患者样本收集与临床特征分析
收集EMM肿瘤、配对骨髓及RRMM骨髓样本,描述队列特征并比较组间差异。
收集2018-2024年间EMM肿瘤、EMM骨髓及RRMM骨髓样本,记录临床特征和治疗方法,并进行细胞学和LDH检测。
Composition and functional state of T and NK cells in the extramedullary myeloma tumor microenvironment
包含单细胞RNA测序、流式细胞术、空间转录组学等多技术分析,并利用配对样本、功能评分及细胞互作分析,证据层级多样。
EMM肿瘤组织样本 EMM患者骨髓配对样本 RRMM患者骨髓样本
EMM肿瘤与配对骨髓样本的配对关系 CD8+ T细胞耗竭评分和细胞毒性评分的计算方法 CD16− NK细胞比例及KLRC1(NKG2A)表达 PD-1在T细胞上的表达比例 HLA-I类分子(HLA-A/B/C)在肿瘤细胞上的表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集EMM肿瘤、配对骨髓及RRMM骨髓样本,描述队列特征并比较组间差异。
收集2018-2024年间EMM肿瘤、EMM骨髓及RRMM骨髓样本,记录临床特征和治疗方法,并进行细胞学和LDH检测。
描绘EMM肿瘤和骨髓微环境中细胞组成及其差异。
对样本进行scRNA-seq,经过质控、整合和注释,分析细胞类型比例和基因表达。
鉴定T/NK细胞亚群并比较其功能状态。
对T/NK细胞进行无监督聚类,鉴定14个亚群,并计算细胞毒性、耗竭和新生抗原反应性评分。
比较EMM肿瘤与骨髓中CD8+ T细胞的功能状态。
通过scRNA-seq和流式细胞术评估CD8+ T细胞耗竭、细胞毒性及PD-1表达,并进行细胞间通讯分析。
比较EMM肿瘤与骨髓中NK细胞亚群的分布和功能。
分析NK细胞亚群(CD16−和CD16+),评估其细胞周期状态和KLRC1表达。
在独立队列中验证EMM肿瘤中CD16− NK细胞的富集及其空间分布。
使用空间转录组数据(Visium)和Cell2location估计细胞类型丰度。
比较EMM患者骨髓与RRMM患者骨髓的免疫组成差异。
分析EMM_BM和RRMM_BM的细胞比例、T细胞亚群及B细胞等。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本处理 | 100 μm细胞筛 | VWR International s.r.o. | 732-2759 |
| EDTA抗凝管 | SARSTEDT AG & Co. | 01.1605.001 | |
| 氯化铵 | VWR International s.r.o. | 21236.267 | |
| 碳酸氢钾 | VWR International s.r.o. | 0889-1KG | |
| EDTA溶液 | Sigma-Aldrich s.r.o. | E9884 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Sigma-Aldrich s.r.o. | P5119 | |
| scRNA-seq | 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich s.r.o. | 05470 |
| BD FACSAria III流式细胞分选仪 | BD Biosciences | RRID:SCR_016695 | |
| CD138-APC抗体 | BioLegend | 356505 | |
| Chromium控制器 | 10x Genomics | RRID:SCR_023672 | |
| Chromium Next GEM单细胞3' RNA试剂盒v3.1 | 10x Genomics | 1000269 | |
| LDH测量 | Atellica CH乳酸脱氢酶L-P检测试剂盒 | Siemens | 1197594 |
| 流式细胞术 | CD38多表位FITC抗体 | Cytognos | CYT-38F2 |
| CD56 PE抗体 | Cytognos | CYT-56PE | |
| CD45 PerCP-Cy5.5抗体 | BioLegend | 304028 | |
| CD19 PE-Cy7抗体 | Beckman Coulter | IM3628 | |
| CD117 APC抗体 | BD Biosciences | 333233 | |
| CD81 APC-C750抗体 | Cytognos | CYT-81AC750 | |
| CD138 BV421抗体 | BD Biosciences | 562935 | |
| CD27 BV510抗体 | BioLegend | 302835 | |
| CD27 FITC抗体 | BD Biosciences | 654664 | |
| CD197 PE抗体 | Invitrogen | 12-1979-42 | |
| CD3 PerCP-Cy5.5抗体 | BD Biosciences | 340948 | |
| CD45RO PE-Cy7抗体 | BD Biosciences | 649452 | |
| CD45RA APC抗体 | BD Biosciences | 550855 | |
| CD8 APC-H7抗体 | BD Biosciences | 641409 | |
| CD4 PB抗体 | EXBIO | PB-359-T025 | |
| CD45 PO抗体 | EXBIO | PO-684-T025 | |
| CD8 FITC抗体 | BD Biosciences | 340692 | |
| sIgLambda F(ab')2 FITC抗体 | BD Biosciences | 332788 | |
| sIgKappa PE抗体 | BD Biosciences | 347246 | |
| CD5 PerCP-Cy5.5抗体 | BD Biosciences | 341099 | |
| TCRγδ PE-Cy7抗体 | BD Biosciences | 655410 | |
| CD3 APC抗体 | BD Biosciences | 340661 | |
| CD38 APC-H7抗体 | BD Biosciences | 656646 | |
| CD20 PB抗体 | EXBIO | PB-638-T025 | |
| CD127 BV421抗体 | BD Biosciences | 562436 | |
| CD25 PE抗体 | BD Biosciences | 341009 | |
| CD4 PerCP-Cy5.5抗体 | BD Biosciences | 341653 | |
| CD56 PE抗体 (N901) | Beckman Coulter | IM2073U | |
| CD3 PerCP-Cy5.5抗体 (UCHT1) | Beckman Coulter | B49203 | |
| CD57 PE-Cy7抗体 | BioLegend | 393309 | |
| NKG2A APC抗体 | Beckman Coulter | A60797 | |
| CD16 APC-AF750抗体 | Beckman Coulter | B49184 | |
| SLAMF7 BV421抗体 | BD Biosciences | 750819 | |
| CD45 Krome Orange抗体 | Beckman Coulter | B36294 | |
| PD-1 AF488抗体 | EXBIO | 1F-176-T100 | |
| NKp46 APC抗体 | Sony Biotechnology | 2259585 | |
| KIR2DL1 BV421抗体 | BD Biosciences | 564318 | |
| FACSCanto II流式细胞仪 | Becton Dickinson Biosciences | -- | |
| 流式细胞仪校准与设置微球 | BD Biosciences | 656505 | |
| SPHERO彩虹校准颗粒 | Spherotech | RCP-30-5A |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 样本类型(EMM肿瘤、EMM_BM、RRMM_BM)、样本数量、配对关系、临床特征 阅读提示:Methods: Patients and Data Collection; Supplementary Tables S1-S6 |
| 单细胞RNA测序 | 建库试剂盒版本、细胞数量、测序平台、测序深度(平均reads/细胞)、质控标准(线粒体基因比例等) 阅读提示:Methods: scRNA-Seq; scRNA-Seq Data Analysis: Preprocessing |
| T细胞功能评分 | 细胞毒性评分基因集、耗竭评分基因集、新生抗原反应性评分基因集、评分计算方法(score_genes vs ssGSEA) 阅读提示:Methods: scRNA-Seq Data Analysis: Preprocessing |
| 流式细胞术 | 抗体克隆号、荧光标记、抗体组合、样本处理步骤(染色时间、温度)、门控策略 阅读提示:Methods: FCM Analysis; Supplementary Figures S16-S18 |
| 空间转录组 | Visium平台、细胞类型丰度估计方法(Cell2location)、参数(训练轮数、每个spot细胞数) 阅读提示:Methods: Spatial Data Analysis |