适配体筛选与表征
鉴定能特异性结合PDGF-C的DNA适配体并验证其结合特性
采用SELEX从ssDNA文库中筛选PDGF-C结合适配体,并通过SPR测定结合亲和力和特异性,通过竞争性SPR检测阻断PDGF-C与PDGFRα结合的能力。
An Inhibitory Aptamer Against PDGF-C Overcomes Anti-VEGF Refractoriness and Reduces Choroidal Neovascularization and Fibrosis
包括体外细胞实验(增殖、迁移、Western blot)和体内动物模型(激光诱导CNV),并包含机制验证(信号通路)及功能验证(CNV和纤维化)。
NIH/3T3成纤维细胞 人脐静脉平滑肌细胞(HUVSMCs) 激光诱导CNV小鼠模型(年轻和老年)
适配体与PDGF-C结合的特异性(SPR)及对PDGF-C/PDGFRα结合的抑制 适配体对PDGF-C诱导的PDGFRα、Akt和ERK磷酸化的抑制作用(剂量依赖性) 适配体对PDGF-C诱导的成纤维细胞和HUVSMCs增殖和迁移的影响 体内实验中,适配体对年轻和老年小鼠CNV面积的影响,以及抗VEGF治疗对老年小鼠是否无效
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定能特异性结合PDGF-C的DNA适配体并验证其结合特性
采用SELEX从ssDNA文库中筛选PDGF-C结合适配体,并通过SPR测定结合亲和力和特异性,通过竞争性SPR检测阻断PDGF-C与PDGFRα结合的能力。
提高适配体在细胞培养基中的稳定性
通过PEG化修饰适配体,并在NIH/3T3细胞培养基中比较PEG修饰与未修饰适配体的保留时间。
验证适配体是否能抑制PDGF-C诱导的PDGFRα及下游信号激活
在NIH/3T3细胞和HUVSMCs中,用PDGF-C刺激,并检测PDGFRα、Akt和ERK的磷酸化水平,评估适配体的抑制作用。
验证适配体对PDGF-C诱导的细胞增殖和迁移的影响
用CCK-8法检测NIH/3T3和HUVSMCs的增殖,用伤口愈合实验检测迁移,评估适配体的抑制作用。
评估适配体在激光诱导CNV小鼠模型中对新生血管的抑制作用
使用激光诱导CNV模型,对年轻(2月龄)和老年(15月龄)小鼠进行玻璃体腔注射适配体,通过IB4染色测量CNV面积。
评估适配体对CNV相关纤维化的抑制作用
在激光诱导CNV后21天,通过免疫荧光染色检测视网膜下纤维化标记物α-SMA和COL1的面积。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 适配体合成 | DNA适配体 | Sangon Biotech Co., Ltd. | -- |
| 适配体PEG化 | 40kDa聚乙二醇 | 9i Technology Co., Ltd. | -- |
| SPR分析 | BIAcore 8000 系统 | Cytiva | -- |
| SA传感芯片 | Cytiva | BR-1005-31 | |
| 重组人PDGF-C核心域 | Sino Biological | 10273-H08B | |
| 重组小鼠PDGF-C核心域 | Sino Biological | 50458-M07Y | |
| 细胞培养 | 人脐静脉平滑肌细胞 | ScienCell Research Laboratories | 8020 |
| 平滑肌细胞培养基 | ScienCell Research Laboratories | 1101 | |
| 胎牛血清 | ScienCell Research Laboratories | 0010 | |
| 平滑肌细胞生长补充剂 | ScienCell Research Laboratories | 1152 | |
| NIH/3T3细胞 | BNCC | BNCC100843 | |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | C11995500BT | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | 10099141C | |
| 人视网膜微血管内皮细胞 | HZbscience | HZ-H1095 | |
| 内皮细胞培养基 | ScienCell Research Laboratories | 1001 | |
| 增殖检测 | CCK-8试剂盒 | APExBIO Technology | K1018-3000T |
| 迁移检测 | 培养插入2孔板 | Ibidi | 80209 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010-100 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Thermo Fisher Scientific | 88668 | |
| PVDF膜 | Bio-Rad Laboratories | 162-0177 | |
| pPDGFRα (Y849)抗体 | Abcam | ab79318 | |
| PDGFRα抗体 | Cell Signaling Technology | 3174 | |
| pAkt抗体 | Cell Signaling Technology | 4060S | |
| Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4691S | |
| ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 4696S | |
| pERK抗体 | Cell Signaling Technology | 4370S | |
| pVEGFR2抗体 | Cell Signaling Technology | 3770 | |
| VEGFR2抗体 | Cell Signaling Technology | 9698 | |
| Immobilon Western化学发光底物 | Merck Millipore | WBKLS0500 | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Tiangen Biotech | -- |
| FastKing逆转录试剂盒 | Tiangen Biotech | -- | |
| SYBR Green qPCR预混液 | Vazyme Biotech | -- | |
| QuantStudio 6 Flex 实时荧光定量PCR系统 | Life Technologies | -- | |
| 动物实验 | OcuLight红外激光系统 | Iridex | -- |
| 抗VEGF-A抗体 | R&D Systems | AF-493-NA | |
| 正常IgG | R&D Systems | AB-108-C | |
| 渗漏检测 | FITC-葡聚糖 | Sigma-Aldrich | -- |
| 免疫荧光 | 异凝集素GS-IB4,Alexa Fluor 488 | Life Technologies | I21411 |
| COL1抗体 | Proteintech | 14695-1-AP | |
| α-SMA抗体 | Dako Products | M0851 | |
| Alexa Fluor 555二抗 | Thermo Fisher Scientific | A31570 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 适配体结合实验 | 适配体与PDGF-C的结合特异性、亲和力常数及竞争性抑制浓度 阅读提示:Methods中Surface Plasmon Resonance Assay部分及图1 |
| 细胞信号检测 | PDGF-C刺激浓度、适配体处理浓度、刺激时间、磷酸化蛋白检测 阅读提示:Methods中Receptor Activation Assay and Western Blot部分及图2、图3 |
| 细胞功能实验 | 细胞密度、PDGF-C浓度、适配体浓度、处理时间、检测方法 阅读提示:Methods中Cell Proliferation Assay和Cell Migration Assay部分及图4、图5 |
| 体内CNV模型 | 小鼠品系和年龄、激光参数、适配体剂量和给药时间、CNV测量时间 阅读提示:Methods中Animals和Laser-Induced CNV and Fibrosis Model and Treatment部分及图6 |
| 体内纤维化模型 | 小鼠周龄、激光参数、治疗时间点、纤维化标记物检测时间 阅读提示:Methods中Laser-Induced CNV and Fibrosis Model and Treatment部分及图8 |