样本收集与scRNA-seq
获取HAL和对照样本的单细胞转录组数据
收集17个淋巴结组织样本,包括14例HIV阳性(6例DLBCL、5例BL、1例PBL、1例RLH、1例TM_LN)和3例HIV阴性DLBCL,采用SeekOne®平台进行scRNA-seq。
The single-cell immune landscape of HIV-associated aggressive B-cell lymphoma
包含单细胞转录组、免疫荧光验证、细胞通讯分析等多个证据层级,并进行功能验证。
HIV+ DLBCL肿瘤组织 HIV+ BL肿瘤组织 HIV- DLBCL肿瘤组织 HIV感染者PBMC(用于对比分析)
HIV+ DLBCL vs HIV- DLBCL样本数(6 vs 3) scRNA-seq质量控制阈值(基因数>6000或<500,线粒体>20%,血红蛋白>1%) 免疫荧光抗体浓度(GZMB 1:500, CD8 1:200, MHC-I 1:100, CD19 1:200) 统计方法(Wilcoxon检验、Mann-Whitney检验等)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取HAL和对照样本的单细胞转录组数据
收集17个淋巴结组织样本,包括14例HIV阳性(6例DLBCL、5例BL、1例PBL、1例RLH、1例TM_LN)和3例HIV阴性DLBCL,采用SeekOne®平台进行scRNA-seq。
识别主要细胞类型及亚型
对scRNA-seq数据进行质量控制、标准化、聚类和可视化,基于标记基因识别9种主要细胞类型,并通过inferCNV区分恶性B细胞。
揭示HAL恶性B细胞的转录组特征
对恶性B细胞亚群进行差异表达、GO/KEGG富集、GSVA、SCENIC分析,比较HIV+与HIV-样本。
探究HAL特有的非恶性B细胞亚型及其分化轨迹
对非恶性B细胞进行亚聚类,鉴定出B_naive1/2和B_memory1/2,并通过Monocle2进行轨迹分析。
评估HAL中T细胞的亚型和功能状态
对T细胞进行亚聚类,比较HIV+和HIV- DLBCL中Treg、CD8+ T细胞的差异表达基因、GSVA、免疫荧光验证GZMB的极化。
揭示HAL中巨噬细胞亚型的免疫抑制特征
对髓系细胞进行亚聚类,分析巨噬细胞的M1/M2评分、抗原呈递评分、吞噬评分。
比较HIV+和HIV- DLBCL中的细胞间相互作用
使用CellChat分析恶性细胞、C1QA+巨噬细胞与T细胞亚型之间的配体-受体相互作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本制备 | 多组织解离试剂盒2 | Miltenyi Biotec | 130-110-203 |
| 死细胞去除试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-090-101 | |
| Countstar® Rigel S2细胞分析仪 | Countstar | -- | |
| scRNA-seq文库构建 | SeekOne®数字液滴系统 | SeekGene | -- |
| SeekOneDD单细胞3'文库制备试剂盒 | SeekGene | K00104-04 | |
| 定量PCR试剂盒 | KAPA Biosystems | KK4824 | |
| scRNA-seq测序 | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| 免疫荧光 | GZMB抗体 | Abcam | ab283315 |
| CD8抗体 | Absin | abs171445 | |
| MHC-I抗体 | Santa Cruz | sc-55582 | |
| CD19抗体 | Proteintech | 27949-1-AP | |
| DAPI | Beyotime | C1002 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 样本来源、HIV状态、诊断类型(DLBCL/BL等) 阅读提示:Methods 2.1 |
| scRNA-seq | 测序平台、文库构建试剂盒、细胞活力、质量控制阈值 阅读提示:Methods 2.2-2.4 |
| 免疫荧光 | 抗体稀释比例、样本数量(5 HIV+ DLBCL, 5 HIV- DLBCL)、图像采集与分析细节 阅读提示:Methods 2.12 |
| 数据统计分析 | 统计方法(Wilcoxon检验、Mann-Whitney检验等)及显著性阈值 阅读提示:Methods 2.13 |