组织学分析
定量男性和女性CAVD患者主动脉瓣的钙化和纤维化程度,并确认性别差异。
使用Alizarin Red、Von Kossa和Masson's Trichrome染色对冷冻切片进行染色,并使用Qupath进行图像分析,计算钙化面积和纤维密度。
Spatial and Single-Cell Mapping Reveals Valvular Interstitial Cell and Macrophage Sex Differences in Calcific Aortic Valve Disease
结合组织学、扫描电镜、单细胞转录组、空间转录组、RNA-FISH和免疫荧光的多个证据层级,并对性别差异进行功能验证。
人主动脉瓣组织(男性和女性) 分离的人瓣膜间质细胞 单细胞RNA测序数据集 空间转录组组织切片
患者队列性别和疾病状态(健康 vs CAVD) 钙化面积定量方法(Alizarin Red / Von Kossa) COMP表达与钙化部位的邻近性(男性) SERPINE1表达与纤维化密度(女性) 巨噬细胞SPP1与VIC CD44的相互作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
定量男性和女性CAVD患者主动脉瓣的钙化和纤维化程度,并确认性别差异。
使用Alizarin Red、Von Kossa和Masson's Trichrome染色对冷冻切片进行染色,并使用Qupath进行图像分析,计算钙化面积和纤维密度。
分析VIC和巨噬细胞亚群的性别差异基因表达和细胞异质性。
从患者主动脉瓣消化细胞,进行单细胞RNA测序,整合数据后聚类成VIC、巨噬细胞、VEC和T细胞,对VIC和巨噬细胞亚群进行差异表达分析。
在组织原位分析VIC亚群和巨噬细胞在钙化部位附近的空间定位和基因表达。
对OCT包埋的主动脉瓣组织切片进行Visium空间转录组测序,将单细胞转录组特征映射到空间斑点,分析COMP和SERPINE1等基因的表达定位。
验证COMP和SERPINE1在男性和女性组织中的表达定位及与钙化部位的距离。
对主动脉瓣切片进行RNAscope荧光原位杂交检测COMP、SERPINE1和SELE mRNA,并使用Qupath量化阳性细胞和距离。
表征巨噬细胞(CD68)和SPP1表达,并预测巨噬细胞与VIC之间的配体-受体相互作用。
对组织切片进行免疫荧光染色检测CD68和SPP1,使用CellChat分析单细胞测序数据中的细胞间通信。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织学染色 | 茜素红 | Abcam | 146374 |
| Von Kossa染色试剂盒 | Fisher Scientific | NC9239431 | |
| Masson三色染色 | Sigma-Aldrich | HT15-1KT | |
| Bouin固定液 | Sigma-Aldrich | HT101128 | |
| VectaMount封片剂 | Fisher Scientific | NC2004138 | |
| 组织学分析 | Qupath | -- | -- |
| 扫描电镜 | 扫描电子显微镜 | FEI Quanta FEG 250 | -- |
| ImageJ | -- | -- | |
| 细胞分离 | Earle平衡盐溶液 | Gibco | 24010043 |
| Liberase TM | Sigma-Aldrich | 5401119001 | |
| DNA酶I | Sigma Aldrich | DN25 | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Thermo Scientific | 16000069 |
| 199培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11043023 | |
| 细胞分离 | 红细胞裂解液 | Thermo Scientific | 00433357 |
| 单细胞测序 | Chromium Next GEM 单细胞3'文库构建V3试剂盒 | 10X Genomics | -- |
| RNA-FISH | RNAscope多重荧光试剂盒v2 | Advanced Cell Diagnostics Bio | 323100 |
| COMP探针 | ACDBio | 457081 | |
| SELE探针 | ACDBio | 440361 | |
| SERPINE1探针 | ACDBio | 555961 | |
| UBC探针 | ACDBio | 320861 | |
| dapB探针 | ACDBio | 320871 | |
| 过氧化氢 | ACDBio | 322381 | |
| 蛋白酶IV | ACDBio | 322340 | |
| TSA Vivid荧光染料 | Tocris | 320871 | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | 10236276001 | |
| 免疫荧光 | 免疫组化笔 | Abcam | 2601 |
| TritonX-100 | Fisher Scientific | ACS215682500 | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | A8327 | |
| 正常山羊血清 | Jackson ImmunoResearch | 005000121 | |
| 骨桥蛋白抗体 | Abcam | ab8448 | |
| CD68抗体 | Abcam | ab955 | |
| 吐温20 | Sigma-Aldrich | P1379 | |
| AF647二抗 | Invitrogen | A21247 | |
| AF555二抗 | Invitrogen | A32727 | |
| AF488二抗 | Invitrogen | A11015 | |
| ProLong Gold防淬灭封片剂 | Fisher Scientific | P36931 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织学分析 | 患者分组(健康/CAVD)、性别、钙化面积定量方法、纤维化面积定量方法 阅读提示:Methods: Valve tissue histology, Histological analysis, Figure 1 |
| 单细胞测序 | 样本数量(N=11)、细胞数量、测序平台(10X Genomics Chromium)、分析方法(Seurat, SoupX) 阅读提示:Methods: Isolation of human valve cells for single cell sequencing, Single cell sequencing, Single cell RNA sequencing processing |
| 空间转录组学 | 样本数量(N=6)、组织切片厚度(10μm)、RIN评分、Visium平台、渗透时间(24分钟) 阅读提示:Methods: Spatial transcriptomics, Spatial transcriptomics processing |
| RNA-FISH | 样本数量(N=9)、探针与货号、固定时间(90分钟)、蛋白酶IV处理时间(20分钟) 阅读提示:Methods: RNA Fluorescence In Situ Hybridization, RNA-FISH analysis |
| 免疫荧光 | 样本数量(N=18)、抗体与货号、固定时间(12分钟)、封闭液成分(5% BSA + 4% NGS) 阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining |