验证Blimp-1在ILC2中的诱导表达
确定Blimp-1是否在激活的ILC2中表达及其表达模式。
使用Blimp-1 YFP报告小鼠,通过流式细胞术检测在HDM、木瓜蛋白酶、IL-33/IL-25刺激及寄生虫感染后肺、肠道和皮肤ILC2中Blimp-1的表达。
IL-9 and Blimp-1 protect the transcriptional identity of group 2 innate lymphocytes in allergic asthma
包含体外细胞实验、体内动物模型、基因敲除小鼠、转录组学(RNA-seq、ATAC-seq、scRNA-seq)及功能验证,证据层级丰富。
小鼠ILC2细胞(肺、皮肤、小肠固有层) Blimp-1条件性敲除小鼠(Blimp-1NMur1Cre) 过敏性哮喘模型(HDM、木瓜蛋白酶、链格孢菌) 混合骨髓嵌合小鼠
Blimp-1在ILC2中的表达是否由IL-9依赖的JAK-STAT通路诱导 Blimp-1缺失是否导致1型细胞因子(IFNγ、TNF)上调及2型细胞因子(IL-5、IL-13)下调 Blimp-1缺失对嗜酸性粒细胞和肥大细胞募集的影响 Blimp-1对ILC2转录状态和染色质可及性的影响 Blimp-1缺失引起的1型细胞因子是否通过外在机制抑制2型反应
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Blimp-1是否在激活的ILC2中表达及其表达模式。
使用Blimp-1 YFP报告小鼠,通过流式细胞术检测在HDM、木瓜蛋白酶、IL-33/IL-25刺激及寄生虫感染后肺、肠道和皮肤ILC2中Blimp-1的表达。
确定IL-33和IL-25如何诱导Blimp-1,是否通过间接的分泌因子。
体外培养分选的ILC2,用IL-33、IL-25、IL-9刺激,使用JAK抑制剂、ST2缺陷细胞混合实验和transwell共培养,以及IL-9中和抗体,检测Blimp-1表达。
确定Blimp-1在ILC2中的功能,特别是对1型和2型细胞因子表达的调控。
使用Blimp-1条件性敲除小鼠(Blimp-1NMur1Cre),分选ILC2进行RNA-seq、ATAC-seq和scRNA-seq,并通过流式细胞术和ELISA检测细胞因子产生、体内过敏原刺激后评估炎症细胞募集和组织病理。
确定Blimp-1缺失导致的1型细胞因子是否通过外在机制抑制2型反应。
使用混合骨髓嵌合小鼠和体内IFNγ/TNF阻断实验,观察2型细胞因子和嗜酸性粒细胞的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与刺激 | 重组小鼠IL-2 | -- | -- |
| 重组小鼠IL-33 | BioLegend | -- | |
| 重组小鼠IL-25 | BioLegend | -- | |
| 重组小鼠IL-9 | PeproTech | -- | |
| 体外药物处理 | 鲁索替尼 | MedChemExpress | -- |
| 抗体处理 | 抗IL-9单克隆抗体 | BioXCell | -- |
| 抗IFNγ抗体 | BioXCell | -- | |
| 抗TNF抗体 | BioXCell | -- | |
| 动物实验 | 屋尘螨 | Stallergenes Greer | -- |
| 木瓜蛋白酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 链格孢菌 | Stallergenes Greer | -- | |
| 芬戈莫德 | Enzo Life Science | -- | |
| 组织消化 | 胶原酶A | Sigma-Aldrich | -- |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma-Aldrich | -- | |
| Liberase TL | Roche | -- | |
| RNA提取 | RNeasy Plus微量试剂盒 | QIAGEN | -- |
| RNA-seq | SMART-seq v4超低输入RNA试剂盒 | Clontech Laboratories | -- |
| Nextera XT DNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| RNA-seq和ATAC-seq | Illumina NextSeq 2000测序仪 | Illumina | -- |
| scRNA-seq | GEM-X OCM芯片 | 10x Genomics | -- |
| GEM-X Universal 3'基因表达v4 4重试剂盒 | 10x Genomics | -- | |
| Illumina NovaSeq X Plus测序仪 | Illumina | -- | |
| 细胞分选 | EasySep小鼠造血祖细胞分离试剂盒 | STEMCELL Technologies | -- |
| Sony MA900细胞分选仪 | Sony | -- | |
| 流式细胞术 | BD LSRFortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| Luminex检测 | Bio-Plex Pro小鼠细胞因子23重检测试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| Bio-Plex MAGPIX多重检测仪 | Bio-Rad | -- | |
| 组织学 | Safefix II固定液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Olympus IX83显微镜 | Olympus | -- | |
| Leica ImageScope X64玻片扫描仪 | Leica | -- | |
| ELISA | Epoch微板分光光度计 | BioTek | -- |
| STAT磷酸化检测 | BD Phosflow Lyse/fix缓冲液 | BD Biosciences | -- |
| BD Perm缓冲液III | BD Biosciences | -- | |
| Western blot(未提及,但常用) | -- | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体内过敏原模型 | 过敏原类型(HDM、木瓜蛋白酶、Alternaria sp.)、剂量、给药途径(i.n.)、频率和持续时间;小鼠品系和年龄;环境条件。 阅读提示:Methods: Airway inflammation models; Extended Data Fig. 1 |
| ILC2分选和体外培养 | 分选的ILC2来源(器官)、细胞数量、培养基(cRPMI)、细胞因子浓度(IL-2 20 ng/ml)、刺激时间。 阅读提示:Methods: In vitro ILC2 culture and stimulation; Supplementary Fig. 2 |
| 细胞因子和信号通路分析 | 刺激细胞因子(IL-33、IL-25、IL-9)浓度、JAK抑制剂ruxolitinib浓度(5 μM)、处理时间;ST2缺陷细胞和transwell共培养的具体设置。 阅读提示:Methods: In vitro JAK inhibitor treatment; Cell mixing and transwell co-culture; Fig. 2 |
| 转录组分析 | 细胞培养和处理条件(IL-33+IL-25+IL-2)、RNA提取和文库制备试剂盒、测序平台和分析流程参数。 阅读提示:Methods: RNA-seq and analysis; ATAC-seq and analysis; scRNA-seq |
| 体内抗体阻断和骨髓嵌合 | 抗体种类、剂量(0.2 mg)、给药时间、注射途径;骨髓嵌合制备细节(细胞数、照射剂量、重组时间)。 阅读提示:Methods: In vivo blockade; BM chimera |