鉴定VGF为SCLC神经内分泌分化的关键调控因子
筛选SCLC中调控神经内分泌分化的候选基因。
通过分析GEO数据库(GSE151904、GSE242422)RNA-seq数据,筛选与ASCL1高表达和鼠SCLC肿瘤共上调的基因;通过GO富集分析鉴定VGF;在SCLC组织芯片和多个数据库中验证VGF表达及其与神经内分泌标志物的相关性。
Neuropeptide Precursor VGF Promotes Neuroendocrine Differentiation and Cancer-Associated Fibroblast Activation in Small Cell Lung Cancer
包含体外细胞系模型、原代CAF共培养、体内异种移植瘤模型及患者组织样本,并进行了功能验证(增殖、凋亡、干性)和机制验证(Co-IP、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因)。
SCLC细胞系(NCI-H69、NCI-H128、NCI-H82、NCI-H526) 人胚肺成纤维细胞MRC-5 人原代SCLC肿瘤相关成纤维细胞(CAF) BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型
VGF在SCLC-A亚型中高表达,与ASCL1、CHGA表达正相关 VGF通过TOX3/CREB信号上调ASCL1转录,促进神经内分泌分化 VGF激活CAF,促进其糖酵解和乳酸分泌 SCLC细胞通过MCT1摄取乳酸,增强氧化磷酸化 SB290157和AZD3965联合用药抑制肿瘤生长
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选SCLC中调控神经内分泌分化的候选基因。
通过分析GEO数据库(GSE151904、GSE242422)RNA-seq数据,筛选与ASCL1高表达和鼠SCLC肿瘤共上调的基因;通过GO富集分析鉴定VGF;在SCLC组织芯片和多个数据库中验证VGF表达及其与神经内分泌标志物的相关性。
验证VGF是否驱动SCLC-A的神经内分泌分化,并影响细胞增殖、存活和干性。
在SCLC-A细胞系(NCI-H69、NCI-H128)中敲低VGF,在SCLC-N/P细胞系(NCI-H82、NCI-H526)中过表达VGF,检测神经内分泌标志物(ASCL1、CHGA、SYP)的表达、细胞形态、成球能力、增殖(CCK-8和EdU)、凋亡(流式)。
阐明VGF调控ASCL1表达和神经内分泌分化的分子机制。
通过RNA-seq分析VGF敲低的差异基因,结合KEGG富集和转录因子预测,聚焦TOX3/CREB信号。Co-IP验证TOX3与CREB的相互作用,ChIP-qPCR和双荧光素酶报告基因验证CREB结合ASCL1启动子并驱动转录,并检测TLQP-21、SB290157和666-15对信号通路及神经内分泌标志物的影响。
探讨SCLC分泌的VGF能否激活CAF,并阐明其机制。
用不同VGF表达水平的SCLC细胞培养基(CM)处理成纤维细胞(MRC-5和原代CAF),检测CAF活化标志物(αSMA、POSTN)的表达,以及TGFBR2/SMAD信号通路的激活。并通过划痕和Transwell实验检测CAF的迁移和侵袭。
探究活化的CAF如何通过代谢支持SCLC细胞生长。
通过RNA-seq和GSEA分析VGF敲低对代谢通路的影响。在共培养体系中测定CAF的糖酵解能力(ECAR、乳酸分泌、糖酵解基因表达)和SCLC细胞的氧化磷酸化(OCR、ATP、乙酰辅酶A),并检测乳酸转运体MCT1/MCT4的表达。
在体内验证靶向VGF和MCT1能否抑制SCLC肿瘤生长。
建立NCI-H69(或shVGF-NCI-H69)与MRC-5共注射的皮下异种移植瘤模型,给予SB290157(10 mg/kg)、AZD3965(50 mg/kg)单药或联合治疗,检测肿瘤生长曲线、瘤重、神经内分泌标志物、MCT1表达及代谢物水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 10566016 |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875119 | |
| 胎牛血清 | Gibco | A5669701 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 支原体染色检测试剂盒 | Beyotime | C0296 | |
| 细胞鉴定 | GenePrint系统 | Promega | B9510 |
| 蛋白检测 | 抗ASCL1抗体 | Cell Signaling Technology | 43666 |
| 抗CHGA抗体 | Zen BioScience | R26600 | |
| 抗SYP抗体 | Zen BioScience | R25834 | |
| 抗αSMA抗体 | Proteintech | 55135-1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | Ray Antibody | RM2001 | |
| 抗MCT1抗体 | Zen BioScience | 822667 | |
| 抗VGF抗体 | Zen BioScience | IHUVGFPLLY20UG | |
| 抗裂解PARP-1抗体 | Cell Signaling Technology | 9542 | |
| 抗BCL2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7382 | |
| 抗裂解Caspase-7抗体 | Cell Signaling Technology | 9491 | |
| 抗SOX2抗体 | Cell Signaling Technology | 23064 | |
| 抗SLUG抗体 | RayBiotech | DS-PB-01813 | |
| 抗磷酸化CREB抗体 | Affinity Biosciences | AF3189 | |
| 抗CREB抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-377154 | |
| 抗TOX3抗体 | RayBiotech | ER-14-1465 | |
| 抗POSTN抗体 | Affinity Biosciences | DF6746 | |
| 抗TGFBR2抗体 | Proteintech | 66636-1-Ig | |
| 抗磷酸化SMAD2/3抗体 | Abcam | ab52903 | |
| 抗SMAD2/3抗体 | Cell Signaling Technology | 8685 | |
| 抗MCT4抗体 | Proteintech | 20889-1-AP | |
| 免疫荧光 | 抗Ki67抗体 | Abcam | ab15580 |
| 蛋白检测 | IgG抗体 | Millipore | AP101 |
| 二抗 | Abcam | ab6789 | |
| 药物处理 | SB290157 | Selleck | S8931 |
| AZD3965 | Selleck | S7339 | |
| 病毒构建 | pLKO.1-TRC载体 | Addgene | Addgene_110320 |
| 病毒包装 | psPAX2 | Addgene | Addgene_12260 |
| PMD2.G | Addgene | Addgene_12259 | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 | |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | 31985070 | |
| 病毒感染 | 聚凝胺 | Yeasen Biotechnology | 40804ES76 |
| 稳定株筛选 | 嘌呤霉素 | Yeasen Biotechnology | 60209ES10 |
| 细胞活力检测 | CCK-8检测试剂盒 | Bimake | B34304 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒I | BestBio | BB-4101 |
| 细胞增殖检测 | BeyoClick EdU-555增殖检测试剂盒 | Beyotime | C0075S |
| 透化 | Triton X-100 | Aladdin | T109027-100 |
| ELISA | VGF ELISA试剂盒 | FineTest | 20230531 |
| 生化检测 | 乳酸检测试剂盒 | Solarbio | BC2230 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Selleck | B15001 | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0011 |
| 封闭 | 牛血清白蛋白 | Beyotime | ST023 |
| 成像 | ChemiDoc成像系统 | Tanon | 180-5001 |
| 成球实验 | DMEM-F12培养基 | Procell | PM150310 |
| 胰岛素 | Beyotime | P3376 | |
| 表皮生长因子 | PeproTech | AF-100-15 | |
| 成纤维细胞生长因子 | PeproTech | 100-18B | |
| 超低吸附培养板 | Corning | 3471 | |
| RNA提取 | 总RNA提取试剂 | Yeasen Biotechnology | 19201ES60 |
| RT-qPCR | Hifair II第一链cDNA合成SuperMix试剂盒 | Yeasen Biotechnology | 11123ES60 |
| SYBR Green染料 | Yeasen Biotechnology | 11201ES08 | |
| CFX96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| Co-IP | Protein A/G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 20421 |
| ChIP | 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche Molecular Biochemicals | 05892953001 |
| Dynabeads Protein G磁珠 | Invitrogen | 1004D | |
| GeneJET凝胶回收试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K0692 | |
| 双荧光素酶报告基因 | 快速突变系统试剂盒 | TRANS | FM111-01 |
| 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Beyotime | RG027 | |
| 糖摄取 | 2-NBDG荧光葡萄糖类似物 | Beyotime | ST2078 |
| 代谢分析 | Seahorse XF细胞培养微孔板 | Agilent | -- |
| Seahorse XF糖酵解压力测试 | Agilent | -- | |
| Seahorse XF细胞线粒体压力测试 | Agilent | -- | |
| 基质胶 | Corning | -- | |
| IHC | 组织芯片 | Bioaitech | R109Lu01 |
| 组织芯片 | Taibsbio | RLN1007 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(ATCC),培养条件(37°C,5% CO2,95%湿度),培养基(RPMI-1640或DMEM),血清浓度(10% FBS),抗生素(50 μg/mL青霉素-链霉素)。 阅读提示:Materials and Methods中的Cell lines部分 |
| VGF操作 | VGF敲低和过表达慢病毒构建方法,shRNA序列,感染条件,筛选浓度(1-3 μg/mL嘌呤霉素)。 阅读提示:Materials and Methods中的Virus construction and infection部分 |
| 分子机制验证 | TLQP-21处理浓度(10 μmol/L),SB290157浓度(4 μmol/L),666-15浓度(100 nmol/L),处理时长(24小时),Co-IP和ChIP-qPCR的具体条件。 阅读提示:Materials and Methods中的Co-immunoprecipitation analysis和Chromatin immunoprecipitation followed by qPCR部分 |
| 代谢偶联实验 | 共培养比例(SCLC:MRC-5/CAF = 5×10^5:2×10^5),AZD3965浓度(20 nmol/L),Seahorse实验条件,乳酸及乙酰辅酶A检测方法。 阅读提示:Materials and Methods中的Coculture SCLC cells with CAFs or MRC-5 cells和Extracellular acidification rate and oxygen consumption rate measurement部分 |
| 体内实验 | BALB/c裸鼠(4周龄,雄性),细胞注射量(NCI-H69 1×10^6,MRC-5 5×10^5),给药剂量(AZD3965 50 mg/kg,SB290157 10 mg/kg,腹腔注射),给药时长(14天)。 阅读提示:Materials and Methods中的Animal study部分 |