患者队列和因果推断
评估糖尿病与 PDAC 风险及预后的关联
利用 UK Biobank GWAS 数据进行孟德尔随机化分析,并回顾性分析 PDAC 患者队列(含糖尿病和非糖尿病)的临床特征和生存期。
Spatial Multiomics Analyses Reveal That Diabetes Promotes Pancreatic Cancer Progression by Stimulating Cholesterol-Induced Neutrophil Extracellular Trap Formation
包含人类组织多组学分析、细胞实验、多种转基因小鼠模型及药物干预,验证了胆固醇-NET轴的功能和机制。
PANC-1 和 SW 1990 人胰腺癌细胞系 Pan02 小鼠胰腺癌细胞系 db/db 小鼠模型 STZ 诱导的糖尿病小鼠模型
SREBP2 基因敲低是否成功(Western blot 和 RT-qPCR 验证) CXCL1 基因敲低是否成功(Western blot 和 RT-qPCR 验证) 药物处理(betulin、simvastatin、reparixin、SX-517)的剂量和给药方式 糖尿病模型(db/db 或 STZ)的建立和验证(血糖水平)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估糖尿病与 PDAC 风险及预后的关联
利用 UK Biobank GWAS 数据进行孟德尔随机化分析,并回顾性分析 PDAC 患者队列(含糖尿病和非糖尿病)的临床特征和生存期。
描绘糖尿病 PDAC 的代谢和转录谱,并识别关键通路
对 PDAC 组织进行空间代谢组学(MALDI-MSI)和空间转录组学(Visium)分析,整合数据以确定差异代谢物和基因,并评估肿瘤和基质区域的通路富集。
验证高糖对胆固醇合成和 CXCL1 分泌的影响
在体外培养胰腺癌细胞系,用高糖(20 mmol/L)或正常糖(5.5 mmol/L)处理,检测 SREBP2 表达、胆固醇水平和 CXCL1 分泌。
验证胆固醇合成抑制或 CXCL1/CXCR2 阻断对肿瘤生长的作用
在糖尿病小鼠(db/db 或 STZ 诱导)原位植入 Pan02 细胞,给予 SREBP2 抑制剂(betulin)、他汀类药物(simvastatin)、CXCR1/2 抑制剂(reparixin、SX-517)或敲低 SREBP2/CXCL1,测量肿瘤体积、重量和 NET 形成。
明确 SREBP2 调控 CXCL1 表达的下游信号通路
通过 Western blot 检测 AKT 和 NF-κB 的磷酸化水平,并使用通路抑制剂(DHMEQ 和 PI3K/AKT-IN-1)研究其对 CXCL1 表达和肿瘤生长的影响。
验证糖尿病 PDAC 患者中胆固醇-CXCL1-NET 轴的存在和相关性
对 PDAC 组织芯片进行多重免疫荧光染色,检测 CXCL1、CXCR2、中性粒细胞标记物和 NET 标记物(CitH3、MPO);分析血清胆固醇和 CXCL1 水平与预后的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 基因敲低 | pLKO.1-puro 载体 | GeneChem | GV112 |
| 蛋白质印迹 | NF-κB p65 抗体 | Cell Signaling Technology | #8242 |
| 磷酸化 NF-κB p65 抗体 | Cell Signaling Technology | #3037 | |
| Akt 抗体 | Cell Signaling Technology | #9272 | |
| 磷酸化 Akt 抗体 | Cell Signaling Technology | #4060 | |
| SREBP2 抗体 | Proteintech | 28212-1-AP | |
| SQLE 抗体 | Proteintech | 12544-1-AP | |
| 多重免疫荧光 | CD66b 抗体 | Abcam | ab300122 |
| CXCL1 抗体 | Proteintech | 12335-1-AP | |
| CXCR2 抗体 | ABclonal | A3301 | |
| CXCR1 抗体 | Bio-Techne | MAB330-sp | |
| Panck 抗体 | Absin | 123684 | |
| 多色免疫组化 | 四色多重荧光免疫组化染色试剂盒 | Absin | abs50013 |
| 流式细胞术 | CD45 抗体 | BioLegend | 103132 |
| CD11b 抗体 | BioLegend | 101217 | |
| F4/80 抗体 | BioLegend | 123141 | |
| CXCR1 抗体 | BD Biosciences | 566383 | |
| Ly-6g 抗体 | BioLegend | 127605 | |
| CXCR2 抗体 | BioLegend | 149311 | |
| 中性粒细胞分离 | Polymorphprep 分离液 | Axis Shield | -- |
| NETosis 检测 | CitH3 抗体 | Abcam | ab5103 |
| Mpo 抗体 | R&D Systems | AF3667 | |
| SYTOX 绿色荧光染料 | Invitrogen | -- | |
| Quant-iT PicoGreen dsDNA 定量试剂盒 | Invitrogen | P11496 | |
| RNA 提取 | TRIzol 试剂 | Invitrogen | -- |
| 血生化分析 | Vanquish 超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Orbitrap Q Exactive HF 质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 质谱成像 | timsTOF flex 质谱系统 | Bruker Daltonics | -- |
| 动物实验 | 链脲佐菌素 | -- | -- |
| 白桦脂醇 | MedChemExpress | -- | |
| 辛伐他汀 | MedChemExpress | -- | |
| 瑞帕利辛 | -- | -- | |
| SX-517 | -- | -- | |
| PI3K/AKT抑制剂-1 | MedChemExpress | -- | |
| DHMEQ | MedChemExpress | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | PDAC 伴 DM 患者确诊糖尿病时间(至少2年)、样本量、肿瘤分期、生存数据 阅读提示:Materials and Methods 中的 Patients and tissues |
| 空间多组学 | 组织处理、切片厚度、透化时间、测序深度(300 million read-pairs per sample) 阅读提示:Materials and Methods 中的 Sample preparation, Visium sequencing library preparation, SM, Mass spectrometry imaging |
| 细胞实验 | 细胞系(Pan02、PANC-1、SW 1990)、培养条件(DMEM + 10% FBS)、高糖浓度(20 mmol/L)、处理时间 阅读提示:Materials and Methods 中的 Cell lines |
| 基因敲低 | shRNA 靶序列、载体(pLKO.1-puro)、筛选(嘌呤霉素 1 周)、敲低效率验证 阅读提示:Materials and Methods 中的 Lentivirus-mediated knockdown of SREBP2 and CXCL1 expression |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6、db/db、PAD4-/-)、性别、年龄、糖尿病诱导方法(STZ 剂量和频率)、高脂饮食时间、血糖标准(≥11.1 mmol/L) 阅读提示:Materials and Methods 中的 Animals and experimental model |
| 药物处理 | 药物名称、剂量、给药方式、给药时间(如 betulin 15 mg/kg/day 口服,simvastatin 30 mg/kg/day 口服,reparixin 50 mg/只隔天腹腔注射,SX-517 0.2 mg/kg静脉注射) 阅读提示:Materials and Methods 中的 Animals and experimental model |
| NETosis 检测 | 抗体(CitH3、MPO)、染色方法、SYTOX Green 浓度(200 nmol/L)、量化方法(PicoGreen dsDNA 试剂盒) 阅读提示:Materials and Methods 中的 NETosis detection |
| 流式细胞术 | 抗体组合、染色步骤、仪器(BD FACSCelesta)、分析软件(FlowJo 10.8) 阅读提示:Materials and Methods 中的 Flow cytometry |