描绘ESCA免疫图谱
全面表征人食管癌肿瘤与癌旁组织的免疫细胞组成和差异。
收集20例未治疗ESCA患者的肿瘤和癌旁组织,制备单细胞悬液,进行CyTOF染色和数据采集,通过PhenoGraph聚类和t-SNE降维分析鉴定免疫细胞亚群。
Hypoxia inhibits the iMo/cDC2/CD8+ TRMs immune axis in the tumor microenvironment of human esophageal cancer
包含CyTOF、scRNA-seq、多色免疫荧光、流式细胞术、体外共培养、分化诱导、凋亡实验及CD103条件敲除小鼠体内肿瘤模型,涵盖多层次功能与机制验证。
人食管癌肿瘤及癌旁组织样本 C57小鼠皮下AKR食管癌细胞移植瘤模型 CD8+ T细胞特异性CD103条件敲除小鼠
CD8+ TRMs定义为CD45+CD3+CD8a+CD69+CD103+ 缺氧处理使用100 μM氯化钴处理48小时 共培养比例为cDC2s与CD8+ TRMs 1:5,培养48小时 CD103敲除小鼠模型:他莫昔芬注射剂量2 mg/25g,隔日一次 AKR细胞接种剂量为每只小鼠5×10^5
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
全面表征人食管癌肿瘤与癌旁组织的免疫细胞组成和差异。
收集20例未治疗ESCA患者的肿瘤和癌旁组织,制备单细胞悬液,进行CyTOF染色和数据采集,通过PhenoGraph聚类和t-SNE降维分析鉴定免疫细胞亚群。
确定CD8+ TRMs中与疾病进展及预后相关的具体亚群。
基于CyTOF数据,对CD8+ T细胞进行亚聚类,鉴定出5个CD8+ TRMs亚群(nTRMs、tTRMs、pTRMs、dTRMs、iTRMs),通过多色免疫荧光染色和在77例TMA样本中验证其与TNM分期和总生存期的相关性,并通过CD103条件敲除小鼠模型验证其抗肿瘤作用。
从转录水平和TCR克隆型角度进一步揭示CD8+ TRMs亚群的异质性和发育关系。
对来自GSE160269的scRNA-seq数据进行分析,提取CD8+ TRMs(CD69+ITGAE+ITGA1+)进行聚类,通过Monocle2进行拟时序分析,SCENIC分析调控转录因子,并分析TCR克隆型。
明确髓系细胞亚群的组成,并研究cDC2s对CD8+ TRMs的调控作用及iMos向cDC2s的分化潜力。
通过CyTOF和scRNA-seq分析髓系细胞亚群,通过免疫荧光验证cDC2与CD8+ TRMs的相互作用,通过流式分选共培养实验检测cDC2s对CD8+ TRMs增殖的影响,通过细胞因子诱导实验验证iMos向cDC2s的分化。
探究缺氧环境对iMo/cDC2/CD8+ TRMs免疫轴的影响及其对食管癌进展的促进作用。
对肿瘤单细胞悬液进行氯化钴模拟缺氧处理,流式检测CD80+ cDC2s频率;对iMos进行缺氧处理检测凋亡和巨噬细胞分化;对肿瘤单细胞悬液进行缺氧处理检测cDC2s分化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织保存 | 组织保存液 | Miltenyi Biotec | 130-100-008 |
| 细胞消化 | RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875093 |
| I型胶原酶 | Solarbio | C8140 | |
| IV型胶原酶 | Solarbio | C8160 | |
| 青霉素-链霉素 | Procell | PB180120 | |
| 胎牛血清 | Procell | 164210-50 | |
| GentleMACS系统 | Miltenyi Biotec | 130-096-427 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Procell | PB180327 | |
| CyTOF染色 | 顺铂 | Solarbio | -- |
| 转录因子缓冲液 | BD Biosciences | -- | |
| 铈140、铕151、铕153、钬165、镥175 | Fluidigm | -- | |
| 多色免疫荧光 | 免疫荧光封闭缓冲液 | Cell Signaling Technology | 12411 |
| 抗CD3抗体 | Biolynx | BX50022-C3 | |
| 抗CD8抗体 | Biolynx | BX50036-C3 | |
| 抗CD103抗体 | Abcam | ab129202 | |
| 抗CD11C抗体 | Newmarket Scientific | GB11059 | |
| 抗CD1C抗体 | Abcam | ab246520 | |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | 牛血清白蛋白 | -- | -- |
| LSRII Fortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 流式分选 | MoFlo Astrios EQs分选仪 | BECKMAN | -- |
| 共培养与缺氧培养 | 重组人白介素-4 | -- | -- |
| 重组人粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | -- | -- | |
| 分化诱导实验 | 重组人转化生长因子-β | Abcam | ab50036 |
| 重组人白介素-2 | Abcam | ab269149 | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | LinkBio | AT101 |
| 免疫组化 | 抗IL-4抗体 | Bioss | bs-0581R |
| 抗GM-CSF抗体 | Bioss | bs-3790R | |
| 动物实验 | 他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | T2859 |
| 玉米油 | -- | -- | |
| AKR细胞 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CyTOF分析 | 样本消化酶浓度(1 mg/mL胶原酶I和IV)、染色时间(表面30min,胞内60min)、细胞数量(每样本3×10^6) 阅读提示:Methods - CyTOF sample preparation |
| scRNA-seq分析 | 数据来源GSE160269,质控标准(<400基因/细胞,>10%线粒体基因去除) 阅读提示:Methods - Preprocessing of single-cell RNA-sequencing data |
| 共培养实验 | cDC2s与CD8+ TRMs比例1:5,培养时间48小时 阅读提示:Methods - Co-culture, hypoxic culture and induction differentiation experiments |
| 缺氧实验 | 氯化钴浓度100 μM,处理时间48小时 阅读提示:Methods - Co-culture, hypoxic culture and induction differentiation experiments |
| 分化诱导实验 | iMos分化:GM-CSF 20 ng/mL和IL-4 10 ng/mL处理2天;dTRMs分化:TGF-β 20 ng/mL处理72小时;pTRMs分化:IL-2 100 ng/mL处理72小时 阅读提示:Methods - Co-culture, hypoxic culture and induction differentiation experiments |
| 动物实验 | 小鼠模型:CD8creTg/Tg; ITGAEfl/fl和CD8creTg/Tg; ITGAE△/△;他莫昔芬剂量2 mg/25g体重,隔日一次;AKR细胞接种量5×10^5/只 阅读提示:Methods - Animal studies |