人类iPSC分化模型建立与单细胞转录组图谱
比较21三体与同基因二体iPSC衍生的心肌细胞在早期心脏发育中的转录差异,特别是房室管心肌细胞(AVCM)的状态变化。
将来自同一个唐氏综合征嵌合个体的三体和二体iPSC分化为心肌细胞,在第10天(心脏前体)和第20天(心肌细胞)进行scRNA-seq,聚类分析鉴定细胞类型并比较AVCM和VCM的比例及基因表达。
Myocardial reprogramming by HMGN1 underlies heart defects in trisomy 21
研究包含至少两个独立证据层级:人类iPSC体外分化模型和Dp1Tyb小鼠模型,并包含功能验证(CRISPRa、等位基因敲除)和机制验证(CUT&RUN、scATAC-seq)。
人类iPSC衍生的心肌细胞(含AVCM和VCM) 唐氏综合征Dp1Tyb小鼠模型 Hmgn1杂合敲除小鼠与Dp1Tyb杂交模型
21三体iPSC与同基因二体iPSC的配对设计 CRISPRa介导的基因表达上调(1.45倍)是否模拟三体剂量 Dp1Tyb小鼠的Hmgn1等位基因剂量(三拷贝降至两拷贝) E15.5胚胎心脏的microCT分析用于评估室间隔缺损 9基因统计模型用于CROP-seq筛选的评分
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较21三体与同基因二体iPSC衍生的心肌细胞在早期心脏发育中的转录差异,特别是房室管心肌细胞(AVCM)的状态变化。
将来自同一个唐氏综合征嵌合个体的三体和二体iPSC分化为心肌细胞,在第10天(心脏前体)和第20天(心肌细胞)进行scRNA-seq,聚类分析鉴定细胞类型并比较AVCM和VCM的比例及基因表达。
在二体iPSC中系统上调21号染色体上心脏发育相关基因的表达,以模拟三体状态,筛选能驱动AVCM向心室样转变的剂量敏感基因。
在二体iPSC中稳定表达dCas9-VPR,感染包含66个候选基因的sgRNA文库(218条sgRNA),分化至第20天进行scRNA-seq,通过统计模型打分识别使细胞更具三体性的基因。
独立验证CROP-seq筛选出的前五位基因在二体细胞中上调后,是否重现三体状态下的AVCM转录失调。
对top5基因(包括HMGN1)分别构建sgRNA,在二体iPSC中进行非混池的CRISPRa,分化至第20天进行scRNA-seq,比较AVCM和VCM模块基因表达变化。
在三体细胞中降低HMGN1拷贝数(从3拷贝降至2拷贝),观察能否恢复AVCM的正常转录状态。
通过全基因组测序识别三体细胞中一个HMGN1等位基因上的独特SNP,利用CRISPR-Cas9介导的等位基因特异性缺失,生成Tri-HMGN1+/+/−细胞,进行scRNA-seq和qPCR验证。
解析HMGN1在基因组上的结合位置及其对调控元件的潜在作用。
在二体iPSC中敲入Flag标签,进行CUT&RUN测序,同时进行scATAC-seq,通过重叠分析找到HMGN1富集的开放染色质区域,并注释其分布和潜在靶基因。
在体内验证Hmgn1剂量对AVCM转录状态和心脏结构的影响。
将Hmgn1杂合敲除小鼠与Dp1Tyb小鼠杂交,分析E11.5胚胎心脏scRNA-seq和E15.5胚胎microCT,评估AVCM基因表达变化及室间隔缺损发生率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | mTeSR1 Plus培养基 | Stemcell Technologies | 85850 |
| E8培养基 | ThermoFisher Scientific | A1517001 | |
| hESC级Matrigel | Millipore | CLS354277 | |
| Accutase消化液 | ThermoFisher Scientific | 00-4555-56 | |
| Y-27632(ROCK抑制剂) | Stemcell Technologies | 72308 | |
| 心肌分化 | Stemdiff心肌细胞分化试剂盒 | Stemcell Technologies | 05010 |
| RNA原位杂交 | RNAscope多色荧光试剂盒 | ACD Biosciences | 323100 |
| Bmp2探针 | ACD Biosciences | 406661-C2 | |
| Irx4探针 | ACD Biosciences | 504831 | |
| Opal 480荧光染料 | Akoya Biosciences | FP1495001KT | |
| Opal 620荧光染料 | Akoya Biosciences | FP1500001KT | |
| 光片显微镜成像 | EasyIndex透明化液 | LifeCanvas Technologies | NC2379687 |
| SmartSPIM光片显微镜 | LifeCanvas Technologies | -- | |
| CRISPRa构建 | pC13N-dCas9-BFP-KRAB质粒 | Addgene | 127968 |
| SP-dCas9-VPR质粒 | Addgene | 63798 | |
| Cold Fusion克隆试剂盒 | System Biosciences | MC010B-1 | |
| 细胞转染 | P3原代细胞4D核转染试剂盒S | Lonza | V4XP-3032 |
| 细胞筛选 | G418(遗传霉素) | ThermoFisher | 10131035 |
| ddPCR | ddPCR探针预混液 | Bio-Rad | 1863026 |
| qPCR | Direct-zol RNA提取试剂盒 | Zymo Research | R2050 |
| SuperScript III第一链合成预混液 | ThermoFisher | 11752250 | |
| 慢病毒包装 | Fugene HD转染试剂 | Promega | E2311 |
| pMD2G质粒 | Addgene | 12259 | |
| psPAX2质粒 | Addgene | 12260 | |
| 慢病毒浓缩 | Lenti-X浓缩试剂 | Takara | 631232 |
| 药物筛选 | 嘌呤霉素 | ThermoFisher | A1113803 |
| 流式分析 | BD LSRFortessa X-20流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 基因型鉴定 | Phire Green Hot Start II DNA聚合酶 | Thermo Fisher Scientific | F124L |
| TaqMan Fast Advanced Master Mix | ThermoFisher | 4444557 | |
| microCT | 磷钨酸 | Sigma | P4006-10G |
| 超纯琼脂糖 | Invitrogen | 15510-027 | |
| µCT 50台式显微CT扫描仪 | SCANCO Medical | -- | |
| scRNA-seq | Chromium Next GEM单细胞3'试剂盒v3.1 | 10x Genomics | PN-1000121 |
| Chromium Next GEM芯片G | 10x Genomics | PN-1000120 | |
| Illumina NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- | |
| NovaSeq S4测序仪 | Illumina | -- | |
| NovaSeq X测序仪 | Illumina | -- | |
| scATAC-seq | Chromium Next GEM单细胞ATAC文库与凝胶珠试剂盒 | 10x Genomics | PN-1000175 |
| CUT&RUN | CUTANA CUT&RUN试剂盒 | Epicypher | 14-1048 |
| H3K4me3抗体 | Epicypher | 13-0060 | |
| 抗Flag M2抗体 | Sigma Aldrich | F1804-200µG | |
| cOmplete Mini EDTA-free蛋白酶抑制剂混合物 | Millipore Sigma | 11836170001 | |
| DNA纯化 | DNA清洁与浓缩试剂盒 | Zymo Research | -- |
| SPRIselect磁珠 | Beckman Coulter | B23317 | |
| DNA定量 | Qubit dsDNA HS检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | Q32851 |
| 文库制备 | NEBNext Ultra II DNA文库制备试剂盒 | NEB | E7645 |
| 文库质检 | Agilent Bioanalyzer高灵敏度DNA试剂盒 | Agilent | 5067-4626 |
| 测序 | Illumina NextSeq 500/550测序仪 | Illumina | -- |
| 细胞解离 | TrypLE Express解离试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 基因编辑 | 合成sgRNA | Synthego | -- |
| 细胞分选 | FACSAria III细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
| 基因型鉴定 | QuickExtract DNA提取液 | Lucigen | QE09050 |
| qPCR | TaqMan探针 Hs01633572_g1 | Applied Biosystems | Hs01633572_g1 |
| TaqMan探针 Hs02786624_g1 | Applied Biosystems | Hs02786624_g1 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人类iPSC分化和scRNA-seq | iPSC来源(三体和同基因二体)、分化时间(第10和第20天)、细胞数量(10,000)、测序平台(10X v3.1) 阅读提示:Methods: hiPSC culture and cardiomyocyte differentiation; scRNA-seq |
| CRISPRa CROP-seq筛选 | dCas9-VPR整合位点、sgRNA数量(218)、感染MOI(单整合)、筛选统计模型(9基因) 阅读提示:Methods: Generation of CRISPRa knock-in hiPSCs; CROP-seq experimental design; Statistical model generation |
| 等位基因敲除HMGN1 | sgRNA靶点(PAM位点)、编辑效率(单等位基因缺失)、表达恢复验证 阅读提示:Methods: Allele-specific HMGN1 editing; Supplementary Methods |
| 小鼠模型 | 品系(Dp1Tyb和Hmgn1敲除)、胚胎采集日(E11.5和E15.5)、基因型鉴定方法 阅读提示:Methods: Animal models; Embryo collection and genotyping |
| 表型分析 | microCT扫描参数(分辨率)、缺陷判断标准(VSD和流出道)、统计分析(单侧卡方) 阅读提示:Methods: MicroCT; 图4e图注 |