临床样本相关性分析
探究KLF12和Gal-1的表达水平与患者预后及抗PD-1治疗反应的相关性。
对161例NSCLC、53例食管癌和173例结直肠癌组织样本进行IHC和多重免疫荧光染色,结合临床数据评估预后及抗PD-1治疗反应。
KLF12 overcomes anti-PD-1 resistance by reducing galectin-1 in cancer cells
包含体外细胞实验、多个小鼠肿瘤模型(LLC、B16-F10、MC38等)、患者样本分析及机制验证(ChIP、荧光素酶报告基因等)。
C57BL/6小鼠LLC肺癌模型 C57BL/6小鼠B16-F10黑色素瘤模型 C57BL/6小鼠MC38结直肠癌模型 入组非小细胞肺癌及食管癌患者样本
KLF12过表达或敲除后CD8+ T细胞浸润和功能变化 KLF12与Gal-1启动子结合的直接证据(ChIP、荧光素酶) Gal-1抑制剂(OTX008)或基因沉默对CD8+ T细胞功能的影响 抗PD-1单药与抗PD-1联合Gal-1抑制剂在肿瘤模型中的疗效比较 患者样本中KLF12、Gal-1表达与抗PD-1反应的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究KLF12和Gal-1的表达水平与患者预后及抗PD-1治疗反应的相关性。
对161例NSCLC、53例食管癌和173例结直肠癌组织样本进行IHC和多重免疫荧光染色,结合临床数据评估预后及抗PD-1治疗反应。
明确KLF12对肿瘤细胞增殖、迁移以及CD8+ T细胞功能的影响。
在肿瘤细胞系中过表达或敲低KLF12,运用IncuCyte检测增殖和迁移,通过transwell实验检测CD8+ T细胞跨内皮迁移,通过流式细胞术检测CD8+ T细胞的细胞因子分泌和杀伤能力。
验证KLF12在体内对肿瘤生长和CD8+ T细胞浸润及功能的影响。
将KLF12过表达或敲低的肿瘤细胞接种至免疫缺陷(裸鼠)和免疫正常(C57BL/6)小鼠,监测肿瘤生长,并通过流式细胞术和IHC分析肿瘤微环境中CD8+ T细胞的浸润和功能。
阐明KLF12调控Gal-1表达的分子机制。
通过RNA-seq分析KLF12敲低后的差异表达基因,结合ChIP-seq数据预测KLF12结合位点,利用ChIP-qPCR和双荧光素酶报告基因实验验证KLF12直接结合Gal-1启动子并抑制其转录。
验证Gal-1是否介导KLF12的免疫调节作用,并评估Gal-1抑制剂联合抗PD-1的治疗效果。
使用Gal-1抑制剂(OTX008)或基因沉默,检测CD8+ T细胞浸润和功能的变化;在多个肿瘤模型中评估抗PD-1与Gal-1抑制剂联合治疗的抗肿瘤疗效。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | DiR碘化物 | Yeasen | -- |
| 药物处理 | Gal-1抑制剂 | MCE | HY-19756 |
| 抗PD-1抗体 | Bio X Cell | BE0146 | |
| 免疫实验 | IgG对照 | Bio X Cell | BE0083 |
| 细胞培养 | 基质胶 | Corning | -- |
| 流式细胞术 | Zombie Yellow可固定活力试剂盒 | BioLegend | -- |
| 细胞增殖检测 | 溴脱氧尿苷 | MCE | -- |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Yishan Biotechnology | -- |
| 反转录 | 反转录系统 | Takara | -- |
| qPCR | SYBR Green PCR预混液 | Takara | -- |
| 实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| RNA-seq | RNA Nano 6000检测试剂盒 | Agilent Technologies | -- |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| ChIP实验 | SimpleChIP酶法染色质IP试剂盒 | CST | 9003 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo | 89900 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Thermo | 78442 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo | 23225 | |
| PVDF膜 | Millipore | ISEQ85R | |
| 抗Gal-1抗体 | CST | 12936 | |
| 抗KLF12抗体 | Abcam | ab129459 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | CST | 3700s | |
| HRP标记的抗小鼠IgG二抗 | CST | 7076 | |
| HRP标记的抗兔IgG二抗 | CST | 7074 | |
| 免疫组织化学 | 抗Gal-1抗体 | CST | 13888 |
| 抗KLF12抗体 | Bioss | bs-16783R | |
| 抗PD-1抗体 | CST | 84651S | |
| 抗CD8抗体 | Abcam | 217344 | |
| 细胞毒性实验 | CFSE染料 | Sigma | 21888 |
| 荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
| 多重免疫荧光 | Opal聚合物HRP鼠+兔检测试剂 | Panovue, PerkinElmer | -- |
| Opal 520荧光染料 | PerkinElmer | -- | |
| DAPI染料 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 患者队列的癌症类型、样本量、分期、治疗史及抗PD-1治疗反应评估标准 阅读提示:详见“Patient cohort and evaluation of treatment response”部分 |
| 细胞培养与处理 | KLF12过表达或敲低的细胞系(如A549、LLC等)、转染试剂、siRNA/shRNA序列、处理时间 阅读提示:详见“Transient transfection and lentivirus preparation”部分 |
| 动物模型 | 小鼠品系(裸鼠/C57BL/6)、肿瘤细胞系(LLC、B16-F10等)、接种细胞数、肿瘤生长监测时间点、给药剂量和频率 阅读提示:详见“Mice”部分 |
| 流式细胞术检测 | 抗体克隆号和荧光标记、细胞表面染色时间、固定透化条件、细胞因子检测的刺激条件 阅读提示:详见“Flow cytometry”部分 |
| 机制实验 | ChIP用的抗体、细胞数量、酶切时间、引物序列;双荧光素酶报告基因用的启动子片段和突变体 阅读提示:详见“ChIP assay”和“Luciferase reporter assays”部分 |
| 联合治疗实验 | Gal-1抑制剂(OTX008或HY-19756)的剂量、给药途径(腹腔注射)、抗PD-1抗体的剂量和克隆号 阅读提示:详见“In vivo efficacy studies”部分 |