临床样本收集与多组学分析
描绘MVI⁺和MVI⁻胰腺癌的微环境及转录组特征,比较临床预后差异。
收集602例胰腺癌患者的临床数据,对20例新鲜冰冻样本进行转录组测序,对8例样本进行单细胞RNA测序,对80例患者的组织微阵列进行多重免疫荧光染色。
TRIM29 promotes pancreatic cancer MVI via IκBα K48-ubiquitination and NF-κB activation in CXCL5⁺ epithelial cells
包含临床样本分析、空间蛋白质组学、转录组测序、单细胞测序、体外细胞功能实验、体内动物模型及分子机制验证等多种独立证据层级。
人胰腺癌细胞系BxPC-3 人胰腺癌细胞系PANC-1 BALB/c裸鼠和C57BL/6小鼠原位移植瘤模型 胰腺癌患者组织样本及组织微阵列
MVI阳性与阴性的胰腺癌患者样本(转录组测序、单细胞测序、多重免疫荧光) BxPC-3和PANC-1细胞系中TRIM29的敲低和过表达 ZBTB7B对TRIM29转录调控的验证(qPCR、ChIP-qPCR) TRIM29对IκBα泛素化及降解的验证(Co-IP、泛素化实验、MG132和CHX处理) 原位移植瘤模型中肿瘤增殖和转移能力的评估
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描绘MVI⁺和MVI⁻胰腺癌的微环境及转录组特征,比较临床预后差异。
收集602例胰腺癌患者的临床数据,对20例新鲜冰冻样本进行转录组测序,对8例样本进行单细胞RNA测序,对80例患者的组织微阵列进行多重免疫荧光染色。
在单细胞水平上识别MVI⁺胰腺癌中驱动EMT的关键细胞亚群。
对8例患者样本进行scRNA-seq分析,通过细胞聚类、EMT评分和细胞轨迹推断,鉴定出CXCL5⁺EPC亚群具有最强EMT特征,并与成纤维细胞转化相关。
验证ZBTB7B对TRIM29的转录调控作用,并评估TRIM29对胰腺癌细胞EMT及恶性生物学功能的影响。
利用SCENIC分析和JASPAR数据库预测并验证ZBTB7B为调控TRIM29的转录因子。在BxPC-3和PANC-1细胞中通过敲低或过表达TRIM29,检测EMT标志物、迁移、侵袭及原位移植瘤生长。
阐明TRIM29如何通过影响IκBα蛋白稳定性进而调控NF-κB信号通路和EMT。
在细胞中检测NF-κB通路关键蛋白磷酸化及IκBα蛋白水平;用MG132和CHX处理分析IκBα降解;通过Co-IP和泛素化实验确定TRIM29与IκBα结合及泛素化修饰类型和位点。
在动物模型中验证TRIM29通过调控IκBα对胰腺癌肿瘤生长和转移的功能影响。
构建过表达IκBα、TRIM29-WT或TRIM29-ΔBB2及IκBα突变体的细胞系,进行原位移植瘤实验,评估肿瘤增殖和转移能力。
评估TRIM29、IκBα、CXCL5及EMT标志物在胰腺癌患者中的临床相关性及对预后的影响。
利用80例胰腺癌患者的组织微阵列进行多重免疫荧光染色,分析各标志物的表达水平、相关性及其与总生存期(OS)的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞悬液制备 | sCelLive™组织保存液 | Singleron | -- |
| VIII型胶原酶 | Sigma-Aldrich | C2139 | |
| IV型胶原酶 | Gibco | 17104019 | |
| 分散酶II | Roche | 4942078001 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | 10104159001 | |
| 中性蛋白酶 | Sigma-Aldrich | 4942078001 | |
| 红细胞裂解液 | Roche | 11814389001 | |
| 磷酸盐缓冲液 | GIBCO | C10010500BT | |
| 单细胞测序 | Chromium单细胞控制器 | 10x Genomics | -- |
| 单细胞3'文库和凝胶微珠试剂盒v3.1 | 10x Genomics | 1000268 | |
| Chromium Next GEM芯片G单细胞试剂盒 | 10x Genomics | 1000120 | |
| 测序 | Illumina HiSeq X Ten测序仪 | Illumina | -- |
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco BRL | -- |
| 胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | RNAiso Plus试剂 | Takara | -- |
| PrimeScript™逆转录试剂盒 | Takara | -- | |
| SYBR Prime-Script RT-PCR试剂盒 | Takara | -- | |
| 7500 Fast实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western Blotting | RIPA裂解缓冲液 | Sigma-Aldrich | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 免疫沉淀 | 免疫沉淀/蛋白质印迹裂解缓冲液 | Beyotime Biotechnology | P0013 |
| Western Blotting | 超敏ECL化学发光试剂盒 | Glpbio | GK10008 |
| 多重免疫荧光 | Opal 6色免疫组化试剂盒 | Akoya Biosciences | NEL861001KT |
| 多重免疫荧光分析 | HALO软件 | Indica Labs | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9.0软件 | GraphPad Software | -- |
| 图像分析 | ImageJ 1.8.0软件 | NIH | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 患者样本数量(602例用于生存分析,20例用于转录组测序,8例用于单细胞测序,80例用于组织微阵列),MVI判定标准,患者纳入排除标准。 阅读提示:Materials and methods - Collection of patients and tissue specimens |
| 单细胞测序 | 样本消化酶浓度(胶原酶VIII 1 mg/mL,胶原酶IV 1 mg/mL,分散酶II 2 mg/mL,DNase I 1 mg/mL),红细胞裂解条件,细胞上样浓度(800-1200 cells/µL),cDNA文库构建试剂盒型号,测序平台和读长。 阅读提示:Materials and methods - Preparation of single-cell suspensions and cDNA libraries |
| 细胞培养与转染 | 细胞系(BxPC-3、PANC-1)来源和培养条件(DMEM+10%FBS,37°C,5%CO₂),转染试剂(Lipofectamine 2000)及转染后培养基更换时间(12-16 h),抗生素筛选条件(细胞汇合度约80%时加入)。 阅读提示:Materials and methods - Specimen and cell culture |
| 基因表达检测 | RNA提取试剂(RNAiso Plus),逆转录试剂盒(PrimeScript™ RT Kit),RT-qPCR试剂盒(SYBR Prime-Script RT-PCR Kit),内参基因(GAPDH),数据分析方法(ΔΔCT),每次实验重复三次,独立重复三次。 阅读提示:Materials and methods - Quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR) |
| 蛋白质检测与免疫沉淀 | 蛋白提取缓冲液(RIPA含蛋白酶和磷酸酶抑制剂),蛋白浓度测定方法(BCA),SDS-PAGE凝胶和转膜条件,封闭液(5%脱脂牛奶),一抗和二抗信息(见表S4),免疫沉淀抗体及孵育条件(4°C过夜),A/G-Sepharose用量(30 μL)及洗涤条件。 阅读提示:Materials and methods - Western Blotting Analysis and Immunoprecipitation (IP) |
| 多重免疫荧光 | 组织芯片制备(FFPE),抗原修复条件(柠檬酸缓冲液pH6或Tris/EDTA pH9),抗体孵育条件(4°C过夜),TSA信号放大步骤,DAPI染色,HALO软件定量分析参数。 阅读提示:Materials and methods - Multiplex Immunofluorescence (mIF) Staining |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠和C57BL/6,6周龄)和来源(上海实验动物中心),饲养条件(SPF环境,温度22±2°C,湿度50±5%,12小时光照周期),肿瘤细胞注射数量(1×10⁶ cells/只),注射部位(胰腺实质),实验终点(4周后处死)。 阅读提示:Materials and methods - In vivo tumorigenesis and metastasis assays |
| 统计分析与软件使用 | 统计软件(GraphPad Prism 9.0),数据展示方式(mean±SD,至少三次独立实验),两组比较采用Student's t-test,多组比较采用one-way ANOVA,相关性分析(Spearman和Pearson),生存分析采用R包“Survival”和“Survminer”。 阅读提示:Materials and methods - Statistical analysis |