临床试验设计与患者入组
评估联合辅助治疗的临床疗效和安全性。
开展前瞻性、单臂、II期临床试验,入组43例完全切除的III期黑色素瘤患者,给予特瑞普利单抗和rh-endostatin联合辅助治疗,并进行随访和不良事件记录。
Adjuvant recombinant human endostatin combined with toripalimab (anti-PD-1) in locally advanced melanoma: an exploratory phase 2 clinical trial incorporating single-cell RNA/TCR/BCR sequencing
包含前瞻性II期临床试验、单细胞转录组及TCR/BCR测序、两个独立真实世界队列验证,涵盖临床疗效、安全性与免疫机制多层级验证。
43例完全切除的III期黑色素瘤患者 外周血单个核细胞(PBMC) 真实世界队列1(384例III期黑色素瘤患者) 真实世界队列2(47例III期黑色素瘤患者)
给药方案:特瑞普利单抗3 mg/kg静脉注射,每2周一次,最多13个周期 给药方案:rh-endostatin(Endostar)210 mg,每个4周周期的第1-3天静脉注射,最多6个周期 单细胞测序配对样本:治疗前1天和第一周期完成后的第1天采集外周血(约10 mL) CD8+Tem流式鉴定标记物:CD3+CD8+CCR7−CD45RA− NLR最佳截断值:1.6(通过X-Tile确定)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估联合辅助治疗的临床疗效和安全性。
开展前瞻性、单臂、II期临床试验,入组43例完全切除的III期黑色素瘤患者,给予特瑞普利单抗和rh-endostatin联合辅助治疗,并进行随访和不良事件记录。
解析联合辅助治疗对外周血免疫细胞组成和功能的影响。
采集7例患者治疗前后的配对外周血,分离PBMC,进行scRNA-seq、scTCR-seq和scBCR-seq测序,并进行细胞类型注释、差异表达基因分析、通路富集、轨迹分析、TCR/BCR克隆多样性和细胞通讯分析。
评估联合辅助治疗对T和NK细胞亚群比例、功能状态及分化轨迹的影响。
对29,426个T和NK细胞进行亚群鉴定,分析治疗前后各亚群比例变化、ISG表达和细胞毒性评分,并进行拟时间轨迹和RNA velocity分析。
评估联合辅助治疗对TCR和BCR克隆多样性和克隆扩增的影响。
基于单细胞VDJ数据,分析治疗前后TCR和BCR克隆型频率分布、多样性指数(Chao1、D50等)、共享克隆型数量以及V(D)J基因使用频率。
评估联合辅助治疗对B细胞和单核细胞亚群比例及抗原呈递能力的影响。
对B细胞和单核吞噬细胞系统进行亚群鉴定,分析治疗前后各亚群比例变化和抗原呈递评分。
评估联合辅助治疗对免疫细胞间配体-受体相互作用的影响。
使用CellphoneDB预测治疗前后各细胞类型间的配体-受体相互作用,比较相互作用数量和特定信号通路的变化。
验证NLR和循环CD8+Tem作为预后生物标志物的价值。
建立两个独立真实世界队列,分别回顾性分析384例和47例III期黑色素瘤患者,通过Kaplan-Meier分析和Cox回归评估NLR和CD8+Tem水平与RFS和MSS的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞测序 | GEXSCOPE®单细胞人类V(D)J试剂盒 | Singleron Biotechnologies | -- |
| Illumina HiSeq X测序仪 | Illumina | -- | |
| 流式细胞术 | CD3+ CD8+ CCR7− CD45RA− | -- | -- |
| 治疗药物 | 特瑞普利单抗 | -- | -- |
| 重组人内皮抑素(恩度) | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者入组与治疗 | 入组标准:18岁及以上,ECOG 0-1,完全切除的III期或寡转移IV期肢端或皮肤黑色素瘤;给药方案:特瑞普利单抗3 mg/kg静脉注射每2周一次,rh-endostatin 210 mg每个周期第1-3天静脉注射 阅读提示:Methods: Trial design, participants and sample size; Treatment, follow-up and endpoints |
| 样本采集与测序 | 配对血样采集时间点(治疗前1天和第一周期后第1天);PBMC分离方法;单细胞悬液浓度1×10⁵ cells/mL;测序平台和读长 阅读提示:Methods: Sample collection, sequencing, and library construction |
| 单细胞数据处理 | 质量控制阈值:基因数<200或前2%排除,UMI前2%排除,线粒体基因>10%排除;聚类参数:Louvain分辨率1.2,top 15 PCs 阅读提示:Methods: Quality control and dimensionality reduction for scRNA-seq data |
| TCR/BCR分析 | TCR克隆型定义(独特的TRA-TRB对),BCR克隆型定义(独特的IGH-IGK/IGL对);克隆型频率分类阈值(Single=1,Medium=2-10,Large>10) 阅读提示:Methods: TCR and BCR analysis |
| 真实世界队列验证 | 队列1:384例完全切除的III期黑色素瘤患者,NLR最佳截断值1.6;队列2:47例,CD8+Tem的中位截断值40.7% 阅读提示:Methods: Real-world melanoma cohorts for validation |