circZKSCAN1表达与索拉非尼敏感性分析
筛选在HCC中差异表达且与索拉非尼相关的circRNA
利用GEO数据集(GSE143233、GSE140202)结合RT-qPCR验证circZKSCAN1在HCC组织和细胞系中的表达,并检测索拉非尼处理后的表达变化。
A novel polypeptide encoded by the circular RNA ZKSCAN1 suppresses HCC via degradation of mTOR
包含体外细胞增殖/凋亡实验、裸鼠移植瘤模型、质谱、Co-IP、泛素化分析等多层级验证,并明确机制。
HCC细胞系(HCC-LM3、Hep3B等) 裸鼠皮下移植瘤模型 人正常肝细胞系THL-2 人胚胎肾细胞293T
circZKSaa过表达/敲低对HCC细胞增殖、凋亡及索拉非尼敏感性的影响 circZKSaa与mTOR及FBXW7的相互作用(Co-IP、免疫荧光) mTOR蛋白稳定性及泛素化水平检测 裸鼠移植瘤模型中肿瘤体积变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选在HCC中差异表达且与索拉非尼相关的circRNA
利用GEO数据集(GSE143233、GSE140202)结合RT-qPCR验证circZKSCAN1在HCC组织和细胞系中的表达,并检测索拉非尼处理后的表达变化。
验证circZKSCAN1是否编码新肽circZKSaa
通过双荧光素酶报告实验、多聚核糖体分级、质谱等方法确认circZKSCAN1的编码能力。
评估circZKSaa对HCC细胞增殖、凋亡及索拉非尼敏感性的影响
建立circZKSaa过表达或敲低稳转细胞系,进行CCK8、集落形成、流式凋亡、TUNEL等实验。
验证circZKSaa在体内对HCC肿瘤生长的影响
裸鼠皮下注射稳定表达circZKSaa或对照的HCC-LM3细胞,测量肿瘤体积。
阐明circZKSaa抑制HCC的分子机制
通过Western blot、Co-IP、免疫荧光、泛素化实验等验证circZKSaa与mTOR、FBXW7的相互作用及对mTOR泛素化降解的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | -- | |
| 嘌呤霉素 | Aladdin | -- | |
| 载体构建 | 慢病毒载体 | Addgene | -- |
| psPAX2包装质粒 | Addgene | -- | |
| pMD2.G包膜质粒 | Addgene | -- | |
| PL05-ciR载体 | GENESEED | -- | |
| PLKO.1-TRC质粒 | Tsingke | -- | |
| pLV-(2A)-puro载体 | Tsingke | -- | |
| pCDN3.1(+)载体 | Tsingke | -- | |
| pCMV-HA载体 | Tsingke | -- | |
| 双荧光素酶报告实验 | Psi-check2载体 | Promega | -- |
| 转染 | LIPO 3.0转染试剂 | HANBIO | -- |
| 双荧光素酶报告实验 | 发光反应液 | Galen | -- |
| 多功能酶标仪 | Tecan | -- | |
| Western blot | 抗ZKSCAN1抗体 | Bioss | P17029 |
| FBXW7兔多克隆抗体 | ABclonal | A5872 | |
| mTOR小鼠单克隆抗体 | Proteintech | 66,888–1-lg | |
| β-肌动蛋白兔单抗 | ABclonal | AC026 | |
| 抗His小鼠单抗 | ABclonal | AE003 | |
| HA标签抗体 | ABclonal | AE008 | |
| 抗DDDDK标签小鼠单抗 | ABclonal | AE005 | |
| 抗GAPDH抗体 | Sangon Biotech | D110016 | |
| AKT多克隆抗体 | Proteintech | 51,077–1-AP | |
| 磷酸化Akt (Ser473)抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 磷酸化Akt (Thr308)抗体 | Cell Signaling Technology | 13,038 | |
| 磷酸化p44/42 MAPK (Erk1/2) (Thr202/Tyr204)抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| ERK1/2单克隆抗体 | Proteintech | 67170–1-Ig | |
| 磷酸化mTOR (Ser2448)抗体 | Cell Signaling Technology | 5536 | |
| 磷酸化PDK1 (Ser241)抗体 | Cell Signaling Technology | 3438 | |
| 磷酸化MDM2 (Ser166)抗体 | Cell Signaling Technology | 3521 | |
| 磷酸化p70 (S6)激酶 (Thr389)抗体 | Cell Signaling Technology | 97,596 | |
| MDM2抗体 | Proteintech | 66,511–1-Ig | |
| PDK1抗体 | Proteintech | 18,262–1-AP | |
| P70 (S6K)抗体 | Proteintech | 14,485–1-AP | |
| 生物素化兔抗山羊IgG | ZSGB-BIO | ZB-2050 | |
| 生物素化小鼠抗山羊IgG | ZSGB-BIO | ZB-2020 | |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A/G磁珠 | GE Healthcare | -- |
| RNA免疫沉淀 | Magna RIP试剂盒 | Millipore | -- |
| DNA酶I | Roche Life Science | -- | |
| 抗Ago2抗体 | Abcam | ab57113 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞增殖实验 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | -- |
| 免疫荧光 | KI67抗体 | Cell Signaling Technology | 1:1000 |
| DAPI染色液 | Solarbio | -- | |
| TUNEL染色 | TUNEL染色试剂盒 | Beyotime | -- |
| 多聚核糖体分级 | RNA酶抑制剂 | Solarbio | -- |
| 蔗糖 | -- | -- | |
| 质谱分析 | 测序级胰蛋白酶 | Promega | -- |
| QExactive质谱仪 | Thermo Fisher | -- | |
| 流式细胞术 | RNA酶A | Solarbio | -- |
| 碘化丙啶 | Beyotime | -- | |
| 细胞凋亡检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 流式细胞仪 | BD | -- | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | SIBEIFU Company | -- |
| 药物处理 | 索拉非尼 | Sigma-Aldrich | -- |
| 泛素化实验 | MG132蛋白酶体抑制剂 | Sigma-Aldrich | -- |
| RNA和gDNA提取 | TIANamp基因组DNA提取试剂盒 | TIANGEN | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Cwbio | -- |
| 逆转录 | M-MLV逆转录酶 | Takara | -- |
| RT-qPCR | LightCycler480实时荧光定量PCR仪 | Roche Life Science | -- |
| Fast SYBR green预混液 | GenStar | -- | |
| 核质分离 | PARIS试剂盒 | Life Technologies | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系(HCC-LM3, Hep3B等)、培养基成分、转染试剂LIPO 3.0浓度 阅读提示:Materials and methods: Cell culture, stably transfected cells selection; Vectors construction, stable transfection |
| circZKSCAN1表达检测 | RT-qPCR引物序列、抗体来源与稀释度 阅读提示:Materials and methods: Western blot; RT-qPCR |
| circZKSaa过表达/敲低 | 质粒构建细节、稳定转染筛选浓度 阅读提示:Materials and methods: Vectors construction, stable transfection; Results: circZKSCaa inhibits the growth of HCC |
| 体外功能实验 | CCK8检测时间点、KI67染色流程、流式细胞术凋亡检测步骤 阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation assays; Flow cytometry analysis |
| 体内成瘤实验 | 细胞注射数量、小鼠品系周龄、肿瘤测量时间 阅读提示:Materials and methods: Murine and xenograft assay in vivo; Figure 5C |
| 机制验证 | Co-IP抗体、泛素化实验处理条件(MG132浓度和时间)、CHX浓度和时间 阅读提示:Materials and methods: Coimmunoprecipitation (Co-IP); Ubiquitination assay; Drug treatment |