生物信息学分析MARK3共表达和通路
确定与MARK3共表达的基因及其富集的生物学通路,以预测其功能。
利用TCGA子宫内膜癌RNA-seq数据,进行共表达分析,并对共表达基因进行GO和KEGG富集分析。
Mark3 a Prognostic Marker for the Endometrial Cancer
包含体外细胞功能实验(如集落形成、CCK-8、EDU、迁移)及Western blot机制验证,但缺少体内模型和患者样本验证。
Ishikawa子宫内膜癌细胞系 HEC-1B子宫内膜癌细胞系
使用Ishikawa和HEC-1B子宫内膜癌细胞系 MARK3过表达转染 对照组与非过表达对照组 集落形成、CCK-8、EDU、划痕愈合和Transwell迁移检测 Western blot检测p-AKT、p-PI3K、p-mTOR
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定与MARK3共表达的基因及其富集的生物学通路,以预测其功能。
利用TCGA子宫内膜癌RNA-seq数据,进行共表达分析,并对共表达基因进行GO和KEGG富集分析。
建立MARK3过表达的子宫内膜癌细胞模型,以研究其功能影响。
使用jetPRIME转染Ishikawa和HEC-1B细胞,经嘌呤霉素筛选稳定过表达MARK3的细胞系。
评估MARK3过表达对子宫内膜癌细胞增殖能力的影响。
通过集落形成、CCK-8和EDU实验检测细胞的增殖和活力。
评估MARK3过表达对子宫内膜癌细胞迁移能力的影响。
通过划痕愈合实验和Transwell迁移实验评估细胞迁移能力。
验证MARK3影响细胞增殖和迁移的分子机制。
通过Western blot检测MARK3、AKT、p-AKT、PI3K、p-PI3K、mTOR、p-mTOR等蛋白表达,并进行免疫荧光验证MARK3表达和定位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Pricilla | CM-0283、CM-0100 |
| 细胞转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus | 101000046 |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Biosharp | BL528A |
| 集落形成 | 磷酸盐缓冲液 | Solarbio | P1020 |
| 结晶紫 | Solarbio | C8470 | |
| RT-qPCR | RNA提取试剂盒 | TIANGEN | DP451 |
| 逆转录试剂盒 | TIANGEN | KR118-02 | |
| SYBR荧光染料 | YESEN | 11201ES08 | |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂 | TargetMOI | C0005 |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| EDU实验 | EDU | Beyotime | C0071S |
| Western blot | RIPA裂解液 | Biosharp | BL504A |
| BCA蛋白测定 | Beyotime | P0010S | |
| 电泳缓冲液 | Solarbio | T1070 | |
| PVDF膜 | Merck | ISEQ00010 | |
| MARK3抗体 | abcam | ab52626 | |
| AKT抗体 | Zenbio | 342529 | |
| p-AKT抗体 | Zenbio | 310021 | |
| P-PI3K抗体 | Abmart | TA3242 | |
| PI3K抗体 | Abmart | TA6241 | |
| p-mTOR抗体 | Proteintech | 67778-1-IG | |
| mTOR抗体 | Proteintech | 66888-1-IG | |
| GAPDH抗体 | Affinity | AF7021-50 | |
| ACTIN抗体 | Affinity | AF7018 | |
| ECL化学发光 | Meilunbio | MA0186-1 | |
| 免疫荧光 | 通透液 | Beyotime | P0097 |
| 封闭液 | Boster | AR0009 | |
| DAPI | Beyotime | P0131 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和转染 | 细胞系来源、培养基、转染试剂、转染时间和筛选条件 阅读提示:Methods 2.4, 2.5 |
| 增殖检测 | 细胞接种密度、培养时间、EDU浓度和处理时间 阅读提示:Methods 2.6, 2.8, 2.11 |
| 迁移检测 | 划痕时间和观察时间点、Transwell膜孔径和孵育时间 阅读提示:Methods 2.9, 2.10 |
| Western blot | 蛋白提取、抗体浓度、孵育时间和检测蛋白 阅读提示:Methods 2.12 |
| 生物信息学分析 | 数据来源、相关性阈值、富集分析参数 阅读提示:Methods 2.1-2.3 |