转录组数据生物信息学分析
鉴定不可逆性牙髓炎中差异表达的焦亡相关基因(DE-PRGs)并筛选关键基因
使用GEO2R分析GSE77459数据集,通过Venn图、随机森林算法筛选关键基因,并进行PPI网络和功能富集分析。
NLRP1 as a Novel Pyroptosis Biomarker in Irreversible Pulpitis: A Laboratory Investigation and Animal Model Study
包含生物信息学分析、LPS刺激hDPCs体外模型、腺病毒介导NLRP1敲低/过表达功能验证、大鼠体内模型及人组织样本验证等多层级证据。
LPS刺激的人牙髓细胞(hDPCs) 大鼠牙髓炎模型 人不可逆性牙髓炎组织样本 GSE77459转录组数据集
LPS刺激浓度1 μg/mL及时间点3、6、9、24 h NLRP1敲低和过表达腺病毒转染MOI=10 大鼠牙髓炎模型诱导方法(超声尖暴露牙髓、LPS棉球10 mg/mL作用4 h) 人牙髓组织样本诊断标准(症状、冷测、影像学)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定不可逆性牙髓炎中差异表达的焦亡相关基因(DE-PRGs)并筛选关键基因
使用GEO2R分析GSE77459数据集,通过Venn图、随机森林算法筛选关键基因,并进行PPI网络和功能富集分析。
验证LPS能否诱导hDPCs发生焦亡并检测相关基因表达
分离培养hDPCs,用LPS刺激,通过PI摄取、Caspase-1裂解检测焦亡,通过qRT-PCR、ELISA、Western blot检测炎症和焦亡相关基因表达。
确定NLRP1对炎症-焦亡网络的调控作用
通过腺病毒介导NLRP1敲低(KD)和过表达(OE),在LPS刺激或未刺激条件下检测炎症因子(IL-6、IL-1β)和焦亡相关蛋白(NLRP3、AIM2、Caspase-1)的表达。
在体内模型中验证NLRP1表达变化及其组织分布
建立大鼠牙髓炎模型,通过H&E、IHC、IF检测NLRP1、AIM2、NLRP3的表达和定位。
在临床样本中验证NLRP1表达并评估其作为生物标志物的潜力
获取人不可逆性牙髓炎和正常牙髓组织,通过H&E、IHC、IF检测NLRP1、AIM2、NLRP3的表达和定位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| I型胶原酶 | Sigma | -- | |
| 药物处理 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L2630 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Pierce | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | -- |
| SYBR Green荧光染料 | Roche | -- | |
| 7500实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| ELISA | 人IL-1β ELISA试剂盒 | Proteintech | -- |
| BioTek酶标仪 | BioTek | -- | |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| 化学发光试剂 | Beyotime | -- | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10 494–1-AP | |
| NLRP1抗体 | Abcam | ab36852 | |
| NLRP3抗体 | Abcam | ab270449 | |
| AIM2抗体 | Bioss | bs-5986R | |
| pro Caspase-1抗体 | Abcam | ab179515 | |
| HRP标记的二抗 | Proteintech | SA00001-2, SA00001-1 | |
| 动物实验 | 超声工作尖(ED15) | DTE | -- |
| 自粘树脂 | Kerr | -- | |
| 组织学分析 | 共聚焦显微镜(BX51) | Olympus Optical | -- |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488标记的兔抗山羊IgG(H+L) | -- | -- |
| Cy3标记的马抗小鼠IgG(H+L) | -- | -- | |
| DAPI | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 转录组分析 | 数据集GSE77459包含6个不可逆性牙髓炎和6个正常牙髓样本;差异表达阈值调整后p<0.05,|log2FC|>1;随机森林关键基因筛选标准MeanDecreaseGini>0.5 阅读提示:Methods部分2.1和2.2 |
| 体外细胞培养与LPS刺激 | hDPCs分离自健康第三磨牙(n=6,18-25岁);培养条件:DMEM+10%FBS+1%青霉素-链霉素;LPS浓度1 μg/mL,刺激时间3、6、9、24 h;每个时间点3个生物学重复 阅读提示:Methods部分2.3和2.4 |
| NLRP1功能实验 | 腺病毒转染MOI=10,感染12 h;验证敲低和过表达效率(mRNA和蛋白水平);LPS刺激浓度和时间 阅读提示:Methods部分2.9 |
| 大鼠牙髓炎模型 | 雄性SD大鼠(n=24,8周龄);诱导方法:超声尖暴露牙髓,LPS棉球(10 mg/mL)密封4h;对照组用无菌生理盐水;72 h后取材 阅读提示:Methods部分2.10 |
| 人组织样本分析 | 新鲜拔除的第三磨牙(每组n=8,18-25岁);诊断标准:症状、冷测、影像学等;伦理批准编号202053006 阅读提示:Methods部分2.11 |