鉴定c-Abl介导的PARIS磷酸化位点
确定c-Abl是否直接磷酸化PARIS以及主要磷酸化位点。
在SH-SY5Y细胞中共表达FLAG-PARIS野生型或突变体(Y121F、Y137F、Y403F)与GFP-Bcr-Abl,通过免疫沉淀和磷酸化酪氨酸抗体检测;体外激酶实验使用重组GST-PARIS和c-Abl。
Parkin interacting substrate phosphorylation by c-Abl drives dopaminergic neurodegeneration
包含体外细胞实验(SH-SY5Y、原代多巴胺能神经元)、体内动物模型(AAV-PARIS小鼠、parkin条件敲除小鼠)、患者样本分析及机制验证(ChIP、激酶实验、转录组分析)。
人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞 小鼠原代多巴胺能神经元 AAV-PARIS小鼠模型 成年parkin条件敲除小鼠模型 帕金森病患者死后脑组织样本
SH-SY5Y细胞中FLAG-PARIS野生型或突变体(Y121F、Y137F、Y403F)与GFP-Bcr-Abl共转染,检测PARIS Y137磷酸化及KAP1结合 SH-SY5Y细胞中PARIS过表达伴随c-Abl激活,STI-571或尼罗替尼抑制c-Abl活性 AAV-PARIS小鼠模型:立体定位注射AAV-PARIS至SNpc,3周后行为学及免疫组化分析,尼罗替尼给药(50 mg/kg/day,i.p.,2周) parkin条件敲除小鼠:AAV-GFPCre注射至parkinfl/fl小鼠SNpc,3个月后行为学及组织学分析,尼罗替尼给药(200 mg/kg饮食,p.o.,2个月) 帕金森病患者死后皮层切片免疫荧光检测PARIS、pY137-PARIS、MDM4、pS15-p53表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定c-Abl是否直接磷酸化PARIS以及主要磷酸化位点。
在SH-SY5Y细胞中共表达FLAG-PARIS野生型或突变体(Y121F、Y137F、Y403F)与GFP-Bcr-Abl,通过免疫沉淀和磷酸化酪氨酸抗体检测;体外激酶实验使用重组GST-PARIS和c-Abl。
探究PARIS磷酸化是否影响细胞死亡。
在SH-SY5Y细胞中过表达PARIS及Y137F突变体,用台盼蓝排斥实验检测细胞活力,TUNEL染色检测凋亡,并使用c-Abl抑制剂或CRISPR敲除验证。
鉴定受PARIS磷酸化调控的下游靶基因和通路。
在SH-SY5Y细胞中表达mock、PARIS野生型或Y137F突变体,进行微阵列分析,筛选差异表达基因,并通过RT-qPCR验证。
验证PARIS磷酸化是否通过表观遗传机制抑制MDM4表达。
在SH-SY5Y细胞中检测MDM4 mRNA和蛋白水平,使用TSA抑制HDAC,ChIP检测PARIS与MDM4启动子IRS基序结合及组蛋白乙酰化状态。
在体内评估PARIS过表达对多巴胺能神经元的影响及c-Abl的参与。
将AAV-PARIS或对照注射到小鼠SNpc,进行行为学测试、TH免疫组化、立体计数、TUNEL染色和分子检测,并用尼罗替尼处理。
探究parkin缺失是否通过c-Abl-PARIS通路导致神经退行性变。
向parkinfl/fl小鼠SNpc注射AAV-GFPCre建立成年parkin敲除模型,进行行为学、组织学及分子分析,并用尼罗替尼处理或共注射AAV-Y137F-PARIS。
评估PARIS磷酸化与MDM4抑制在帕金森病患者中的相关性。
对帕金森病患者及年龄匹配对照的死后皮层切片进行免疫荧光检测PARIS、pY137-PARIS、MDM4、p53,并进行相关分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | STI-571(伊马替尼) | Sigma | SML1027 |
| 尼罗替尼 | Cayman Chemical | 641571-10-0 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | GIBCO | 11995073 |
| 胎牛血清 | GIBCO | 26140079 | |
| 青霉素-链霉素 | Sigma | P4333 | |
| X-tremeGENE HP转染试剂 | Roche | 6366546001 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | ThermoFisher Scientific | L3000015 | |
| 抗体 | GFP抗体(兔) | Cell Signaling Technology | 2956 |
| GFP抗体(小鼠) | Santa Cruz Biotechnology | sc-9996 | |
| FLAG抗体 | Sigma | F1804 | |
| PARIS(ZNF746)抗体 | Proteintech | 24543-1-AP | |
| 磷酸化c-Abl抗体 | Cell Signaling Technology | 2868 | |
| c-Abl抗体 | Sigma | A5844 | |
| MDM4抗体 | Proteintech | 17914-1-AP | |
| 磷酸化p53抗体 | Cell Signaling Technology | 9284 | |
| p53抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-126 | |
| PGC-1α抗体 | Calbiochem | ST1202 | |
| NRF1抗体 | Abcam | ab34682 | |
| 酪氨酸羟化酶抗体 | Novus Biologicals | NB300-109 | |
| Parkin抗体 | Cell Signaling Technology | 4211 | |
| 乙酰化组蛋白H3抗体 | Merck Millipore | 06-599 | |
| 组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | 4620 | |
| HRP偶联FLAG抗体 | Sigma | 8592 | |
| HRP偶联HA抗体 | Cell Signaling Technology | 2999 | |
| HRP偶联β-肌动蛋白抗体 | Sigma | A3854 | |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce | -- |
| RT-qPCR | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 170-8891 |
| SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | 4309155 | |
| 微阵列 | RNeasy小型试剂盒 | QIAGEN | 74104 |
| 药物处理 | 曲古抑菌素A | Sigma | T8552 |
| Z-VAD-FMK(泛caspase抑制剂) | Sigma | C2105 | |
| 细胞培养 | 多聚鸟氨酸 | -- | -- |
| 纤连蛋白 | -- | -- | |
| 胰岛素 | Sigma | I9278 | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | R&D Systems | -- | |
| 表皮生长因子 | R&D Systems | -- | |
| 抗坏血酸 | Sigma | -- | |
| 抗体 | Alexa Fluor 568偶联驴抗兔IgG | Invitrogen | A10042 |
| Alexa Fluor 488偶联山羊抗兔IgG | Invitrogen | A11008 | |
| Alexa Fluor 568偶联驴抗小鼠IgG | Invitrogen | A10037 | |
| Alexa Fluor 488偶联驴抗小鼠IgG | Invitrogen | A21202 | |
| DAPI | Sigma | D9542 | |
| 免疫荧光 | Immu-Mount封片剂 | ThermoFisher Scientific | 9990402 |
| 细胞活力检测 | Countess II自动细胞计数器 | Life Technologies | -- |
| 凋亡检测 | TUNEL凋亡检测试剂盒 | Abcam | ab661110 |
| 线粒体功能检测 | JC-1线粒体膜电位检测试剂盒 | Cayman Chemical | 10009172 |
| 荧光检测 | SYNERGYneo酶标仪 | Bio-Tek | -- |
| 荧光显微镜 | Axio Imager M2荧光显微镜 | Zeiss | -- |
| 蛋白提取 | Diax 900匀浆器 | -- | -- |
| 免疫共沉淀 | 蛋白G琼脂糖珠 | GE Healthcare | 18-0618-01 |
| 免疫沉淀 | SulfoLink偶联柱 | Thermo Fisher Scientific | 44999 |
| RNA提取 | QIAzol裂解试剂 | QIAGEN | 79306 |
| RT-qPCR | QuantStudio 6 Flex实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| 载体构建 | QuikChange II定点突变试剂盒 | Agilent | 200522 |
| 动物实验 | AAV1载体 | Vector Biolabs | 7002 |
| AAV-GFPCre病毒 | Vector Biolabs | 7015 | |
| pAM-CBA-WPRE-bGHpA质粒 | -- | -- | |
| 免疫组织化学 | Vectastain ABC试剂盒 | Vector Laboratories | -- |
| DAB显色底物 | Sigma | D4293 | |
| 转染 | pCMV-Tag2A-FLAG载体 | Stratagene | -- |
| pLenti-CRISPR-V2质粒 | Addgene | 52961 | |
| TRIM28(HA-KAP1)质粒 | Addgene | 10841 | |
| c-Abl gRNA质粒 | Addgene | 77733 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系(SH-SY5Y)来源、培养基成分、转染试剂及转染时间 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| c-Abl磷酸化PARIS的体外验证 | 重组蛋白浓度、激酶反应条件、STI-571浓度 阅读提示:Methods: In vitro kinase assay; Figure 1C |
| PARIS过表达诱导细胞毒性 | 转染质粒、细胞密度、处理药物浓度(STI-571、3AB、Z-VAD) 阅读提示:Methods: Cell viability assay; Figure 2A-C |
| AAV-PARIS小鼠模型 | 病毒滴度、注射体积、坐标、小鼠品系和年龄、尼罗替尼给药方案 阅读提示:Methods: Animal experiments; Figure 5 |
| parkin条件敲除小鼠模型 | parkin floxed小鼠来源、AAV-GFPCre注射、尼罗替尼饮食浓度、Y137F-PARIS共注射 阅读提示:Methods: Animal experiments; Figure 6 |
| 临床样本分析 | 帕金森病患者和对照的死后脑组织来源、切片处理、抗体使用及定量方法 阅读提示:Methods: Immunofluorescence; Results: Clinical relevance; Figure 8 |