单细胞RNA测序分析DC细胞中Klotho表达
确定Klotho在DC不同细胞类型中的表达分布。
分离小鼠DC细胞,进行scRNA-seq,分析Kl基因表达与DCT和CNT标志物的相关性。
Klotho in the kidney distal convolution regulates urinary Klotho excretion and kidney calcium reabsorption, but not phosphate homeostasis
包含体外单细胞测序、四种肾小管特异性敲除小鼠模型、代谢笼、骨微CT、批量RNA-seq等多层级证据,并进行了功能验证(高钙尿症)和机制验证(MAPK信号下调)。
小鼠DC细胞(scRNA-seq) Kl-KODC小鼠(DC特异性Klotho敲除) Kl-KONcc-Cre小鼠(DCT特异性敲除) Kl-KOTrpv5-Cre小鼠(DCT2/CNT特异性敲除) Kl-KOKidney小鼠(肾小管泛敲除)
DC特异性Klotho敲除后尿液中sKlotho几乎消失,血清sKlotho不变 Trpv5、Vdr、Pth1r、Klk1等钙处理基因在DC敲除后下调 Kl-KODC小鼠出现高钙尿症和骨密度降低 Kl-KOKidney小鼠出现高磷血症和FGF23升高
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Klotho在DC不同细胞类型中的表达分布。
分离小鼠DC细胞,进行scRNA-seq,分析Kl基因表达与DCT和CNT标志物的相关性。
建立缺乏DC Klotho的小鼠,以研究其功能。
将Klfl/fl小鼠与Ncccre和Trpv5cre杂交,通过他莫昔芬诱导Cre重组生成Kl-KODC小鼠,并验证敲除效率。
检测DC Klotho缺失对血清和尿液磷酸盐水平的影响。
测量血清和24小时尿磷酸盐水平,以及血清FGF23水平,并在全肾中分析NaPi-IIa表达。
确定DC Klotho对sKlotho分泌的贡献。
通过ELISA和免疫印迹检测24小时尿液sKlotho,通过免疫沉淀-免疫印迹检测血清sKlotho。
探索DC Klotho缺失导致的下游信号和通路改变。
利用COPAS分选DC片段,进行批量RNA-seq,分析差异表达基因和通路富集。
评估DC Klotho缺失对钙重吸收和骨骼的影响。
测量尿钙排泄、血清钙和骨密度,并检测相关基因表达和蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 尿液sKlotho检测 | ELISA试剂盒 | IBL | 27601 |
| 血清骨化三醇检测 | ELISA试剂盒 | IDS | AC-62F1 |
| 血清PTH和FGF23检测 | ELISA试剂盒 | Quidel | 60-6300 |
| RNA提取 | NucleoSpin RNA提取试剂盒 | Machery Nagel | 740955 |
| cDNA合成 | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Thermo Fisher | 4374966 |
| qPCR | SybrGreen预混液 | Roche | 4707516001 |
| 蛋白定量 | Bradford蛋白定量 | Uptima | UPF86421 |
| 免疫印迹封闭 | Odyssey封闭液 | LI-COR | 927-70001 |
| RNAscope | RNAscope探针 | -- | 481211 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型构建 | Cre小鼠品系(Ncc-Cre,Trpv5-Cre,Pax8-rtTA/LC1),Klotho-flox小鼠,诱导方式(他莫昔芬或强力霉素)及剂量,诱导时间 阅读提示:Methods: Animals, Induction in mice |
| 尿液和血液分析 | 代谢笼收集条件,尿液sKlotho检测方法(ELISA和免疫印迹),血清sKlotho检测方法(IP/IB),血离子测量方法 阅读提示:Methods: Metabolic cage experiment, Blood and urine analysis |
| scRNA-seq | 细胞分离方法,文库制备(SmartSeq2),测序平台(Illumina HiSeq2500),数据分析参数 阅读提示:Methods: Single-cell sorting and SMARTseq2 sequencing, Single-cell transcriptome data analysis |
| 批量RNA-seq | DC分选方法(COPAS),RNA提取,文库制备(NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit),测序平台(NovaSeq 6000) 阅读提示:Methods: Isolation of DC fragments using COPAS, Bulk RNA-sequencing of DC cells |
| 骨密度检测 | 骨固定、扫描参数(90 kV, 100 μA, 10 μm voxel),分析软件 阅读提示:Methods: Micro-computed tomography of bone |