临床样本与细胞系表达分析
检测CERS1在口腔癌组织及细胞系中的表达水平,及其与患者预后和临床病理特征的关系。
收集48例口腔癌患者的癌症组织和癌旁正常组织,提取RNA进行RT-PCR检测CERS1表达;同时检测口腔癌细胞系(SCC25、CAL27、HSC-2、HSC-3)与非恶性细胞(HOK、DOK)中CERS1的表达水平;通过Kaplan-Meier生存分析评估CERS1表达与患者生存的关系。
Downregulation of ceramide synthase 1 promotes oral cancer through endoplasmic reticulum stress
包含临床组织样本分析、体外细胞功能实验、体内Cers1敲除小鼠模型及机制验证(ER应激、VEGFA调控)。
口腔鳞状细胞癌细胞系(SCC25, CAL27, HSC-2, HSC-3) Cers1敲除C57BL/6小鼠4NQO诱导口腔癌模型 口腔癌患者组织样本(48例)
CERS1表达:RT-PCR检测48对口腔癌及癌旁组织,Western blot检测细胞系 siRNA转染:100 nmol/L CERS1 siRNA及ATF4 siRNA转染SCC25和CAL27细胞 体内模型:Cers1敲除小鼠(C57BL/6)经4NQO处理16周后观察8周 顺铂处理:40 nmol/L顺铂处理12小时 低剂量衣霉素预处理:1 μg/mL TM处理2小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测CERS1在口腔癌组织及细胞系中的表达水平,及其与患者预后和临床病理特征的关系。
收集48例口腔癌患者的癌症组织和癌旁正常组织,提取RNA进行RT-PCR检测CERS1表达;同时检测口腔癌细胞系(SCC25、CAL27、HSC-2、HSC-3)与非恶性细胞(HOK、DOK)中CERS1的表达水平;通过Kaplan-Meier生存分析评估CERS1表达与患者生存的关系。
验证CERS1敲低或过表达对口腔癌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
使用siRNA敲低CERS1或质粒过表达CERS1后,通过CCK-8、集落形成、EdU掺入、划痕愈合、Transwell侵袭、流式凋亡等实验检测细胞功能变化。
在体内验证Cers1敲除对4NQO诱导口腔癌发生的影响。
利用CRISPR/Cas9建立Cers1敲除小鼠,经4NQO饮水处理诱导口腔癌,观察舌部病变形成,并通过组织病理学分析(H&E染色、免疫组化)评估病变程度和标志物表达。
探究CERS1敲低诱导内质网应激及其对VEGFA转录调控的分子机制。
通过RT-PCR和Western blot检测ER应激标志物(BIP、ATF4、CHOP)和VEGFA的表达;利用双荧光素酶报告基因实验验证ATF4对VEGFA启动子的调控作用。
验证CERS1敲低是否通过诱导轻度内质网应激导致顺铂耐药。
低剂量衣霉素(TM)作为阳性对照诱导轻度ER应激,细胞分为siNC、siNC+DDP、siNC+TM+DDP和siCERS1+DDP组,检测ER应激标志物表达及顺铂诱导的细胞凋亡情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| DMEM/F12培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 氢化可的松 | Solarbio | -- | |
| siRNA转染 | CERS1 siRNA | GeneCopoeia | -- |
| ATF4 siRNA | GeneCopoeia | -- | |
| 阴性对照siRNA | GeneCopoeia | -- | |
| Lipo2000转染试剂 | Thermo Fisher | -- | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo | -- |
| EdU体外DNA增殖检测试剂盒 | GeneCopoeia | -- | |
| DAPI染色液 | Solarbio | -- | |
| 结晶紫 | Solarbio | -- | |
| 细胞迁移侵袭 | 基质胶包被的Transwell小室 | Corning | 8 |
| 移液枪头 | Thermo QSP | -- | |
| DAPI染色液 | Servicebio | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V/PI双染试剂盒 | GeneCopoeia | -- |
| 流式细胞仪 | Beckman | -- | |
| 动物实验 | 丙二醇 | Sigma | -- |
| 10%缓冲福尔马林 | Solarbio | -- | |
| RNA保存液 | Tiangen | -- | |
| 组织病理分析 | 抗BAX抗体 | Servicebio | -- |
| 抗BCL2抗体 | Servicebio | -- | |
| 抗MMP2抗体 | Servicebio | -- | |
| 抗MMP9抗体 | Servicebio | -- | |
| 抗PCNA抗体 | Servicebio | -- | |
| 抗VEGFA抗体 | Servicebio | -- | |
| 生物素化抗小鼠/兔IgG | Servicebio | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Solarbio | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| SDS-PAGE凝胶(10%) | Bio-Rad | -- | |
| PVDF膜(0.22 μm) | Millipore | 0.22 | |
| 抗GAPDH抗体(#2118) | Cell Signaling Technology | 2118 | |
| 抗CERS1抗体(#ab98062) | Abcam | ab98062 | |
| 抗GDF1抗体(#bs-1794R) | Bioss | bs-1794R | |
| 抗ATF4抗体(#11815) | Cell Signaling Technology | 11815 | |
| 抗VEGFA抗体(#ab46154) | Abcam | ab46154 | |
| 抗BIP抗体(#ER40402) | Huabio | ER40402 | |
| 抗CHOP抗体(#5554) | Cell Signaling Technology | 5554 | |
| 抗BAX抗体(#5023) | Cell Signaling Technology | 5023 | |
| 抗BCL2抗体(#4223) | Cell Signaling Technology | 4223 | |
| 化学荧光试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| 成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| RNA提取与RT-PCR | RNAiso Plus试剂 | Takara | -- |
| 异丙醇 | Solarbio | -- | |
| RevertAid逆转录试剂盒 | Thermo | -- | |
| SYBR Premix Ex Taq II试剂 | Takara | -- | |
| ABI Q7实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 荧光素酶报告基因 | Q5高保真DNA聚合酶 | NEB | -- |
| QuickCut限制性内切酶 | Takara | -- | |
| DNA连接试剂盒 | Takara | -- | |
| pEZX-FR01载体 | GeneCopoeia | -- | |
| DH5α感受态细胞 | TSINGKE | -- | |
| 硫酸卡那霉素 | Solarbio | -- | |
| LB培养基 | Solarbio | -- | |
| 质粒提取试剂盒 | TIANGEN | -- | |
| Luc-Pair双荧光素酶HS检测试剂盒 | GeneCopoeia | -- | |
| 酶标仪 | Sigma | -- | |
| 药物处理 | 顺铂 | Sigma | -- |
| 衣霉素 | Sigma | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源、培养条件(DMEM/F12、10% FBS、400 μg/mL氢化可的松)、转染试剂(Lipo2000)、siRNA序列及浓度(100 nmol/L) 阅读提示:Methods: Cell culture and siRNA transfection |
| 体外功能实验 | 细胞铺板密度、处理时间(如EdU 2h、划痕48h、Transwell 24h)、检测试剂盒 阅读提示:Methods: Cell proliferation assay, Cell migration and invasion assays |
| 体内动物模型 | Cers1敲除小鼠构建方法(CRISPR/Cas9)、4NQO浓度(100 μg/mL)、处理时间(16周+8周观察)、小鼠周龄性别(6-8周雌性) 阅读提示:Methods: Animal study |
| 组织病理分析 | 免疫组化抗体种类及稀释比(如anti-Bax 1:1000)、修复条件、评分标准 阅读提示:Methods: Histopathological analysis |
| ER应激与耐药检测 | Cisplatin浓度(40 nmol/L)及处理时间(12h)、TM浓度(1 μg/mL)及预处理时间(2h)、检测标志物(BIP、CHOP、ATF4、VEGFA) 阅读提示:Methods: 细胞培养、凋亡检测;Results: CERS1 knockdown led to mild ER stress |