HMGN1对心肌的重编程是21三体综合征心脏缺陷的基础

Myocardial reprogramming by HMGN1 underlies heart defects in trisomy 21

作者信息Sanjeev S Ranade, Feiya Li, Sean Whalen, Angelo Pelonero, Lin Ye, Yu Huang, Abigail Brand, Tomohiro Nishino, Rahul Mital, Ryan M Boileau, Frances Koback, Arun Padmanabhan, Victoria Yu, Bastien Cimarosti, Diana Presas-Ramos, Alexander F Merriman, Langley Grace Wallace, Annie Nguyen, Nikolaos Poulis, Mauro W Costa, Casey A Gifford, Katherine S Pollard, Deepak Srivastava
PMID41125893
期刊Nature
发布时间2025-11
DOI10.1038/s41586-025-09593-9

实验完整度

研究包含至少两个独立证据层级:人类iPSC体外分化模型和Dp1Tyb小鼠模型,并包含功能验证(CRISPRa、等位基因敲除)和机制验证(CUT&RUN、scATAC-seq)。

主要模型

人类iPSC衍生的心肌细胞(含AVCM和VCM) 唐氏综合征Dp1Tyb小鼠模型 Hmgn1杂合敲除小鼠与Dp1Tyb杂交模型

重点核对

21三体iPSC与同基因二体iPSC的配对设计 CRISPRa介导的基因表达上调(1.45倍)是否模拟三体剂量 Dp1Tyb小鼠的Hmgn1等位基因剂量(三拷贝降至两拷贝) E15.5胚胎心脏的microCT分析用于评估室间隔缺损 9基因统计模型用于CROP-seq筛选的评分

摘要

先天性心脏缺陷(CHD)是最常见的发育异常,影响约1%的活产婴儿。非整倍体导致约15%的CHD,其中21三体(也称为唐氏综合征)是最常见的形式。CHD发生在约50%的唐氏综合征病例中,房室管(AVC)缺陷(破坏心房和心室之间的连接)的富集约1000倍。AVC包含对瓣膜间隔发育至关重要的独特心肌细胞;然而,21号染色体上导致唐氏综合征相关CHD的剂量敏感基因的具体组合仍然未知。在这里,利用人类多能干细胞和唐氏综合征小鼠模型,我们确定了HMGN1(一种由21号染色体编码的核小体结合表观遗传调控因子)是这些缺陷的关键贡献者。单细胞转录组学显示,21三体将人类AVC心肌细胞推向心室心肌细胞状态。一项针对心脏发育过程中表达的21号染色体基因的CRISPR激活单细胞RNA液滴测序(CROP-seq)筛选显示,HMGN1上调模拟了这种转变,而三体细胞中一个HMGN1等位基因的缺失恢复了正常基因表达。在21三体小鼠模型中,AVC心肌细胞的类似转录转变通过降低Hmgn1剂量得到恢复,从而挽救瓣膜间隔缺陷。这些发现将HMGN1确定为唐氏综合征中AVC发育和心脏间隔化的剂量敏感调节因子。这项研究提供了一种范式,利用同基因系统剖析非整倍体相关发病机制,以绘制复杂遗传综合征中的因果基因。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
哪些21号染色体上的剂量敏感基因导致唐氏综合征相关的房室管心肌细胞特化异常和先天性心脏缺陷?
核心机制
HMGN1剂量增加通过结合远端调控区域(如TBX2和TBX20位点)将AVC心肌细胞重编程为更心室样状态,破坏房室管心肌特化和心脏间隔形成。
主要证据
人类iPSC单细胞转录组显示三体AVCMs向心室样转变;CROP-seq筛选和验证显示HMGN1上调重现此转变,等位基因敲除恢复;Dp1Tyb小鼠中Hmgn1剂量降低纠正转录异常并降低室间隔缺损发生率。
研究意义
该研究为在复杂遗传综合征中利用同基因系统系统性绘制非整倍体致病基因提供了范式,并可能指导唐氏综合征心脏缺陷的潜在治疗策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

人类iPSC分化模型建立与单细胞转录组图谱

比较21三体与同基因二体iPSC衍生的心肌细胞在早期心脏发育中的转录差异,特别是房室管心肌细胞(AVCM)的状态变化。

将来自同一个唐氏综合征嵌合个体的三体和二体iPSC分化为心肌细胞,在第10天(心脏前体)和第20天(心肌细胞)进行scRNA-seq,聚类分析鉴定细胞类型并比较AVCM和VCM的比例及基因表达。

2

CRISPRa CROP-seq筛选21号染色体候选基因

在二体iPSC中系统上调21号染色体上心脏发育相关基因的表达,以模拟三体状态,筛选能驱动AVCM向心室样转变的剂量敏感基因。

在二体iPSC中稳定表达dCas9-VPR,感染包含66个候选基因的sgRNA文库(218条sgRNA),分化至第20天进行scRNA-seq,通过统计模型打分识别使细胞更具三体性的基因。

3

验证顶级hits对AVCM状态的影响

独立验证CROP-seq筛选出的前五位基因在二体细胞中上调后,是否重现三体状态下的AVCM转录失调。

对top5基因(包括HMGN1)分别构建sgRNA,在二体iPSC中进行非混池的CRISPRa,分化至第20天进行scRNA-seq,比较AVCM和VCM模块基因表达变化。

4

等位基因特异性敲除HMGN1验证

在三体细胞中降低HMGN1拷贝数(从3拷贝降至2拷贝),观察能否恢复AVCM的正常转录状态。

通过全基因组测序识别三体细胞中一个HMGN1等位基因上的独特SNP,利用CRISPR-Cas9介导的等位基因特异性缺失,生成Tri-HMGN1+/+/−细胞,进行scRNA-seq和qPCR验证。

5

HMGN1染色质占位分析机制

解析HMGN1在基因组上的结合位置及其对调控元件的潜在作用。

在二体iPSC中敲入Flag标签,进行CUT&RUN测序,同时进行scATAC-seq,通过重叠分析找到HMGN1富集的开放染色质区域,并注释其分布和潜在靶基因。

6

体内Dp1Tyb小鼠模型验证与表型分析

在体内验证Hmgn1剂量对AVCM转录状态和心脏结构的影响。

将Hmgn1杂合敲除小鼠与Dp1Tyb小鼠杂交,分析E11.5胚胎心脏scRNA-seq和E15.5胚胎microCT,评估AVCM基因表达变化及室间隔缺损发生率。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
mTeSR1 Plus培养基Stemcell Technologies85850
E8培养基ThermoFisher ScientificA1517001
hESC级MatrigelMilliporeCLS354277
Accutase消化液ThermoFisher Scientific00-4555-56
Y-27632(ROCK抑制剂)Stemcell Technologies72308
Stemdiff心肌细胞分化试剂盒Stemcell Technologies05010
RNAscope多色荧光试剂盒ACD Biosciences323100
Bmp2探针ACD Biosciences406661-C2
Irx4探针ACD Biosciences504831
Opal 480荧光染料Akoya BiosciencesFP1495001KT
Opal 620荧光染料Akoya BiosciencesFP1500001KT
EasyIndex透明化液LifeCanvas TechnologiesNC2379687
SmartSPIM光片显微镜LifeCanvas Technologies--
pC13N-dCas9-BFP-KRAB质粒Addgene127968
SP-dCas9-VPR质粒Addgene63798
Cold Fusion克隆试剂盒System BiosciencesMC010B-1
P3原代细胞4D核转染试剂盒SLonzaV4XP-3032
G418(遗传霉素)ThermoFisher10131035
ddPCR探针预混液Bio-Rad1863026
Direct-zol RNA提取试剂盒Zymo ResearchR2050
SuperScript III第一链合成预混液ThermoFisher11752250
Fugene HD转染试剂PromegaE2311
pMD2G质粒Addgene12259
psPAX2质粒Addgene12260
Lenti-X浓缩试剂Takara631232
嘌呤霉素ThermoFisherA1113803
BD LSRFortessa X-20流式细胞仪BD Biosciences--
Phire Green Hot Start II DNA聚合酶Thermo Fisher ScientificF124L
TaqMan Fast Advanced Master MixThermoFisher4444557
磷钨酸SigmaP4006-10G
超纯琼脂糖Invitrogen15510-027
µCT 50台式显微CT扫描仪SCANCO Medical--
Chromium Next GEM单细胞3'试剂盒v3.110x GenomicsPN-1000121
Chromium Next GEM芯片G10x GenomicsPN-1000120
Illumina NextSeq 500测序仪Illumina--
NovaSeq S4测序仪Illumina--
NovaSeq X测序仪Illumina--
Chromium Next GEM单细胞ATAC文库与凝胶珠试剂盒10x GenomicsPN-1000175
CUTANA CUT&RUN试剂盒Epicypher14-1048
H3K4me3抗体Epicypher13-0060
抗Flag M2抗体Sigma AldrichF1804-200µG
cOmplete Mini EDTA-free蛋白酶抑制剂混合物Millipore Sigma11836170001
DNA清洁与浓缩试剂盒Zymo Research--
SPRIselect磁珠Beckman CoulterB23317
Qubit dsDNA HS检测试剂盒Thermo Fisher ScientificQ32851
NEBNext Ultra II DNA文库制备试剂盒NEBE7645
Agilent Bioanalyzer高灵敏度DNA试剂盒Agilent5067-4626
Illumina NextSeq 500/550测序仪Illumina--
TrypLE Express解离试剂Thermo Fisher Scientific--
合成sgRNASynthego--
FACSAria III细胞分选仪BD Biosciences--
QuickExtract DNA提取液LucigenQE09050
TaqMan探针 Hs01633572_g1Applied BiosystemsHs01633572_g1
TaqMan探针 Hs02786624_g1Applied BiosystemsHs02786624_g1

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
人类iPSC分化和scRNA-seq
iPSC来源(三体和同基因二体)、分化时间(第10和第20天)、细胞数量(10,000)、测序平台(10X v3.1)
阅读提示:Methods: hiPSC culture and cardiomyocyte differentiation; scRNA-seq
CRISPRa CROP-seq筛选
dCas9-VPR整合位点、sgRNA数量(218)、感染MOI(单整合)、筛选统计模型(9基因)
阅读提示:Methods: Generation of CRISPRa knock-in hiPSCs; CROP-seq experimental design; Statistical model generation
等位基因敲除HMGN1
sgRNA靶点(PAM位点)、编辑效率(单等位基因缺失)、表达恢复验证
阅读提示:Methods: Allele-specific HMGN1 editing; Supplementary Methods
小鼠模型
品系(Dp1Tyb和Hmgn1敲除)、胚胎采集日(E11.5和E15.5)、基因型鉴定方法
阅读提示:Methods: Animal models; Embryo collection and genotyping
表型分析
microCT扫描参数(分辨率)、缺陷判断标准(VSD和流出道)、统计分析(单侧卡方)
阅读提示:Methods: MicroCT; 图4e图注