数据获取和预处理
获取ESCC转录组和生存数据,为后续分析奠定基础。
从GEO下载GSE53624和GSE121931数据集,包括ESCC和邻近正常组织的RNA测序数据及匹配的生存数据。
PTGDS deficiency as a driver of M2 macrophage polarization and immunosuppressive microenvironment in esophageal squamous cell carcinoma: an experimental study
包含转录组数据分析、免疫组织化学验证、体外细胞共培养实验和体内动物模型等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制探索。
KYSE150人食管鳞状细胞癌细胞系 THP-1来源巨噬细胞共培养模型 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 Gaozhou-IHC队列(100例ESCC肿瘤样本)
PTGDS表达状态(高/低)与M2巨噬细胞浸润的关联 PTGDS过表达对M2巨噬细胞极化的影响(体外共培养和体内异种移植) PTGDS表达与免疫抑制微环境特征(T细胞浸润、MDSC募集)的关系 PTGDS过表达对PI3K/AKT信号通路磷酸化的影响 结合PTGDS表达和临床病理参数的列线图对OS的预测准确性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取ESCC转录组和生存数据,为后续分析奠定基础。
从GEO下载GSE53624和GSE121931数据集,包括ESCC和邻近正常组织的RNA测序数据及匹配的生存数据。
鉴定与M2巨噬细胞浸润相关的基因模块,并分析免疫细胞组成。
使用CIBERSORT、quanTIseq和xCell算法进行免疫反卷积。通过WGCNA构建基因共表达网络,鉴定与M2巨噬细胞浸润最相关的模块(MEblue)。
筛选与M2巨噬细胞浸润相关且具有预后价值的靶基因。
分析Gaozhou-RNA队列的差异表达基因(DEGs),与WGCNA的M2RGs取交集,通过Kaplan-Meier分析和多因素Cox回归鉴定预后相关基因。
验证PTGDS在ESCC中的表达和预后价值,并构建预后预测模型。
在Gaozhou-IHC队列中通过免疫组化验证PTGDS蛋白表达。在GSE53624训练队列中进行多因素Cox回归,构建包含PTGDS和临床病理参数的列线图,并在验证队列中评估其预测性能。
探究PTGDS表达与免疫抑制微环境特征的相关性。
使用TIDE算法评估免疫逃逸特征,分析PTGDS表达与T细胞浸润、细胞毒性及MDSC浸润的关系。
验证PTGDS对M2巨噬细胞极化的影响及其潜在机制。
建立PTGDS稳定过表达的KYSE150细胞系,与THP-1来源的巨噬细胞共培养,通过流式细胞术和Western blot检测M2极化标志物及PI3K/AKT通路蛋白表达。
在体内验证PTGDS对肿瘤生长和M2巨噬细胞极化的影响。
将PTGDS过表达和对照KYSE150细胞皮下注射到裸鼠体内,观察肿瘤生长,并通过流式细胞术和Western blot分析肿瘤组织中M2巨噬细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | Abcam | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗PTGDS抗体 | proteintech | 10754-2-AP |
| 抗CD206抗体 | proteintech | 18704-1-AP | |
| 流式细胞术 | PE偶联兔抗人CD68抗体 | proteintech | 25747-1-AP |
| FITC偶联抗人CD206抗体 | proteintech | 18704-1-AP | |
| 固定和透化溶液 | BD Biosciences | 554722 | |
| BD Perm/Wash缓冲液 | BD Biosciences | 554723 | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| PI3K抗体 | proteintech | 67071-1-IG | |
| p-PI3K抗体 | Abcam | Ab278545 | |
| AKT抗体 | proteintech | 10176-2-AP | |
| p-AKT抗体 | proteintech | 66444-1-IG | |
| GAPDH抗体 | proteintech | 60004-1-Ig | |
| Odyssey成像系统 | LI-COR | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据获取和预处理 | GEO数据集(GSE53624、GSE121931)的样本数量、数据类型,以及生存数据的匹配情况。 阅读提示:Methods: Data acquisition and preprocessing |
| 免疫细胞浸润分析和WGCNA | WGCNA分析的关键参数,包括软阈值(β=10)和模块识别过程。 阅读提示:Methods: Immune cell infiltration analysis, Weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) |
| 识别靶标生物标志物 | Gaozhou-RNA队列的样本量(10对)、DEG筛选阈值(|log2FC|≥2,P<0.05),以及后续Kaplan-Meier和多因素Cox回归的具体参数。 阅读提示:Methods: Bulk RNA sequencing and differential genes analysis in Gaozhou-RNA cohort, Identification of target biomarkers associated with M2 macrophage infiltration |
| 验证靶标表达和预后模型构建 | Gaozhou-IHC队列的样本量(100例)、PTGDS高/低表达的SI阈值(≥8 vs. <8)、列线图包含的变量(年龄、N分期、PTGDS表达)、风险评分截断值(<99 vs. ≥99),以及AUC评估的时间点。 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry (IHC) analysis in Gaozhou-IHC cohort, Construction and validation of a combined model; Results: Construction and validation of a combined prediction nomogram |
| 体外验证PTGDS功能 | KYSE150细胞系的培养条件、PTGDS过表达质粒和对照、THP-1细胞分化和共培养的条件(PMA处理时间、共培养时间、Transwell系统),以及流式细胞术和Western blot的检测方法和抗体信息。 阅读提示:Methods: Cell culture and establishment of stable PTGDS overexpression cell lines, Co-culture of THP-1 cells-derived macrophages and ESCC cells, Flow cytometry, Western blot |
| 体内验证PTGDS功能 | 动物模型的关键参数:小鼠品系、周龄、性别、每组数量(5只)、细胞注射数量(3×10^6)、观察时间(15天)、肿瘤体积计算公式。 阅读提示:Methods: Animal experiments |