鉴定SPHK1在TAMs中的表达及其临床相关性
确定SPHK1在CRLM中的表达模式及其与患者预后的关系。
使用免疫荧光和生物信息学分析评估人类CRC和CRLM样本中SPHK1表达;利用组织微阵列进行IHC并分析生存数据。
Targeting SPHK1 in macrophages remodels the tumor microenvironment and enhances anti-PD-1 immunotherapy efficacy in colorectal cancer liver metastasis
包含体外共培养、多个小鼠肝转移模型、CyTOF、RNA-seq、蛋白质组学及临床样本分析,并进行功能验证(敲除/抑制剂)和机制验证(信号通路)。
MC38和CT26小鼠结肠癌肝转移模型 BMDM和THP-1来源的TAM 人类CRC组织微阵列和CRLM/CRC配对样本
SPHK1抑制剂PF543剂量(5 mg/kg)和SKI II剂量(50 mg/kg)经腹腔注射 SPHK1−/−小鼠(C57BL/6背景)用于基因敲除实验 抗PD-1抗体(克隆RMP1-14)剂量200 μg BMDMs与MC38细胞体外共培养比例为1:1 S1P处理浓度(10 μmol/L)和NLRP3激活条件(LPS 500 ng/mL 3h,ATP 5 mmol/L 30min)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定SPHK1在CRLM中的表达模式及其与患者预后的关系。
使用免疫荧光和生物信息学分析评估人类CRC和CRLM样本中SPHK1表达;利用组织微阵列进行IHC并分析生存数据。
在体内模型中检验药理学或遗传学抑制SPHK1对肝转移的影响。
在脾-肝转移模型中用SPHK1抑制剂(PF543或SKI II)处理小鼠,并与SPHK1−/−小鼠比较肝转移灶数量和大小;检测S1P水平。
确定SPHK1缺失是否改变TAMs和CD8+ T细胞等免疫细胞的比例和功能。
通过CyTOF、流式细胞术和IHC分析WT和SPHK1−/−小鼠肝转移瘤中免疫细胞亚群比例及CD8+ T细胞耗竭标志物。
阐明SPHK1产生的S1P如何通过受体和下游信号激活NLRP3炎性小体。
用S1P处理BMDM和THP-1来源的TAM,检测NLRP3、IL-1β、Caspase1表达;使用S1PR抑制剂和激动剂鉴定受体;敲低P65和HIF-1α验证信号通路。
确定SPHK1+ TAM分泌的IL-1β是否通过作用于CRC细胞影响TAM募集和CD8+ T细胞功能。
用重组IL-1β处理CRC细胞,检测趋化因子表达和分泌蛋白组;在共培养体系中验证对CD8+ T细胞CD62L和PD-1表达的影响;动物实验用anakinra阻断IL-1R。
检测SPHK1抑制剂与免疫治疗联合的协同抗肿瘤作用。
在MC38和CT26肝转移模型中用抗PD-1抗体联合SPHK1抑制剂治疗,评估肿瘤负荷、生存期和免疫指标;在皮下+肝转移模型中联合放疗。
验证SPHK1在预测免疫治疗反应中的价值。
对人类肿瘤样本(非响应者 vs 响应者)和公共数据集进行IHC和生物信息学分析,评估SPHK1表达与生存及治疗反应的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM高糖培养基 | Gibco | -- |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 细胞分化 | 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | InvivoGen | -- |
| 动物实验 | PF543 | MedChemExpress | -- |
| SKI II | MedChemExpress | -- | |
| 表达小鼠Sphk1的腺相关病毒载体 | Vigene Biosciences | -- | |
| 抗CSF1R抗体克隆AFS98 | BioXcell | -- | |
| 抗CD8单克隆抗体克隆YTS 169.4 | BioXcell | -- | |
| 抗PD-1抗体(克隆RMP1-14) | BioXcell | -- | |
| 阿那白滞素 | MedChemExpress | -- | |
| 免疫荧光 | SPHK1抗体 | Proteintech | 10670-1-AP |
| 磷酸化SPHK1(Ser225)抗体 | Proteintech | 19561-1-AP | |
| CD68抗体 | Abcam | ab213363 | |
| IL-1β抗体 | Abcam | ab9722 | |
| NLRP3抗体 | Abcam | ab283819 | |
| F4/80抗体 | Cell Signaling Technology | 70076 | |
| CD19抗体 | Proteintech | 66298-1-lg | |
| CD3抗体 | Proteintech | 17617-1-AP | |
| CD31抗体 | Proteintech | 66065-1-lg | |
| α平滑肌肌动蛋白抗体 | Proteintech | 67735-1-lg | |
| CD11c抗体 | Proteintech | 17342-1-AP | |
| EPCAM抗体 | Proteintech | 21050-1-AP | |
| 免疫组织化学 | SPHK1抗体 | Abmart | PK69865 |
| CD8抗体 | Abcam | ab245118 | |
| CD8抗体 | Abcam | ab209775 | |
| F4/80抗体 | Cell Signaling Technology | 70076 | |
| CCL2抗体 | Proteintech | 26161-1-AP | |
| ADAM17抗体 | Huabio | ET1703-06 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | TaKaRa | -- |
| NanoDrop 8000 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 反转录 | PrimeScript RT-PCR试剂盒 | TaKaRa | -- |
| qPCR | SYBR Premix Ex Taq | TaKaRa | -- |
| LightCycler 96检测系统 | Roche | -- | |
| 流式细胞术 | 胶原酶IV | Sigma-Aldrich | -- |
| 脱氧核糖核酸酶I型 | Sigma-Aldrich | -- | |
| ACK裂解液 | Leagene | -- | |
| IC固定缓冲液 | Biolegend | -- | |
| 胞内染色透化洗涤缓冲液 | Biolegend | -- | |
| 含布雷菲德菌素A的细胞激活混合物 | Biolegend | -- | |
| 膜联蛋白V结合缓冲液 | KeyGen BioTech | -- | |
| 质谱流式 | GentleMACS系统 | Miltenyi Biotec | -- |
| Helios CyTOF系统 | Fluidigm | -- | |
| CD8+ T细胞分离 | 抗CD8磁珠 | Miltenyi Biotec | -- |
| PBMC分离 | Histopaque®-1077 | Sigma-Aldrich | -- |
| SepMate-50 | Stemcell Technologies | -- | |
| 细胞计数 | Countess 3自动细胞计数器 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| T细胞激活 | 抗CD3抗体 | -- | -- |
| 抗CD28抗体 | -- | -- | |
| 白细胞介素-2 | Peprotech | -- | |
| 细胞处理 | 1-磷酸鞘氨醇 | Avanti Polar Lipids | -- |
| 脂多糖 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 三磷酸腺苷 | InvivoGen | -- | |
| W146 | MedChemExpress | -- | |
| JET013 | MedChemExpress | -- | |
| TY52156 | MedChemExpress | -- | |
| CYM50358 | MedChemExpress | -- | |
| CYM5520 | MedChemExpress | -- | |
| 细胞转染 | 嘌呤霉素 | Sigma-Aldrich | -- |
| Lipofectamine 3000 | Invitrogen | -- | |
| 细胞因子测定 | Bio-Plex Pro人细胞因子27-Plex免疫测定试剂盒 | BioRad | -- |
| 小鼠炎症抗体芯片C1 | Ray Biotech | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Amresco | -- |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白测定试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Western blot | 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | -- |
| 增强化学发光试剂盒(FDbio-pico ECL) | Fude Bio | -- | |
| ELISA | 人或小鼠IL-1β ELISA试剂盒 | Dakewe | -- |
| 小鼠ADAM17 ELISA试剂盒 | Cusabio | -- | |
| 重组蛋白 | 重组IL-1β | SinoBiological | -- |
| Transwell | Transwell小室(12µm孔径) | Corning | -- |
| 基质胶 | BD Biosciences | -- | |
| RNA测序 | Bioanalyzer 2100 | Agilent | -- |
| Illumina NovaSeq 6000平台 | Illumina | -- | |
| 成像 | Zeiss LSM 880共聚焦激光扫描显微镜 | Zeiss | -- |
| OLYMPUS DP22显微镜 | Olympus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系培养 | 细胞系来源(MC38、CT26、L929、HCT116、THP-1)及培养条件,包括培养基(DMEM或RPMI-1640)、FBS浓度、抗生素浓度、CO2浓度 阅读提示:材料与方法 2.1 Cell lines |
| 动物模型建立 | 小鼠品系(C57BL/6或BALB/c)、年龄(6-9周)、细胞注射数量和途径、肿瘤生长时间(3-4周) 阅读提示:材料与方法 2.4 Tumor models |
| SPHK1抑制处理 | PF543剂量(5 mg/kg)和SKI II剂量(50 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、给药频率(每三天一次)、起始时间(第4天) 阅读提示:材料与方法 2.5 Animal treatments |
| 联合治疗 | 抗PD-1抗体剂量(200 μg)、给药时间(第7、10、13、16天)、放疗剂量(8 Gy ×2)和时间(第6、7天) 阅读提示:材料与方法 2.5 Animal treatments |
| TAMs培养和处理 | BMDM诱导条件(20% L929条件培养基)、S1P浓度(10 μmol/L)、LPS浓度(500 ng/mL)、ATP浓度(5 mmol/L)、处理时间 阅读提示:材料与方法 2.3, 2.14 |