感染小鼠中铁分布和EV水平的变化
验证细菌感染是否导致血清铁降低、组织铁升高以及循环EV水平升高。
用S. Typhimurium感染C57BL/6J雌性小鼠,在不同时间点检测血清铁、肝脾铁含量和血清EV浓度。
Humoral regulation of iron metabolism by extracellular vesicles drives antibacterial response
包含细胞实验(BMDM)、动物模型(小鼠败血症)、EV表征与功能验证、机制研究及体内回补实验,多层级验证。
小鼠败血症模型(S. Typhimurium感染) 骨髓来源巨噬细胞(BMDM) 金黄色葡萄球菌感染模型
GW4869预处理阻断EV释放 EV补充(尾静脉注射) 4-PBA抑制内质网应激 IRE1α siRNA或toyocamycin抑制IRE1α 铁过载模型(iron-dextran)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证细菌感染是否导致血清铁降低、组织铁升高以及循环EV水平升高。
用S. Typhimurium感染C57BL/6J雌性小鼠,在不同时间点检测血清铁、肝脾铁含量和血清EV浓度。
评估抑制EV释放是否会加剧感染。
小鼠感染前用GW4869预处理,检测血清EV浓度、血清铁、细菌载量、组织病理、肝功能、脾重和生存率。
验证补充EVs是否能逆转GW4869导致的感染加重。
GW4869预处理的感染小鼠尾静脉注射从正常或感染小鼠血清或BMDM培养上清中分离的EVs,检测血清铁、细菌载量、组织损伤和生存率。
验证EVs是否通过表面受体结合铁或含铁蛋白,从而抑制细菌生长。
将EVs加入去除EV的血清中孵育,超速离心分离EVs,检测上清中总铁和转铁蛋白水平,并用上清培养细菌观察生长曲线。部分实验用holo-transferrin封闭TfR。
探究细菌感染如何诱导EV释放,即内质网应激是否导致溶酶体功能障碍。
用S. Typhimurium感染BMDM,检测ROS、内质网形态、ERS相关蛋白(IRE1α、ATF4、ATF6、GRP78)、Ca2+水平、溶酶体酸度和数量(LysoTracker、Magic Red、LAMP1)、V-ATPase表达,并使用4-PBA抑制ERS,检测EV释放。
验证IRE1α介导溶酶体功能障碍并促进EV释放。
用IRE1α siRNA或抑制剂toyocamycin处理感染BMDM,检测IRE1α、p-Erk、TFEB、LAMP1、ATP6V1A/B表达,溶酶体功能以及EV释放。
验证体内抑制ERS是否减少EV释放、影响铁螯合并改变感染结局。
S. Typhimurium感染小鼠在感染后6h腹腔注射脂质体包裹的4-PBA,检测肝ERS蛋白表达、血清EV浓度、血清铁、细菌载量、组织损伤和生存率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | -- | |
| 药物处理 | 4-苯基丁酸 | MedChemExpress | -- |
| Torin-1 | MedChemExpress | -- | |
| 巴弗洛霉素A1 | MedChemExpress | -- | |
| 动物实验 | GW4869 | MedChemExpress | -- |
| 铁葡聚糖 | Sigma | -- | |
| 脂质体包裹的PBS | YeaSen | 40338ES05 | |
| EV分离与表征 | BCA试剂盒 | Beyotime | -- |
| NanoSight NS300 | Malvern | -- | |
| Zeta View PMX 110 | Particle Metrix | -- | |
| 透射电子显微镜 | FEI | -- | |
| 抗CD81抗体 | Abcam | ab109201 | |
| 抗TSG101抗体 | Abcam | ab125011 | |
| 抗钙联蛋白抗体 | Abcam | ab22595 | |
| 抗TfR抗体 | Abcam | ab84036 | |
| 抗CD91抗体 | Abcam | ab92544 | |
| 抗CD163抗体 | Abcam | ab182422 | |
| 抗CD63抗体 | Santa Cruz | sc-5275 | |
| 抗Alix抗体 | Cell Signaling Technology | 92880 | |
| Western blot | 抗ATF4抗体 | Cell Signaling Technology | 11815 |
| 抗IRE1α抗体 | Cell Signaling Technology | 3294 | |
| 抗TFEB抗体 | Cell Signaling Technology | 32361 | |
| 抗Erk1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9102s | |
| 抗磷酸化Erk1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9101s | |
| 抗FTH1抗体 | Cell Signaling Technology | 3998S | |
| 抗FPN1抗体 | Invitrogen | PA5-115915 | |
| 抗GAPDH抗体 | YeaSen | -- | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗小鼠IgG二抗 | DIYIBio | DY60203 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG二抗 | DIYIBio | DY60202 | |
| 铁测定 | 铁测定试剂盒 | Abcam | -- |
| 转铁蛋白测定 | 转铁蛋白ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| 细胞荧光 | 活性氧检测试剂盒 | YeaSen | 50101ES01 |
| Fluo-4, AM | YeaSen | 40704ES50 | |
| LysoTracker | YeaSen | 40739ES50 | |
| Magic Red | Abcam | ab70774 | |
| 免疫荧光 | 抗F4/80抗体 | Abcam | ab6640 |
| 抗GRP78/Bip抗体 | Abcam | ab21685 | |
| 抗巨噬细胞抗体 | Abcam | ab22506 | |
| 抗LAMP1抗体 | Abcam | ab24170 | |
| 流式细胞术 | PE标记的抗小鼠F4/80抗体 | BioLegend | 123110 |
| FITC标记的抗小鼠CD11b抗体 | BioLegend | 101206 | |
| PE标记的抗小鼠MHC II抗体 | BioLegend | 116407 | |
| Alexa Fluor 488标记的抗小鼠F4/80抗体 | BioLegend | 123120 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 组织学 | Leica DM4B显微镜 | Leica | -- |
| OCT包埋剂 | -- | -- | |
| Triton X-100 | Sigma | -- | |
| 山羊血清 | Boster | -- | |
| Hoechst 33342 | -- | -- | |
| 激光扫描共聚焦显微镜 | Nikon | -- | |
| 动物实验 | 小动物活体成像系统 | Xenogen | -- |
| Living Image软件 | Calliper LifeSciences | -- | |
| EV标记 | DiR | -- | -- |
| PKH26 | -- | -- | |
| PKH67 | -- | -- | |
| EV结合实验 | 全转铁蛋白 | Sigma | -- |
| 蛋白提取 | 裂解缓冲液 | Beyotime | -- |
| 蛋白印迹 | PVDF膜 | Merck Millipore | -- |
| 化学发光试剂盒 | Merck Millipore | -- | |
| Tanon 4600成像系统 | Tanon | -- | |
| 转染 | Advanced DNA RNA转染试剂 | Zeta Life | -- |
| 含Rab27a shRNA的慢病毒 | Shanghai Jikai Gene | -- | |
| 脂质体制备 | 氢化大豆磷脂酰胆碱 | Sinopharm | -- |
| 胆固醇 | Sinopharm | -- | |
| 罗丹明B | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠感染模型 | 小鼠品系、性别、年龄、感染途径、细菌菌株和剂量 阅读提示:Methods: Animal experiment; 图1和图5图例 |
| EV释放抑制 | GW4869剂量、给药途径、给药时间 阅读提示:Methods: Animal experiment; 图1图例 |
| EV回补 | EV来源、剂量、给药途径、给药时间 阅读提示:Methods: Animal experiment; 图2和图3图例 |
| BMDM感染 | MOI、感染时间、培养基条件 阅读提示:Methods: Cell culture; 图3、图6、图7图例 |
| 溶酶体功能检测 | LysoTracker、Magic Red浓度、孵育时间 阅读提示:Methods: LysoTracker and Magic Red fluorescence measurement; 图6图例 |
| ERS抑制 | 4-PBA浓度、处理时间 阅读提示:Methods: Cell culture; 图6图例 |
| IRE1α抑制 | siRNA序列、toyocamycin浓度、处理时间 阅读提示:Methods: siRNA and transfection; 图7图例 |