单细胞转录组分析CD97表达
鉴定CD97在牙周组织及牙槽骨中单核/巨噬细胞中的表达。
分析已发表的牙周膜和牙槽骨scRNA-seq数据,通过UMAP聚类和aGPCR基因面板投影,观察CD97在单核/巨噬细胞簇中的表达。
CD97 inhibits osteoclast differentiation via Rap1a/ERK pathway under compression
包含体外压缩模型、破骨细胞分化与骨吸收功能验证、体内OTM模型和机制验证(RNA-seq、Western blot、抑制剂回补),证据层级多且功能与机制验证完整。
RAW264.7小鼠巨噬细胞系 小鼠正畸牙齿移动(OTM)模型
RAW264.7细胞静态压缩条件(1 g/cm2,4小时) CD97敲低效率(LV-Adgre5-sh1,60%-70%) RANKL诱导浓度(50 ng/mL) GGTI298给药浓度(10 μmol/L体外;50 μg/mL体内) OTM模型中正畸力大小(10 g)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定CD97在牙周组织及牙槽骨中单核/巨噬细胞中的表达。
分析已发表的牙周膜和牙槽骨scRNA-seq数据,通过UMAP聚类和aGPCR基因面板投影,观察CD97在单核/巨噬细胞簇中的表达。
探讨静态压缩对巨噬细胞CD97表达及破骨细胞分化的影响。
对RAW264.7细胞施加不同强度(0.5、1.0、2.0 g/cm2)和时间(1、2、4、6小时)的静态压缩,检测CD97 mRNA表达;并在此基础上用RANKL诱导破骨分化,进行TRAP染色、骨吸收实验和免疫荧光检测CD97表达。
观察正畸力加载过程中牙周组织巨噬细胞CD97表达的动态变化。
建立小鼠OTM模型,分别在0、3、7天收集上颌骨,通过micro-CT测量牙齿移动距离,TRAP染色计数破骨细胞,免疫荧光共染CD97和F4/80观察牙周组织内巨噬细胞表达。
验证CD97对破骨细胞分化和骨吸收功能的影响。
用慢病毒介导shRNA敲低RAW264.7细胞中的CD97,在静态压缩和RANKL诱导下,通过TRAP染色、骨吸收实验、肌动蛋白环染色和破骨相关基因表达检测评估破骨细胞分化和功能。
解析CD97调控破骨细胞分化的下游信号通路。
对LV-shNC和LV-shCD97转染的RAW264.7细胞在压缩条件下进行RNA-seq,分析差异表达基因,富集GO和KEGG通路,并通过qRT-PCR和Western blot验证Rap1a/ERK通路的关键分子。
验证Rap1a/ERK通路在压缩抑制破骨分化和OTM中的作用。
在体外,用GGTI298处理RAW264.7细胞,结合压缩和RANKL诱导,通过TRAP染色、肌动蛋白环染色和Western blot检测破骨分化及ERK磷酸化;在体内,OTM模型小鼠局部注射GGTI298,通过micro-CT和TRAP染色评估牙齿移动距离和破骨细胞数量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140-122 | |
| 破骨诱导 | 核因子κB受体活化因子配体 | Amizona | AM1004 |
| 药物处理 | GGTI298 | Cayman | 16176 |
| 活死细胞染色 | 钙黄绿素/PI细胞活力检测试剂盒 | Beyotime | C2015S |
| TRAP染色 | 酒石酸钠 | Sigma-Aldrich | BCBS5706 |
| 醋酸钠缓冲液 | Sigma-Aldrich | SLCH4856 | |
| 萘酚AS-MX磷酸盐 | Sigma-Aldrich | SLBV4822 | |
| 固红紫LB盐 | Aladdin | H2110208 | |
| 组织切片染色 | 甲基绿 | Sigma | MKBX8539V |
| 骨吸收实验 | 过氧化氢 | Boster | 16C01A |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Sigma | SLCD3084 |
| 抗CD97抗体 | Proteintech | 66972-1-Ig | |
| DAPI | Solarbio | C0065 | |
| 肌动蛋白环染色 | 鬼笔环肽-FITC | Solarbio | CA1620 |
| RNA提取 | TRIzol | Invitrogen | 15596-026 |
| cDNA合成 | TaqMan逆转录试剂 | TaKaRa | RR047A |
| qPCR | Hieff qPCR SYBR Green预混液 | Yeasen | 11201ES08 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Sabbiotech | PE001 |
| Western blot | 硝酸纤维素膜 | PALL | P-N66485 |
| 牛血清白蛋白 | BioFroxx | 143183 | |
| 抗Rap1a抗体 | Invitrogen | MA1-013 | |
| 抗ERK1/2抗体 | CST | 34370S | |
| 抗pERK1/2抗体 | CST | 4695S | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Proteintech | 11224-1 | |
| 二抗 | Signalway Antibody | L3012-1, | |
| 慢病毒感染 | 嘌呤霉素 | Solarbio | P8230 |
| RNA-seq | NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒 | NEB | -- |
| 动物实验 | 镍钛螺旋弹簧 | IMD | OS1218 |
| 流动复合树脂 | SPIDENT | EsFlow | |
| 组织免疫荧光 | 抗CD97抗体(Santa Cruz) | Santa Cruz | sc-166852 |
| 抗F4/80抗体 | Abcam | ab6640 | |
| 柠檬酸钠缓冲液 | Solabio | C1032 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与破骨分化 | 细胞系:RAW264.7;培养基:DMEM+10%FBS+1%P/S;RANKL浓度:50 ng/mL;培养时间:7天 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 静态压缩加载 | 压缩强度:1 g/cm2;时间:4小时;通过钢球数量调节压力 阅读提示:Materials and methods: Static compression application; Figure 2 |
| CD97敲低 | 慢病毒shRNA序列:LV-Adgre5-sh1靶向序列GCGTCTGTAACCTGGGATATA;感染MOI=25;嘌呤霉素筛选浓度:4 μg/mL;敲低效率:60-70% 阅读提示:Materials and methods: Lentivirus-mediated RNAi knockdown; Supplementary Fig. 3 |
| 体内OTM模型 | 小鼠品系:C57/BL6,8周龄,雄性;正畸力:10 g;弹簧连接方式;麻醉剂量:40-50 mg/kg;取材时间:0、3、7天 阅读提示:Materials and methods: Animal models; Figure 3 |
| Rap1a抑制剂GGTI298处理 | 体外浓度:10 μmol/L;体内浓度:50 μg/mL;注射体积:25 μL;注射频率:隔天一次 阅读提示:Materials and methods: Injection of Rap1a inhibitor GGTI298; Figure 6 |