单细胞测序和空间转录组学分析
鉴定早期EC中的细胞亚群及其空间分布
对8个早期EC组织样本进行scRNA-seq,鉴定7种主要细胞类型和上皮细胞亚群;对1个FFPE样本进行空间转录组学分析,验证CD47+CDK1+亚群的位置。
Targeting the CD47-HCK-LGALS9 axis disrupts proliferation-immunosuppression coupling in early-stage endometrial cancer
包含患者样本的单细胞测序、空间转录组学、蛋白质组学,体外细胞功能实验、分子对接、GST pull-down、CUT&Tag,以及类器官共培养等体内外验证。
早期子宫内膜癌患者组织样本 HEC-1A和KLE细胞系 THP-1来源巨噬细胞 患者来源类器官(PDO)
CD47抑制剂RRX-001处理浓度(5、6.25、7.5 µM)及作用时间 重组LGALS9(rLGALS9,50 ng/mL)处理浓度及时间 ERRγ抑制剂GSK5182处理浓度(10、20、30 µM)及时间 THP-1分化及共培养条件(PMA 100 ng/mL;Transwell共培养体系) 类器官培养条件(Matrigel比例、培养基、处理时间)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定早期EC中的细胞亚群及其空间分布
对8个早期EC组织样本进行scRNA-seq,鉴定7种主要细胞类型和上皮细胞亚群;对1个FFPE样本进行空间转录组学分析,验证CD47+CDK1+亚群的位置。
验证CD47对EC细胞增殖、凋亡和细胞周期的影响
用CD47抑制剂RRX-001处理HEC-1A和KLE细胞,进行CCK-8、流式细胞术、Western blot和RT-qPCR检测。
验证CD47与LGALS9、HCK的相互作用
通过分子对接预测CD47与LGALS9和HCK的结合,通过GST pull-down质谱法鉴定与CD47相互作用的巨噬细胞蛋白。
研究EC细胞与巨噬细胞之间的相互作用及其对免疫微环境的影响
使用Transwell共培养系统,将EC细胞与THP-1来源巨噬细胞共培养,检测细胞因子分泌和吞噬功能。
鉴定CD47的上游转录因子并验证其调控作用
通过CUT&Tag和双荧光素酶报告基因实验验证ERRγ与CD47启动子结合,并用siRNA/过表达载体调控ERRγ表达。
在3D类器官模型中验证CD47在早期EC中的作用
建立EC患者来源类器官,转染ov-CD47或对照病毒,进行增殖检测和与巨噬细胞共培养的吞噬实验。
在临床样本中验证CD47及相关分子的表达和预后意义
通过多重免疫荧光(mIF)、免疫组化(IHC)和蛋白质组学分析,检测CD47、LGALS9等的表达并分析其与预后的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5A培养基 | Procell Life Science & Technology | PM150718 |
| RPMI-1640培养基 | Procell Life Science & Technology | PM150122 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10091148 | |
| 抗生素-抗真菌溶液 | Basal Media | B120901 | |
| 药物处理 | RRX-001 | MCE | HY-16438 |
| 重组LGALS9蛋白 | Sino Biological | 11147-H01H | |
| GSK5182 | -- | SML3150 | |
| 孕酮 | MCE | HY-N0437 | |
| 雌二醇 | MCE | HY-B0141 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | APExBIO | -- |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| 流式分析 | 膜联蛋白V-APC | -- | -- |
| 7-AAD | -- | -- | |
| Western blot | ERRγ抗体 | R&D | -- |
| CD47抗体 | CST | -- | |
| 细胞周期蛋白D1抗体 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PCNA抗体 | ABclonal | -- | |
| Bcl-2抗体 | CST | -- | |
| Bax抗体 | CST | -- | |
| GAPDH抗体 | ImmunoWay | -- | |
| 山羊抗兔二抗 | Proteintech | -- | |
| 山羊抗小鼠二抗 | Proteintech | -- | |
| RT-qPCR | 逆转录系统 | Promega | A2791 |
| Eastep qPCR预混液 | Promega | -- | |
| ELISA | ELISA试剂盒 | ABclonal | -- |
| ELISA试剂盒 | Huabio | -- | |
| 细胞分化 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | -- | -- |
| 吞噬实验 | Dil染料 | Beyotime | -- |
| CFSE | Beyotime | -- | |
| GST pull-down | GST磁珠 | -- | -- |
| GST标记CD47蛋白 | -- | -- | |
| 类器官培养 | 基质胶 | -- | -- |
| 类器官增殖检测 | CCL 3D试剂 | -- | -- |
| 免疫组织化学 | LGALS9抗体 | Proteintech | -- |
| DAB显色剂 | -- | -- | |
| 多重免疫荧光 | CDK1抗体 | Proteintech | -- |
| 单细胞测序 | Chromium单细胞3'文库和凝胶珠试剂盒v3.1 | 10x Genomics | 1000121 |
| Chromium单细胞G芯片试剂盒 | 10x Genomics | 1000120 | |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | CapitalBio Technology | -- | |
| 空间转录组学 | Visium空间基因表达FFPE工作流程 | 10x Genomics | PN-1000336 |
| 单细胞数据分析 | Cell Ranger | 10x Genomics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和处理 | 细胞系来源、培养基、处理药物(RRX-001、rLGALS9、GSK5182、孕激素等)的浓度和时间 阅读提示:Methods中的Cell line construction and culture部分 |
| 共培养和吞噬实验 | THP-1分化条件、共培养时间、靶细胞与巨噬细胞比例 阅读提示:Methods中的Co-culture of EC cells and macrophages和In vitro phagocytosis assay部分 |
| 类器官实验 | 类器官来源、培养条件、病毒转染效率、共培养时间 阅读提示:Methods中的Patient-derived organoids (PDOs) generation and cultivation、Organoids virus transfection、Organoid proliferation assay和Phagocytosis in vivo部分 |
| 免疫组化和多重免疫荧光 | 抗体稀释比例、样本类型、评分标准 阅读提示:Methods中的Immunohistochemistry (IHC)和Multiplex Immunofluorescence (mIF)部分 |
| 数据分析 | 单细胞数据的质控参数、聚类参数、差异表达阈值 阅读提示:Methods中的Quality control、Unsupervised clustering、data integration, and cell type annotation等部分 |