建立小鼠ICC模型并进行单细胞分析
构建小鼠ICC模型,并通过scRNA-Seq解析肿瘤异质性,鉴定TIC群体。
通过水动力尾静脉注射AKT/YAP/SB质粒诱导ICC,6周后取肿瘤组织进行scRNA-Seq,聚类得到18种细胞类型,进一步对上皮细胞亚聚类,识别出WNT活化的C2亚群。
Tumor-initiating cells escape tumor immunity via CCL8 from tumor-associated macrophages in mice
包含scRNA-Seq、谱系追踪、细胞消融、条件敲除、细胞共培养、药物抑制、体内移植瘤及患者样本等多个独立证据层级,并进行功能与机制验证。
小鼠ICC模型(AKT/YAP/SB水动力尾静脉注射) Krt19-DreER Axin2-CreER R26-Ai66谱系追踪小鼠 Axl/Mertk条件性双敲除(cDKO)小鼠 患者ICC组织样本
ICC诱导:水动力尾静脉注射30μg YAP(或20μg NICD)、4μg AKT和1μg转座酶质粒至6-10周龄小鼠 谱系追踪:他莫昔芬注射剂量100 μg/g体重,连续5天,腹腔注射 R428给药:口服灌胃25 mg/kg,每日两次 抗PD-1给药:腹腔注射200 μg/只,每3天一次 GAS6中和抗体:2 mg/kg腹腔注射,每周两次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
构建小鼠ICC模型,并通过scRNA-Seq解析肿瘤异质性,鉴定TIC群体。
通过水动力尾静脉注射AKT/YAP/SB质粒诱导ICC,6周后取肿瘤组织进行scRNA-Seq,聚类得到18种细胞类型,进一步对上皮细胞亚聚类,识别出WNT活化的C2亚群。
验证WNT活化细胞在体内是否具有TIC特性并驱动肿瘤进展。
使用双重组酶谱系追踪系统(Krt19-DreER Axin2-CreER R26-Ai66)标记KRT19+AXIN2+细胞,通过他莫昔芬诱导tdTomato表达,追踪其扩增和分化,并通过DTR介导细胞消融和有限稀释移植实验检测其致瘤性。
探究GAS6/AXL/MERTK相互作用在TIC维持和ICC发展中的功能。
使用GAS6中和抗体、R428抑制剂、Axl/Mertk条件性敲除小鼠及共培养实验,检测对TIC扩增、肿瘤生长、免疫细胞浸润和信号通路激活的影响。
鉴定GAS6/AXL/MERTK通路下游效应分子,并验证其对Treg浸润的影响。
通过RNA-seq和qRT-PCR鉴定CCL8为关键因子,使用Ccl8敲除小鼠(Lyz2-creER Ccl8fl/fl和Ccl8-/-)及重组CCL8回补实验,分析Treg、CD4+和CD8+ T细胞浸润变化。
评估AXL/MERTK抑制联合抗PD-1治疗对ICC生长的协同效应。
比较单独R428、抗PD-1或联合治疗对肿瘤生长、生存期、增殖凋亡和T细胞浸润的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 小鼠模型建立 | AKT质粒 | Addgene | 31789 |
| YAP质粒 | Addgene | 86497 | |
| NICD质粒 | Addgene | 86500 | |
| SB转座酶质粒 | -- | -- | |
| 去内毒素质粒大提试剂盒 | Tiangen Biotech | DP117-TA | |
| 药物处理 | 他莫昔芬 | MilliporeSigma | T5648 |
| 细胞消融 | 白喉毒素 | List Biologics | 150 |
| 药物处理 | XAV-939 | TargetMol | T1878-100 |
| R428 | Selleck Chemicals | S2841 | |
| GAS6中和抗体 | R&D Systems | AB885 | |
| 重组MCP-2/CCL8 | MedChemExpress | HY-P7239 | |
| 抗PD-1抗体 | Bio X Cell | BE0146 | |
| 组织解离 | 肿瘤解离试剂盒 | MACS Miltenyi Biotec | 130-096-730 |
| gentleMACS组织解离器 | MACS Miltenyi Biotec | 130-093-235 | |
| 细胞分离 | 40 μm细胞筛网 | Corning | 352340 |
| ACK裂解缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | A1049201 | |
| 死细胞去除试剂盒 | MACS Miltenyi Biotec | 130-090-101 | |
| 单细胞测序 | Chromium单细胞3'试剂盒V2 | 10x Genomics | -- |
| 测序 | MGISEQ2000测序系统 | BGI | -- |
| 组织学 | 柠檬酸钠抗原修复液 | Bioss | C02-02002 |
| 免疫组化 | 过氧化氢 | G-clone | CS7730 |
| 抗HNF4A抗体 | Abcam | ab41898 | |
| 抗MKI67抗体 | Novus | NB500-170 | |
| 抗细胞角蛋白19抗体 | Abcam | ab52625 | |
| 抗RFP抗体 | Rockland | 600-401-379 | |
| 抗活化caspase 3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661S | |
| 抗GAS6抗体 | Affinity | DF8659 | |
| 抗F4/80抗体 | Abcam | ab100790 | |
| 抗MRC1抗体 | Abcam | ab64693 | |
| 抗ATP6V1F抗体 | MilliporeSigma | HPA062011 | |
| 抗SCP2抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-44821 | |
| 抗AXL抗体 | Affinity | AF7793 | |
| 抗MERTK抗体 | Abcam | ab300136 | |
| 免疫荧光 | PANOVUE染料 | -- | -- |
| Zeiss LSM880共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 增殖检测 | Click-iT EdU Alexa Fluor 488试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | C10337 |
| 流式细胞术 | Foxp3/转录因子染色缓冲液试剂盒 | Tonbo Biosciences | TNB-0607-KIT |
| CD45 PE-Cyanine 7抗体 | Tonbo Biosciences | 60-0451 | |
| CD3 APC抗体 | Tonbo Biosciences | 20-0032 | |
| CD8a VioletFluo 450抗体 | Tonbo Biosciences | 75-1886 | |
| CD4 FITC抗体 | eBioscience | 35-0042 | |
| FOXP3 PerCP/Cy5.5抗体 | Tonbo Biosciences | 55-5773-U100 | |
| CD25 PE抗体 | Tonbo Biosciences | 50-0251-U100 | |
| CD206 APC抗体 | BioLegend | 141708 | |
| F4/80 PE抗体 | BioLegend | 137014 | |
| F4/80 PerCP/Cy5.5抗体 | eBioscience | 2349828 | |
| CD86 PerCP/Cy5.5抗体 | BioLegend | 105028 | |
| NK1.1 PerCP/Cy5.5抗体 | Tonbo Biosciences | 65-5941 | |
| CD11b Violet Fluorescence 500抗体 | Tonbo Biosciences | 85-0112 | |
| Ghost Dye Red 780染料 | Tonbo Biosciences | 13-0865 | |
| EpCAM APC抗体 | Invitrogen | B358247 | |
| AXL BV421抗体 | BD Biosciences | 748028 | |
| Ghost Dye Red 710染料 | Tonbo Biosciences | 13-0871-T100 | |
| MERTK APC-CY7抗体 | Invitrogen | 47-5751-80 | |
| GAS6 FITC抗体 | Bioss | bs-7549R-BF488 | |
| Siglec APC抗体 | BioLegend | 129611 | |
| MHC II FITC抗体 | Tonbo Biosciences | 35-5321-U100 | |
| CD11C Violet Fluo 450抗体 | Tonbo Biosciences | 75-0114-U025 | |
| LY6G APC-CY7抗体 | BioLegend | 127623 | |
| LY6C抗体 | Invitrogen | 45-5932-80 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 流式细胞分选 | Fc阻断剂(抗CD16/CD32) | Elabscience | -- |
| FACSAria Fusion流式细胞分选仪 | BD | -- | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Roche | 4693132001 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| SDS-PAGE凝胶 | EpiZyme | PG11X | |
| PVDF膜 | MilliporeSigma | IPVH00010 | |
| 抗AXL抗体 | Abcam | ab215205 | |
| 抗p-AXL抗体 | Affinity | AF8523 | |
| 抗p-MERTK抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-143631 | |
| 抗β-catenin抗体 | Abcam | ab32572 | |
| 抗p-β-catenin抗体 | Cell Signaling Technology | 9561 | |
| 抗LRP6抗体 | Cell Signaling Technology | 3395 | |
| 抗p-LRP6抗体 | Cell Signaling Technology | 2568 | |
| 抗CCL8抗体 | Signalway Antibody | 55062 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 2118S | |
| 抗NF-κB1抗体 | Cell Signaling Technology | 13586 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 抗p-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9271 | |
| HRP标记二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| ECL底物 | Tanon | 180-5001 | |
| Treg分化实验 | EasySep小鼠初始CD4+ T细胞分离试剂盒 | STEMCELL Technologies | 19765 |
| 淋巴细胞培养基 | Corning | 88-581-cm | |
| 白细胞介素-2 | Elabscience | PKSM041320 | |
| 转化生长因子-β1 | Abbkine | PRP110618 | |
| CD8+ T细胞增殖实验 | CFSE染料 | BD Biosciences | 565082 |
| ELISA | CCL8 ELISA试剂盒 | JONLN | JL10984 |
| TECAN Infinite M200Pro酶标仪 | TECAN | -- | |
| RNA提取 | AG RNAex Pro RNA提取试剂 | Accurate Biotechnology | AG21102 |
| RNA浓度检测 | NanoDrop分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | Nano-300 |
| qRT-PCR | PerfectStart Green qPCR SuperMix预混液 | TransGen Biotech | AQ601 |
| Bio-Rad CXF96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| ICC模型诱导 | 质粒剂量(30μg YAP/20μg NICD,4μg AKT,1μg SB)、小鼠周龄(6-10周)、注射后取材时间(6周) 阅读提示:见Methods“Mice, hydrodynamic injection, lineage tracing, and drug treatment”部分 |
| 谱系追踪 | 他莫昔芬剂量(100μg/g体重)、给药方式(腹腔注射)、给药时间(连续5天) 阅读提示:见Methods“Mice, hydrodynamic injection, lineage tracing, and drug treatment”部分 |
| 药物处理 | R428剂量(25mg/kg,每日两次,口服灌胃)、GAS6抗体剂量(2mg/kg,每周两次,腹腔注射)、抗PD-1剂量(200μg/只,每3天一次,腹腔注射) 阅读提示:见Methods“Mice, hydrodynamic injection, lineage tracing, and drug treatment”部分 |
| 细胞消融 | 白喉毒素剂量(500ng,隔天注射)、注射方式(腹腔注射) 阅读提示:见Methods“Mice, hydrodynamic injection, lineage tracing, and drug treatment”部分 |
| 流式分析 | 抗体组合和克隆号、染色缓冲液、固定破膜条件 阅读提示:见Methods“Flow cytometric analysis and FACS”部分 |