临床样本分析
验证IPF肺组织中丙酸代谢相关酶的表达变化
通过免疫组化染色和公共数据集分析,比较IPF患者和健康供体肺组织中PCCA、PCCB、MCEE和MUT的表达。
Aging-Associated Metabolite Methylmalonic Acid Increases Susceptibility to Pulmonary Fibrosis
包含人类IPF肺组织与供体肺组织的免疫组化分析、多种细胞系体外实验(shRNA敲低、共培养)、博来霉素小鼠模型体内验证,以及信号通路抑制剂干预实验,形成多层级证据链。
IPF患者肺组织样本 人A549肺泡上皮细胞系 小鼠MLE-12肺泡上皮细胞系 人MRC-5胚肺成纤维细胞系 C57BL/6小鼠博来霉素肺纤维化模型
MMA给药剂量:100 mg/kg体重,腹腔注射,每日一次,持续20天 BLM诱导剂量:1.5 U/kg体重,气管内单次滴注50 μL MUT敲低效率:Western blot验证shRNA敲低效果 SB431542预处理浓度:用于抑制TGF-β受体 样本量:每组小鼠数量(如n=6-8)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证IPF肺组织中丙酸代谢相关酶的表达变化
通过免疫组化染色和公共数据集分析,比较IPF患者和健康供体肺组织中PCCA、PCCB、MCEE和MUT的表达。
探究MUT敲低对上皮细胞表型及上皮-间质串扰的影响
在A549细胞中稳定敲低MUT,检测上皮-间质转化(EMT)标志物表达,并与MRC-5成纤维细胞共培养检测其活化状态。
评估MMA对博来霉素诱导肺纤维化的影响
给小鼠腹腔注射MMA或对照,随后气管内滴注博来霉素(BLM)诱导肺纤维化,通过组织学、羟脯氨酸含量、micro-CT和Western blot等评估肺纤维化程度。
阐明MMA诱导促纤维化表型的信号通路机制
用MMA处理上皮细胞和成纤维细胞,检测TGF-β/Smad通路激活情况,使用SB431542抑制TGF-β受体,验证MMA效应依赖性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Procell | PM150310 |
| DMEM培养基 | Hyclone | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Solarbio | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 药物处理 | 重组人TGF-β1 | R&D Systems | 240-B |
| 甲基丙二酸 | MCE | HY-103395 | |
| SB431542 | MCE | HY-10431 | |
| 盐酸博来霉素 | Hisun Pharm | -- | |
| 蛋白质印迹 | 抗胶原蛋白1A1抗体 | Cell Signaling Technology | 72026 |
| 抗α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 19245 | |
| 抗N-钙黏蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 13116 | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 14472 | |
| 抗磷酸化Smad2 (Ser465/467)抗体 | Cell Signaling Technology | 18338 | |
| 抗磷酸化Smad3 (Ser423/425)抗体 | Cell Signaling Technology | 9520 | |
| 抗Smad2抗体 | Cell Signaling Technology | 5339 | |
| 抗Smad3抗体 | Cell Signaling Technology | 9523 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488偶联抗小鼠IgG | Cell Signaling Technology | 4408 |
| Alexa Fluor 594偶联抗兔IgG | Cell Signaling Technology | 8889 | |
| 蛋白质印迹 | 抗PCCA抗体 | ProteinTech | 21988-1-AP |
| 抗PCCB抗体 | ProteinTech | 11139-1-AP | |
| 抗MUT抗体 | ProteinTech | 17034-1-AP | |
| 抗纤连蛋白抗体 | ProteinTech | 15613-1-AP | |
| 抗波形蛋白抗体 | ProteinTech | 10366-1-AP | |
| 抗Snail抗体 | Affinity Biosciences | AF6032 | |
| 抗GAPDH抗体 | Affinity Biosciences | AF7021 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Affinity Biosciences | AF7018 | |
| 抗磷酸化Akt (Ser473)抗体 | Affinity Biosciences | AF0016 | |
| 抗Akt抗体 | Affinity Biosciences | AF6261 | |
| 抗磷酸化ERK1/2 (Thr202/Tyr204)抗体 | Affinity Biosciences | AF1015 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Affinity Biosciences | AF0155 | |
| 辣根过氧化物酶偶联抗兔IgG | Abcam | ab205718 | |
| 辣根过氧化物酶偶联抗小鼠IgG | Abcam | ab6789 | |
| 组织学 | Masson三色染色试剂盒 | Solarbio | G1340 |
| 小鼠处理 | 盐酸博来霉素 | Hisun Pharm | -- |
| 小鼠成像 | SkyScan 1276微型CT系统 | Bruker | -- |
| 羟脯氨酸测定 | 羟脯氨酸测定试剂盒 | Sigma | MAK008 |
| 细胞培养 | 胶原酶 | Sigma | C0130 |
| Hanks平衡盐溶液 | Hyclone | -- | |
| 聚凝胺 | MCE | HY-B1743A | |
| 嘌呤霉素 | MCE | HY-B1743A | |
| 线性聚乙烯亚胺 | Yeasen | 40816ES03 | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 增强化学发光试剂 | Thermo Fisher | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Takara | -- |
| GoScript逆转录系统 | Promega | A5001 | |
| qPCR预混液 | Promega | -- | |
| LightCycler 480系统 | Roche | -- | |
| 免疫荧光 | TRITC标记鬼笔环肽 | Solarbio | CA1610 |
| DAPI | Solarbio | C0065 | |
| 抗淬灭封片剂 | Solarbio | S2100 | |
| 显微镜 | 奥林巴斯BX43正置显微镜 | Olympus | -- |
| 激光扫描共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| 荧光显微镜 | Carl Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型 | MMA给药方式、剂量、时间;BLM诱导剂量和途径;小鼠品系、年龄、性别;样本量;给药后观察时间点 阅读提示:参见Materials and Methods中'Mice'部分及Figure 3A |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基组成、血清浓度、抗生素浓度、培养条件(温度、CO2)、传代次数范围 阅读提示:参见Materials and Methods中'Cell Culture'部分 |
| MUT敲低 | shRNA序列、载体、转染试剂、筛选抗生素浓度及时间 阅读提示:参见Materials and Methods中'Stable Knockdown Cell Lines'部分 |
| 体外实验 | MMA处理浓度、时间;TGF-β1浓度;SB431542浓度和预处理时间;检测指标 阅读提示:参见Results中相应部分及图例说明 |