组织样本收集与分组
获取HSCR患者和对照的结肠组织,以进行后续分析。
收集HSCR患者术中切取的结肠样本(分为远端神经节段、近端神经节段和神经节段缺失区),以及非HSCR对照(肠动力障碍但神经节细胞存在)的直肠/远端结肠样本。
NAD+ metabolic collapse and arrest of epithelial development in Hirschsprung disease
该研究主要基于患者组织样本进行单细胞转录组分析及免疫荧光/免疫组化验证,包含多层级验证,但缺乏功能实验或动物模型,因此判定为中等。
HSCR患者远端神经节段结肠组织 非HSCR对照远端结肠组织
患者样本分组:HSCR(远端神经节段结肠)vs 非HSCR对照 单细胞RNA测序及上皮亚群分析 免疫荧光/免疫组化标记物:KRT20、γH2A.X、PARP1、TOM20、PAR NAD+生物合成酶(NAMPT等)和消耗酶(SIRT6/7、PARP1-4)的差异表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取HSCR患者和对照的结肠组织,以进行后续分析。
收集HSCR患者术中切取的结肠样本(分为远端神经节段、近端神经节段和神经节段缺失区),以及非HSCR对照(肠动力障碍但神经节细胞存在)的直肠/远端结肠样本。
明确HSCR上皮的细胞组成、分化状态和代谢通路变化。
对远端结肠组织进行单细胞RNA测序,提取上皮细胞亚群,进行UMAP聚类、拟时间分析和差异表达分析,评估NAD+代谢、氧化磷酸化等通路。
在蛋白水平验证转录组结果,确认关键标记物的表达变化。
对石蜡切片进行免疫荧光和免疫组化染色,检测KRT20、γH2A.X、PARP1、TOM20和PAR的表达,并定量阳性面积或细胞数。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫荧光 | TOM20抗体 | Santa Cruz | sc-11415 |
| γH2A.X抗体 | Cell Signaling Technology | 2577 | |
| PARP1抗体 | Cell Signaling Technology | 9542 | |
| KRT20抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-31979 | |
| 免疫组化 | PAR抗体 | R and D Systems | 4335-MC-100 |
| 免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
| Alexa Fluor偶联二抗 | -- | -- | |
| 免疫组化 | HRP标记的马抗小鼠二抗 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织样本与分组 | HSCR患者远端神经节段结肠的定义(紧邻无神经节段,不包括更近端肠段);对照为非HSCR但有肠动力障碍的患儿 阅读提示:Methods: Tissue collection |
| 单细胞测序 | 上皮亚群提取标准;单细胞数据整合与批次校正流程;差异表达阈值 阅读提示:Methods: Epithelial subset extraction and pseudo-time analysis; Differential gene expression and pathway enrichment |
| 免疫荧光/组化 | 抗体稀释度、抗原修复条件、封闭条件、定量方法、每个样本的隐窝和视野数、统计方法 阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining; Immunohistochemical staining; 图1和图2图注 |
| 统计 | 通路活性得分比较方法(Wilcoxon秩和检验)、多重比较校正方法(BH)、显著性阈值 阅读提示:Methods: Statistical analysis |