筛选胆管癌免疫检查点
确定胆管癌微环境中高表达的免疫检查点分子
通过流式细胞术检测患者肿瘤、癌旁和正常组织中CD8+ TIL上PD-1、Tim-3、Lag3、Tigit、BTLA、CTLA4、CD244和CD160的表达。
Enhancement of CAR-T cell activity against cholangiocarcinoma by simultaneous knockdown of six inhibitory membrane proteins
包含体外细胞系杀伤实验、类器官共培养、体内人源化小鼠模型等多个证据层级,并有功能验证和机制验证。
人胆管癌细胞系TFK-1和HuCCT1 人胆管癌类器官 人源化NSG小鼠移植瘤模型 患者来源的胆管癌组织样本
EGFR-CAR-T和B7H3-CAR-T的靶向杀伤活性需在TFK-1和HuCCT1细胞系中验证(LDH释放实验) PD-1、Tim-3、Tigit在胆管癌CD8+ TIL上的高表达需通过流式细胞术确认 PTG和T16R shRNA簇的敲低效率需通过qRT-PCR检测(需降低60%-75%) 体外杀伤实验中CAR-T与肿瘤细胞共培养比例(10:1至0.625:1)和24小时时间点 人源化NSG小鼠模型中,肿瘤接种细胞数(5×10^6 TFK-1)、PBMC注射量(1×10^7)、CAR-T细胞输注量(1×10^6)和给药途径
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定胆管癌微环境中高表达的免疫检查点分子
通过流式细胞术检测患者肿瘤、癌旁和正常组织中CD8+ TIL上PD-1、Tim-3、Lag3、Tigit、BTLA、CTLA4、CD244和CD160的表达。
产生靶向EGFR和B7H3的CAR-T细胞
构建携带EGFR或B7H3特异性scFv的第三代CAR慢病毒载体,转导激活的人CD8+ T细胞。
同时降低CAR-T细胞表面免疫检查点和细胞因子受体的表达
通过两个shRNA簇(PTG和T16R)在CAR-T细胞中敲低PD-1、Tim-3、Tigit和TGFβR、IL-10R、IL-6R,并用qRT-PCR检测敲低效率。
评估修饰后CAR-T细胞对靶细胞的杀伤能力
将不同修饰的CAR-T细胞与TFK-1或HuCCT1细胞以不同比例共培养24小时,通过LDH释放实验检测细胞毒性。
在更接近真实肿瘤微环境的模型中验证CAR-T细胞功能
将自体CAR-T细胞与患者来源的胆管癌类器官共培养24小时,通过caspase 3/7探针检测凋亡。
评估CAR-T细胞在体内的抗肿瘤作用和长期疗效
NSG小鼠皮下接种TFK-1细胞并注射人PBMC,随后静脉输注修饰CAR-T细胞,测量肿瘤体积、生存期,并分析肿瘤浸润CAR-T细胞和脾脏中央记忆T细胞。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | GIBCO | -- |
| RPMI-1640培养基 | GIBCO | -- | |
| 胎牛血清 | GIBCO | -- | |
| 青霉素-链霉素 | GIBCO | -- | |
| KBM581淋巴细胞无血清培养基 | Corning | -- | |
| GlutaMAX补充剂 | GIBCO | -- | |
| 非必需氨基酸 | GIBCO | -- | |
| T细胞激活 | 抗CD3抗体 | Biolegend | 317326 |
| 抗CD28抗体 | Biolegend | 302934 | |
| T细胞培养 | 重组人IL-2 | R&D Systems | BT-002-050 |
| 慢病毒包装 | 磷酸盐转染系统 | Beyotime | -- |
| 慢病毒转导 | 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | -- |
| RNA提取 | TRIZOL试剂 | Ambion | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | TaKaRa | -- |
| CFX96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 蛋白提取 | NP40裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | -- | |
| Western blot | SDS上样缓冲液 | GBCBIO | -- |
| SurePAGE预制胶 | Genscript | -- | |
| 硝酸纤维素转移膜 | HUAYUN | -- | |
| 牛血清白蛋白 | MRC | -- | |
| 抗flag单克隆抗体 | Proteintech | 66008-4-Ig | |
| 抗GAPDH单克隆抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 山羊抗兔IRDye 800CW二抗 | Li-cor | 926-32211 | |
| 山羊抗小鼠IRDye 680RD二抗 | Li-cor | 926-68070 | |
| 流式细胞术 | AF647-EGFR抗体 | BD Biosciences | 563577 |
| PE-CD276 (B7H3)抗体 | Biolegend | 331605 | |
| APC-CD8a抗体 | eBioscience | 17-0086-42 | |
| PE/CY7-PD-1抗体 | BD Biosciences | 561272 | |
| Brilliant Violet 421-Tim-3抗体 | BD Biosciences | 565536 | |
| PE-Lag3抗体 | eBioscience | 12-2239-41 | |
| PerCP-eFluor 710-Tigit抗体 | eBioscience | 46-9500-42 | |
| PE/CY7-BTLA抗体 | Biolegend | 344516 | |
| PerCP-eFluor 710-CTLA4抗体 | eBioscience | 46-1529-42 | |
| Pacific Blue-CD244抗体 | Biolegend | 329524 | |
| PE-CD160抗体 | eBioscience | 12-1609-42 | |
| Pacific Blue-CD8抗体 | Biolegend | 301033 | |
| FITC-CCR7抗体 | eBioscience | 11-1979-42 | |
| PerCP/CY5.5-CD45RO抗体 | Biolegend | 304221 | |
| 流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- | |
| FlowJo软件 | Tree Star | -- | |
| 细胞毒性实验 | CytoTox96非放射性细胞毒性检测试剂盒 | Promega | -- |
| 类器官培养 | 基质胶 | Corning | -- |
| Advanced DMEM/F12培养基 | GIBCO | -- | |
| HEPES缓冲液 | GIBCO | -- | |
| 无维生素A的B27添加剂 | GIBCO | -- | |
| N2添加剂 | GIBCO | -- | |
| 烟酰胺 | Sigma-Aldrich | -- | |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 重组人[Leu15]-胃泌素I | Sigma-Aldrich | -- | |
| A8301 (TGF-β受体抑制剂) | Sigma-Aldrich | -- | |
| 人重组EGF | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 人重组HGF | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 人重组FGF-10 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| Y-27632 (ROCK抑制剂) | Sigma-Aldrich | -- | |
| Wnt3a条件培养基 | -- | -- | |
| TrypLE Express消化液 | GIBCO | -- | |
| 类器官杀伤实验 | CellTrace Farred细胞标记染料 | Invitrogen | -- |
| Caspase 3/7探针 | Invitrogen | -- | |
| BioTek-lionheart FX成像系统 | BioTek | -- | |
| 体内实验 | IV型胶原酶 | Sigma-Aldrich | -- |
| Percoll密度梯度 | GE Healthcare | -- | |
| 流式细胞术 | 重组人EGFR蛋白 | NovoProtein | CI61 |
| 重组HIV gp120-8His蛋白 | NovoProtein | CP93 | |
| PE标记抗His抗体 | Biolegend | 362603 | |
| BD Cytofix/Cytoperm固定/透化试剂盒 | BD Biosciences | -- | |
| Pacific Blue-IFN-γ抗体 | eBioscience | 48-7319-42 | |
| 免疫组织化学 | 抗人B7H3单克隆抗体 | Proteintech | 66481-1-Ig |
| 抗人EGFR单克隆抗体 | Affinity Biosciences | AF6043 | |
| 抗小鼠IgG HRP标记二抗 | Servicebio | GB23301 | |
| Pannoramic MIDI扫描仪 | 3DHISTECH | -- | |
| 组织学分析 | DM6000B显微镜 | Leica | -- |
| AxioScan.Z1扫描仪 | Carl Zeiss Microscopy GmbH | -- | |
| ZEN 2.3软件 | Carl Zeiss Microscopy GmbH | -- | |
| CaseViewer 2.4软件 | 3DHISTECH | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 7.0软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源:HEK293T、TFK-1、HuCCT1、Jurkat均来自ATCC;培养基和添加剂:DMEM、RPMI-1640、10% FBS、1%青霉素-链霉素;培养条件:37°C、5% CO2。 阅读提示:参见Materials and Methods 2.1节 |
| CD8+ T细胞分离和培养 | 健康志愿者PBMC来源和伦理审批;CD8+ T细胞纯化使用BD IMag试剂盒(Cat#557941);激活条件:2 μg/mL anti-CD3、1 μg/mL anti-CD28;培养基:KBM581补充1%青霉素-链霉素、2 mmol/L GlutaMAX、0.1 mmol/L非必需氨基酸;细胞因子:10 ng/mL IL-2每3天。 阅读提示:参见Materials and Methods 2.2节 |
| CAR慢病毒载体构建和转导 | scFv序列来源:EGFR-CAR来自西妥昔单抗,B7H3-CAR来自mAb 376.96;CAR结构:CD28、CD137、CD3ζ;shRNA簇:PTG靶向PD-1、Tim-3、Tigit,T16R靶向TGFβRII、IL-10RA、IL-6R;包装系统:pMD.2G、psPAX2;转导条件:polybrene 8 μg/mL、离心350×g 90分钟。 阅读提示:参见Materials and Methods 2.3和2.4节 |
| 体外细胞毒性实验 | 效应细胞:不同修饰的CAR-T细胞;靶细胞:TFK-1和HuCCT1;效靶比:从10:1至0.625:1;共培养时间:24小时;检测方法:LDH释放实验(CytoTox96试剂盒);阴性对照:GP120-CAR-T。 阅读提示:参见Materials and Methods 2.7节和Results 3.1及3.3节 |
| 类器官培养和杀伤实验 | 患者肿瘤组织来源和消化方法;类器官培养基成分(见原文2.8节);共培养比例:10:1;CAR-T细胞标记:CellTrace Farred;凋亡检测:caspase 3/7探针;共培养时间:24小时。 阅读提示:参见Materials and Methods 2.8节 |
| 人源化小鼠模型 | 小鼠品系:6周龄雌性NSG小鼠;肿瘤细胞接种:5×10^6 TFK-1皮下注射;PBMC注射:1×10^7静脉注射;CAR-T输注:1×10^6细胞静脉注射,在肿瘤接种后7天;IL-2给药:1 μg/只腹腔注射每3天;肿瘤测量频率:每3天;终点事件:死亡、衰弱或肿瘤体积>1500 mm3;观察至28天。 阅读提示:参见Materials and Methods 2.9节和Results 3.5节 |