H1N1感染HRMECs及病毒复制验证
验证H1N1能否感染HRMECs并产生有感染性的子代病毒。
HRMECs以MOI 0.1感染H1N1,在感染后24、48、72小时收集细胞和上清,进行TCID50实验测定病毒滴度,并用CCK-8和显微镜观察细胞活力和形态变化。
Response of Human Retinal Microvascular Endothelial Cells to Influenza A (H1N1) Infection and the Underlying Molecular Mechanism
体外细胞感染模型,RNA-seq、RT-qPCR、Western blot验证,CCK-8和划痕实验评估功能,但未进行基因敲除/过表达及体内实验。
人视网膜微血管内皮细胞(HRMECs) MDCK细胞(用于病毒扩增和滴定)
H1N1感染HRMECs的感染复数(MOI)为0.1 感染后24、48、72小时的时间点 奥司他韦(奥斯他韦酸)的最大无毒浓度为100 nmol/L,最佳抑制浓度为1 nmol/L RT-qPCR验证的基因包括CXCL5、CXCL10、CXCL11、CCL5、TLR3、C3、IFNA1、IFNB1、IFNG、IFIH1、ISG15、STAT1、HLA、CASP1和TNFSF10
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证H1N1能否感染HRMECs并产生有感染性的子代病毒。
HRMECs以MOI 0.1感染H1N1,在感染后24、48、72小时收集细胞和上清,进行TCID50实验测定病毒滴度,并用CCK-8和显微镜观察细胞活力和形态变化。
分析H1N1感染后HRMECs的基因表达变化并鉴定差异表达基因。
感染后提取总RNA,进行RNA-seq,使用DESeq2和edgeR分析DEGs(FDR<0.05,|log2FC|≥1),并进行GO和KEGG富集分析及PPI分析。
验证RNA-seq结果中差异表达基因的表达水平。
使用RT-qPCR检测15个代表性基因(如CXCL5、CXCL10等)在各时间点的表达,以GAPDH为内参,采用2−ΔΔCt法计算相对表达量。
评估奥司他韦对H1N1感染诱导的HRMECs损伤的影响。
首先用CCK-8法测定奥司他韦在不同浓度下的细胞毒性以确定最大无毒浓度,然后检测不同浓度下对H1N1感染细胞活力的影响以确定最佳抑制浓度;随后,用奥司他韦处理感染细胞,通过RT-qPCR和Western blot检测炎症因子表达,并通过CCK-8和划痕实验检测细胞增殖和迁移能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | EBM-2内皮细胞基础培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 病毒扩增与滴定 | MDCK细胞 | -- | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA测序 | RNA 6000 Nano LabChip试剂盒 | Agilent Technologies | 50671511 |
| Illumina Novaseq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| RT-qPCR | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞毒性检测 | CCK-8试剂盒 | APExBio | -- |
| Western blotting | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010 |
| β-Actin一抗 | Cell Signaling Technology | 4967S | |
| HLA一抗 | Proteintech | 17260-1-AP | |
| STAT1一抗 | Cell Signaling Technology | 9172T | |
| TLR3一抗 | Cell Signaling Technology | 6961S | |
| CXCL11一抗 | Abcam | ab216157 | |
| CXCL10一抗 | Abcam | ab306587 | |
| C3一抗 | Abcam | ab181147 | |
| HRP标记的抗兔二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| 超灵敏ECL底物 | Abbkine | BMU102-CN | |
| TBST缓冲液 | Solarbio | T1085 | |
| 药物处理 | 奥司他韦酸(奥斯他韦活性代谢物) | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| H1N1感染HRMECs | MOI=0.1,感染后培养于无血清培养基,温度35°C,时间点24、48、72小时 阅读提示:材料与方法:H1N1 Infection of HRMECs and Sample Preparation |
| RNA-seq | RNA质量分析:Bioanalyzer 2100和RNA 6000 Nano LabChip Kit;测序平台:Illumina Novaseq 6000;差异表达基因阈值:FDR<0.05,绝对倍数变化≥2 阅读提示:材料与方法:Generation of a cDNA Library and RNA Sequencing;Identification and Enrichment Analyses |
| RT-qPCR验证 | 使用TRIzol提取RNA,反转录试剂盒为RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit,内参为GAPDH,采用2−ΔΔCt法,3个生物学重复 阅读提示:材料与方法:Validation of DEGs Using RT-qPCR |
| 奥司他韦干预 | 最大无毒浓度:100 nmol/L;最佳抑制浓度:1 nmol/L;处理时间:24小时;使用细胞活力检测(CCK-8)和划痕实验评估迁移能力 阅读提示:材料与方法:Cell Toxicity Assay;Determination of the Optimal Drug Concentration;结果:Oseltamivir Effectively Inhibits HRMECs Alterations Induced by H1N1 |
| Western blot | 蛋白提取试剂盒(BB-319811-50T;Bestbio),蛋白浓度测定BCA试剂盒(P0010;Beyotime),一抗稀释比例1:1000,β-Actin作为内参 阅读提示:材料与方法:Western Blotting |