPI的VECTASHIELD抗淬灭封片剂Vector Laboratories--
共聚焦显微镜(奥林巴斯FV3000)Olympus--
RIPA裂解液未明确说明--
Pierce BCA蛋白检测试剂盒Thermo Fisher Scientific23225
Mini-PROTEAN TGX预制蛋白胶Bio-Rad4561084
硝酸纤维素膜未明确说明--
LICOR Odyssey封闭缓冲液LI-COR--
H2AX兔抗体Abcamab11175
驴抗兔IRDye800CW二抗LI-COR926-32213
Odyssey扫描仪LI-COR--
96孔透明圆底超低吸附微孔板Corning7007
PneumaCult-ALI培养基STEMCELL Technologies05001
低熔点琼脂糖Lonza--
青霉素/链霉素未明确说明--
明胶海绵未明确说明--
35毫米玻璃底培养皿IBIDI--
倒置蔡司Observer.Z1 Colibri显微镜Zeiss--
Ventana Discovery Ultra自动染色仪Ventana Medical Systems--
抗CD99兔多克隆抗体Abcamab27271
UltraMap DAB抗兔检测试剂盒Ventana--
徕卡扫描仪(Aperio AT2)Leica Microsystems--
Aperio eSlide管理软件Leica Microsystems--
GraphPad Prism 8GraphPad Software Inc.--
FlowJo v10FlowJo LLC--
ImageJNIH--
OpenComet未明确说明--
IncuCyte S3系统Sartorius4647

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
细胞系来源、培养基、血清浓度、传代数、支原体检测结果
阅读提示:见Materials and Methods中的Cell culture部分
体外酶活性测定
化合物浓度梯度、检测试剂盒型号、孵育时间、IC50计算方法
阅读提示:见Materials and Methods中的HDAC activity assay、PARP1/2 activity assay和PAR formation assay部分
细胞活力实验
细胞种板密度、药物处理浓度、处理时间、检测方法(IncuCyte或CellTiter-Glo)
阅读提示:见Materials and Methods中的Cell viability assay部分
细胞周期分析
血清饥饿时间、药物浓度、处理时间、PI染色液成分、流式细胞仪设置
阅读提示:见Materials and Methods中的Cell-cycle analysis部分
DNA损伤检测
药物浓度、处理时间、γH2AX抗体稀释度、彗星实验电泳电压和时间
阅读提示:见Materials and Methods中的Alkaline comet assay和Immunofluorescence部分
球体形成实验
细胞数、球体大小、药物浓度、处理时间、图像分析参数
阅读提示:见Materials and Methods中的Spheroid formation assay部分
肺转移实验
小鼠品系、细胞注射数量、药物浓度、离体培养时间、图像分析参数
阅读提示:见Materials and Methods中的Pulmonary metastasis assay部分