患者招募与突变鉴定
鉴定FEVR家系中的FZD4错义突变并验证其与疾病的共分离。
对五名FEVR先证者及其家庭成员进行眼部检查和靶向基因panel测序,并通过Sanger测序验证突变。
Identification of Novel FZD4 Mutations in Familial Exudative Vitreoretinopathy and Investigating the Pathogenic Mechanisms of FZD4 Mutations
包括患者家系测序与验证、细胞水平功能实验(蛋白表达、信号活性、膜定位、norrin结合、DVL2招募)及多组独立证据层级,符合高实验完整度标准。
HEK293T细胞 HEK293STF细胞 HeLa细胞 FEVR患者家系样本
五个新发突变的基因型-表型共分离(Sanger测序) 转染WT或突变FZD4质粒的剂量(1200 ng)及时间(48小时) Norrin/β-catenin活性检测的转染方案(pGL4.1-Renilla 100 ng, LRP5 25 ng, FZD4 5/15/25 ng)及norrin条件培养基处理时间(24小时) 膜定位分析中EndoH/PNGaseF处理及WGA染色 norrin结合实验中norrin条件培养基孵育浓度和时间(4°C 45分钟)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定FEVR家系中的FZD4错义突变并验证其与疾病的共分离。
对五名FEVR先证者及其家庭成员进行眼部检查和靶向基因panel测序,并通过Sanger测序验证突变。
评估FZD4突变对蛋白表达水平的影响。
构建携带34个突变(包括5个新发突变)的FZD4表达质粒,转染HEK293T细胞,通过Western blot检测蛋白表达水平。
评估FZD4突变对Norrin/β-catenin信号通路激活能力的影响。
使用双荧光素酶报告基因实验,在HEK293STF细胞中共转染Renilla、LRP5和不同剂量的WT或突变FZD4,再用norrin条件培养基处理,检测荧光素酶活性。
分析FZD4突变对细胞膜定位的影响。
通过EndoH/PNGaseF处理和免疫荧光染色,检测突变体在细胞膜和ER的分布。
评估FZD4突变对norrin配体结合能力的影响。
通过免疫共沉淀(Co-IP)和免疫荧光定量分析,检测FZD4突变体与norrin的结合能力。
评估FZD4突变对DVL2招募能力的影响。
通过免疫荧光观察DVL2的膜招募情况,并通过WNT/β-catenin信号活性实验验证功能影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因测序 | RetCam | Natus Medical Incorporated | -- |
| Optos 200Tx | Optos | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 质粒构建 | Q5定点突变试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| 转染 | Entranster-H4000转染试剂 | Engreen Biosystem | -- |
| 蛋白提取 | 蛋白酶抑制剂混合物 | -- | -- |
| Western blot | EndoH糖苷内切酶 | New England Biolabs | -- |
| PNGaseF糖苷酶 | Yeasen | -- | |
| 免疫共沉淀 | 抗HA磁珠 | -- | -- |
| Western blot | 兔抗FLAG抗体 | Proteintech | 20543-1-AP |
| 大鼠抗HA抗体 | Roche | 3F10 | |
| 兔抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 辣根过氧化物酶标记的抗兔二抗 | Proteintech | SA0001-2 | |
| 辣根过氧化物酶标记的抗大鼠二抗 | Proteintech | SA00001-15 | |
| RT-qPCR | TrizolUP试剂 | TransGen Biotech | -- |
| TranScript一步法cDNA合成预混液 | TransGen Biotech | -- | |
| 7500 Fast实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫荧光 | 麦胚凝集素(WGA)-647 | ThermoFisher | W32466 |
| DAPI染料 | Cell Signaling Technology | 4083 | |
| 兔抗FLAG抗体 | Cell Signaling Technology | 14793S | |
| Alexa fluor 488驴抗大鼠二抗 | ThermoFisher | A-21208 | |
| Alexa fluor 647驴抗兔二抗 | ThermoFisher | A-31573 | |
| LSM900共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Yeasen | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.0软件 | -- | -- |
| 质粒构建 | pcDNA3.1载体 | -- | -- |
| pDsRed2-ER质粒 | Youbio Biotechnology | -- | |
| pGL4.1-Renilla质粒 | Promega | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 突变鉴定 | 测序方法:靶向基因panel测序(MyGenostics)和Sanger测序验证;样本:先证者及家庭成员;诊断标准:视网膜血管发育异常 阅读提示:Methods: Ethical Declarations, Clinical Evaluation, and Gene Sequencing |
| 细胞培养和转染 | 细胞系:HEK293T、HEK293STF、HeLa;培养条件:37°C,5% CO2,DMEM+10%FBS+1%P/S;转染试剂:Entranster-H4000;转染剂量和时间 阅读提示:Methods: Cell Culture and Plasmids Construction |
| Western blot和Co-IP | 裂解液成分:150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 1% Triton X-100;蛋白酶抑制剂;抗体信息;EndoH/PNGaseF处理 阅读提示:Methods: Western Blot and Co-Immunoprecipitation (Co-IP) |
| RT-qPCR | RNA提取试剂:TrizolUP;cDNA合成试剂;PCR系统;引物序列;内参基因GAPDH 阅读提示:Methods: RT-qPCR |
| 免疫荧光 | 固定液:4% PFA;膜标记:WGA-647;norrin条件培养基孵育条件;抗体;荧光染料;显微镜;共定位分析软件 阅读提示:Methods: Immunofluorescence Staining |
| 双荧光素酶报告基因 | 细胞系:HEK293STF;转染方案:Renilla、LRP5、FZD4剂量;norrin条件培养基处理;检测系统 阅读提示:Methods: Dual-Luciferase Reporter Assay |
| DVL2招募分析 | 共转染FZD4和DVL2质粒;免疫荧光染色;细胞计数 阅读提示:Figure 5 legends and Methods |