分析Notch信号通路组分的表达
比较cHCC-CCA、HCC、CCA及正常肝组织中Notch受体和下游靶标的表达水平,探究Notch信号在cHCC-CCA中的激活状态。
通过qRT-PCR检测NOTCH1-4及HES5、ASCL1、HES1的mRNA表达,通过免疫组化(IHC)检测NOTCH1和HES5的蛋白表达,并计算H-score。
Comprehensive molecular profiling of combined hepatocellular carcinoma and cholangiocarcinoma reveals distinct Notch signaling subgroups with prognostic significance
研究包含IHC和RNA-seq等分子检测及生存分析,但未进行体外或体内功能验证实验。
患者组织样本(35例cHCC-CCA、38例HCC、32例CCA及3例正常肝组织) 中间细胞癌型cHCC-CCA(RNA测序亚组分析)
样本类型:FFPE组织样本;RNA提取使用Qiagen RNA kit,仅纳入RNA浓度>100 ng/μl的样本 分组:cHCC-CCA分为3个亚组,基于NOTCH1 H-score>35和HES5 H-score>85的临界值 统计:OS和PFS的组间差异使用Cox比例风险模型和log-rank检验;组间比较使用非配对t检验或单因素方差分析 RNA测序:仅对中间细胞癌亚型样本进行;使用QuantSeq 3' mRNA-Seq试剂盒构建文库,NextSeq 500平台单端测序
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较cHCC-CCA、HCC、CCA及正常肝组织中Notch受体和下游靶标的表达水平,探究Notch信号在cHCC-CCA中的激活状态。
通过qRT-PCR检测NOTCH1-4及HES5、ASCL1、HES1的mRNA表达,通过免疫组化(IHC)检测NOTCH1和HES5的蛋白表达,并计算H-score。
根据NOTCH1和HES5的表达水平将cHCC-CCA分为不同亚组,并评估各亚组的临床病理特征差异。
基于NOTCH1和HES5的IHC H-score,通过散点图将cHCC-CCA分为三个亚组:Group 1(低NOTCH1),Group 2(高NOTCH1和高HES5),Group 3(高NOTCH1和低HES5),并比较亚组间的临床病理参数。
通过RNA测序分析不同亚组的转录组特征,评估其与HCC或CCA的相似性,并验证Notch信号激活及与侵袭性相关的通路。
对中间细胞癌型cHCC-CCA亚组样本(以及HCC和CCA)进行RNA测序,分析差异表达基因、基因本体(GO)富集、与HCC/CCA相关基因集的比较,以及GSEA分析。
比较cHCC-CCA亚组与HCC、CCA的总生存期和无进展生存期,以评估Notch激活亚组的预后价值。
使用Kaplan-Meier方法估计OS和PFS,采用Cox比例风险模型计算风险比,log-rank检验比较差异。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | Qiagen RNA试剂盒 | Qiagen | -- |
| RNA浓度和质量检测 | BioTek Synergy H1酶标仪 | Agilent Technologies | -- |
| 逆转录 | GoScript逆转录系统 | Promega | A5001 |
| qRT-PCR | Thermal Cycler Dice Real-Time System III | TaKaRa Bio | -- |
| RNA测序文库构建 | QuantSeq 3' mRNA-Seq文库制备试剂盒 | Lexogen | -- |
| RNA测序 | NextSeq 500测序平台 | Illumina | -- |
| 免疫组化 | HepPar-1抗体 | Cell Marque | 264M-95 |
| Glypican-3抗体 | Abcam | AA-SSS | |
| CK7抗体 | Dako | M7018 | |
| CK19抗体 | Cell Marque | 319M-15 | |
| EpCAM抗体 | Abcam | ab223582 | |
| CD13抗体 | Invitrogen | 14-0138-82 | |
| NOTCH1抗体 | Cell Signaling | 3608S | |
| HES5抗体 | BIOSS | BS-3767R | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 10.0 | GraphPad Software | -- |
| RNA-seq数据处理 | Cutadapt | -- | -- |
| FastQC | -- | -- | |
| RNA-seq比对 | STAR | -- | -- |
| 基因计数 | FeatureCounts | -- | -- |
| 差异表达分析 | edgeR | -- | -- |
| GO分析 | DAVID生物信息学资源 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集和病理诊断 | 组织类型:FFPE组织样本;诊断由病理专家复核;纳入标准:手术切除样本,时间2017-2023年;排除标准:未明确说明 阅读提示:Methods: Patient characteristics |
| RNA提取与质控 | RNA提取试剂盒:Qiagen RNA kit;RNA质量要求:浓度>100 ng/μl;使用1-5片(10-50μm)切片 阅读提示:Methods: Quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) |
| qRT-PCR | 内参基因:GAPDH;定量方法:ΔΔCt法;引物序列见补充表2;逆转录系统:GoScript 阅读提示:Methods: Quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) |
| 免疫组化 | 抗体及稀释比例:NOTCH1 1:200, HES5 1:200,其他标记物见原文;评分方法:H-score;临界值:NOTCH1>35, HES5>85 阅读提示:Methods: Immunohistochemical staining and analysis |
| RNA测序 | 测序类型:单端测序;平台:NextSeq 500;文库构建:QuantSeq 3' mRNA-Seq;比对和计数:STAR, FeatureCounts;归一化:edgeR;分析软件版本:Cutadapt v1.18, FastQC v0.11.8, STAR v2.7.10a, FeatureCounts v2.0.1, edgeR v3.36.0 阅读提示:Methods: RNA sequencing analysis |
| 生存分析 | 生存终点:OS和PFS;统计方法:Kaplan-Meier,Cox比例风险模型,log-rank检验;软件:GraphPad Prism 10.0 阅读提示:Methods: Statistical analysis |