单细胞RNA测序揭示人类高级别浆液性卵巢癌的组织架构

Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Tissue Architecture in Human High-Grade Serous Ovarian Cancer

作者信息Junfen Xu, Yifeng Fang, Kelie Chen, Sen Li, Sangsang Tang, Yan Ren, Yixuan Cen, Weidong Fei, Bo Zhang, Yuanming Shen, Weiguo Lu
PMID35675036
发布时间2022-08-15
DOI10.1158/1078-0432.CCR-22-0296

摘要

目的:高级别浆液性卵巢癌的异质性尚未得到充分研究,这严重阻碍了其临床治疗。因此,有必要在其肿瘤微环境中表征HGSOC的异质性。 实验设计:通过深度单细胞RNA测序分析了7例早期或晚期初治HGSOC患者和5例年龄匹配的非恶性卵巢样本的肿瘤。 结果:从HGSOC和非恶性卵巢组织中获取的共59,324个单细胞进行了scRNA-seq测序。在这些细胞中,肿瘤细胞以一组上皮-间质转化相关基因特征为标志,其中NOTCH1、SNAI2、TGFBR1和WNT11的组合被进一步选为预测HGSOC患者不良预后的基因组合。表达α-SMA、波形蛋白、COL3A、COL10A和MMP11的基质癌症相关成纤维细胞是HGSOC肿瘤中的主要CAFs,并能在共培养系统中诱导卵巢癌细胞的EMT特性。特定的免疫细胞亚群,如C7-APOBEC3A M1巨噬细胞、CD8+ TRM和TEX细胞,在早期肿瘤中优先富集。此外,免疫共抑制受体TIGIT在CD8+ TEX细胞上高表达,阻断TIGIT可显著减少小鼠模型中卵巢癌的肿瘤生长。 结论:我们通过scRNA-seq分析的转录组学结果描绘了早期或晚期HGSOC的生态系统景观,重点关注了其与TME的异质性。我们研究结果的主要应用包括用于预测HGSOC患者预后的四基因EMT模型、mCAFs增强卵巢癌细胞侵袭的能力以及抗TIGIT治疗的潜在治疗价值。

实验方法

产品清单

名称品牌货号
MACS组织储存液Miltenyi Biotec--
胶原酶IVSigma--
胶原酶ISigma--
脱氧核糖核酸酶IWorthington--
细胞筛--40-μm
细胞筛--35-μm
红细胞裂解缓冲液Solarbio--
RPMI1640培养基----
胎牛血清----
Countstar荧光细胞分析仪----
MACS死细胞去除试剂盒Miltenyi Biotec--
10× Genomics Chromium Controller仪器10× Genomics--
Chromium单细胞3' V3试剂盒10× Genomics--
Qubit高灵敏度DNA检测试剂盒Thermo Fisher Scientific--
高灵敏度DNA芯片----
Bioanalyzer 2200生物分析仪Agilent--
Illumina测序仪Illumina--
Transwell共培养系统Corning3460
12孔板----
ZEB1抗体Cell Signaling Technology3396
波形蛋白抗体Cell Signaling Technology5741
Snail抗体Cell Signaling Technology3879
GAPDH抗体Santa Cruz Biotechnologysc47727
Quantity One软件Bio-Rad Laboratories, Inc--
PET径迹蚀刻膜FALCON353097
基质胶Corning356234
宏观显微镜LeicaDMI 4000B
胶原酶IVSigma--
脱氧核糖核酸酶IRoche--
RPMI1640培养基Gibco--
细胞筛--70-μm
Percoll梯度液GE Healthcare Life Sciences--
GraphPad Prism软件--9.2