代谢组学分析
鉴定MM细胞代谢特征,发现丝氨酸代谢途径活跃
对MM细胞系KMS28-PE和ARP1的条件培养基进行非靶向GC-TOFMS分析,确定富集的代谢途径,并通过HPLC检测丝氨酸、甘氨酸浓度
Phosphoglycerate dehydrogenase promotes proliferation and bortezomib resistance through increasing reduced glutathione synthesis in multiple myeloma
包含患者样本分析、细胞系功能实验(shRNA、过表达、抑制剂处理)、体内异种移植模型和代谢物检测(GC-TOFMS、HPLC、GSH测定),并进行了机制验证。
KMS28-PE MM细胞系 ARP1 MM细胞系 B-NDG小鼠异种移植模型 CD138+患者骨髓细胞
PHGDH在CD138+细胞中的表达水平 shRNA敲低PHGDH的效率及NCT-503浓度 BTZ处理浓度和作用时间 GSH添加浓度(2 mmol/l) 体内实验中BTZ剂量(1 mg/kg)和给药频率
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定MM细胞代谢特征,发现丝氨酸代谢途径活跃
对MM细胞系KMS28-PE和ARP1的条件培养基进行非靶向GC-TOFMS分析,确定富集的代谢途径,并通过HPLC检测丝氨酸、甘氨酸浓度
评估PHGDH在MM患者中的表达及其与预后关系
在CD138+患者骨髓细胞中通过免疫荧光和RT-qPCR检测PHGDH表达,并进行生存分析(Kaplan-Meier)
验证PHGDH对MM细胞增殖和BTZ耐药的功能影响
在MM细胞系KMS28-PE和ARP1中通过shRNA敲低或过表达PHGDH,检测细胞生长、细胞周期、凋亡及BTZ敏感性(CCK-8、软琼脂克隆形成、流式细胞术)
阐明PHGDH调控GSH和ROS的分子机制
检测PHGDH过表达或敲低对丝氨酸、甘氨酸、GSH水平的影响(HPLC、GSH/GSSG试剂盒),并检测ROS水平(荧光探针)
在体内模型中验证PHGDH对肿瘤生长和BTZ耐药的影响
将PHGDH过表达或空载体的ARP1细胞皮下注射至B-NDG小鼠,部分小鼠接受BTZ治疗,监测肿瘤体积,并检测肿瘤组织中PHGDH和GSH水平
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| Western blot | 抗PHGDH抗体 | Proteintech Group | 14719-1-AP |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech Group | 60008-1-Ig | |
| 抗caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9662 | |
| 抗PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 9532 | |
| 抗cleaved caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664 | |
| 抗CyclinB1抗体 | Cell Signaling Technology | 12231 | |
| 抗磷酸化ATR (S428)抗体 | Cell Signaling Technology | 2853 | |
| 抗LC3B抗体 | Cell Signaling Technology | 3868 | |
| 免疫荧光 | 抗CD138抗体 | Abcam | ab34164 |
| Western blot | 抗CDK1抗体 | Abcam | ab32094 |
| 抗γ-H2AX抗体 | Abcam | ab26350 | |
| 抗XBP1抗体 | Abcam | ab109221 | |
| HRP标记的山羊抗兔二抗 | Signalway Antibody | L3012 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠二抗 | Signalway Antibody | L3032 | |
| 药物处理 | NCT-503 | MCE | HY-101966 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Bimake | B34304 |
| ROS检测 | 绿色荧光细胞内ROS检测试剂盒 | -- | MAK143T |
| 细胞凋亡检测 | APC-Annexin V | BD Bioscience | -- |
| 7-AAD | BD Bioscience | -- | |
| 细胞周期检测 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| 免疫荧光染色 | DAPI | Solarbio | S2110 |
| Alexa Fluor 488标记的山羊抗兔二抗 | Thermo Fisher Scientific | A21202 | |
| Alexa Fluor 594标记的山羊抗小鼠二抗 | Thermo Fisher Scientific | A21207 | |
| 细胞分离 | 人CD138抗体偶联磁珠 | Miltenyi Biotec | -- |
| 质粒构建 | pCDH慢病毒载体 | -- | -- |
| pLKO-tet-on慢病毒载体 | -- | -- | |
| Xba1限制性内切酶 | New England Biolabs Ltd | R0145S | |
| BamH1限制性内切酶 | New England Biolabs Ltd | R3136S | |
| Western blot | SuperSignal West Femto最大灵敏度底物 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本检测 | CD138+细胞分离方法、样本来源(健康供者、初诊、复发MM患者)、样本量 阅读提示:Patients and methods - Patient samples; Figure 1H legend |
| 细胞培养 | 细胞系(KMS28-PE、ARP1、ANBL6等)、培养基(RPMI1640+10%FBS)、培养条件 阅读提示:Patients and methods - Cell lines, antibodies and reagents |
| 基因操作 | PHGDH shRNA序列、慢病毒包装细胞(HEK293T)、转染方法、筛选标记 阅读提示:Patients and methods - Plasmids and virus production; Table SIII |
| 药物处理 | BTZ浓度、NCT-503浓度、处理时间、GSH浓度 阅读提示:Figure 2G, 3D, 4F, 5A legends; Methods - Cell viability assay |
| 细胞功能检测 | 细胞活力检测方法(CCK-8)、凋亡检测(Annexin V/7-AAD)、细胞周期分析(PI染色)、克隆形成实验条件 阅读提示:Methods - Cell viability assay, Apoptosis assay, Cell cycle assay, Soft agar colony formation assay |
| 代谢物检测 | GC-TOFMS和HPLC方法、GSH/ROS检测试剂盒 阅读提示:Methods - Untargeted and targeted metabolomic assays, Measurement of ROS levels, Measurement of GSH levels |
| 体内实验 | 小鼠品系(B-NDG)、细胞注射数量、BTZ给药剂量和频率、肿瘤体积测量公式 阅读提示:Methods - In vivo tumour xenograft model; Figure 6A legend |