患者队列和临床表征
评估RPGR变异患者的呼吸道症状和PCD诊断情况
招募32名RPGR变异患者,进行临床评估包括鼻呼气一氧化氮测量、胸片、肺功能测试和听力检查,并收集鼻刷样本。
Loss of RPGR disrupts motile cilia and causes primary ciliary dyskinesia by affecting F-actin dynamics
研究包含患者样本(鼻刷、ALI培养)和CRISPR基因敲除MCCs,以及hTERT-RPE1和成纤维细胞模型,并结合药物干预和超分辨成像验证功能与机制。
患者鼻腔多纤毛细胞(MCCs) CRISPR介导的RPGR敲除多纤毛细胞(RPGR KO MCCs) hTERT-RPE1细胞 患者皮肤成纤维细胞
RPGR变异的类型(影响两种亚型或仅RPGRORF15) CRISPR敲除效率(约99%整体敲除效率,ORF15特异性gRNA敲除效率70%在HBECs,59%在HNCs) LatA浓度0.2μM处理24小时(hTERT-RPE1细胞) Y27632处理(ALI培养起始时加入) 检测终点包括纤毛长度、纤毛形成率、纤毛搏动频率、波形和协调性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估RPGR变异患者的呼吸道症状和PCD诊断情况
招募32名RPGR变异患者,进行临床评估包括鼻呼气一氧化氮测量、胸片、肺功能测试和听力检查,并收集鼻刷样本。
检测RPGR变异对气道多纤毛细胞纤毛形态和功能的影响
使用免疫染色和共聚焦显微镜测量新鲜鼻细胞及ALI培养分化细胞的纤毛长度和纤毛形成率;使用活细胞成像和高速视频显微镜评估纤毛搏动频率、波形和协调性;使用3D-SIM分析基底足旋转极性。
验证RPGR缺失是否重现患者细胞表型
通过CRISPR-Cas9在健康人支气管上皮细胞(HBECs)和鼻腔细胞(HNCs)中敲除RPGR,并通过DNA凝胶电泳、Sanger测序和免疫染色验证敲除效率,然后分析纤毛长度、纤毛形成、纤毛搏动和极性。
探究RPGR如何影响F-肌动蛋白动力学
使用STED和STORM超分辨显微镜观察RPGR KO和患者MCCs中顶端F-肌动蛋白的分布,免疫印迹检测F/G-肌动蛋白比例,并检测gelsolin的分布。
验证F-肌动蛋白聚合抑制或ROCK抑制能否改善纤毛缺陷
用LatA或Y27632处理RPGR KO MCCs和患者MCCs,评估纤毛长度、纤毛形成、纤毛搏动频率、波形、协调性以及Vangl1和gelsolin分布。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | BEBM支气管上皮细胞生长培养基 | Lonza | cc-3170 |
| PneumaCult-ALI培养基 | STEMCELL Technologies | 05001 | |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11965084 | |
| DMEM/F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11320033 | |
| MEM-α培养基 | Thermo Fisher Scientific | 12561056 | |
| Opti-MEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 31985070 | |
| hTERT-RPE1细胞 | ATCC | CRL-4000 | |
| 免疫染色 | 抗RPGR抗体 | Atlas Antibodies | HPA001593 |
| 抗乙酰化微管蛋白抗体 | Sigma | T7451 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Sigma | T9026 | |
| 抗POC1B抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA524495 | |
| 抗centriolin抗体 | Santa Cruz | sc-365521 | |
| 抗DNAH5抗体 | Atlas Antibodies | HPA037470 | |
| 抗DNALI1抗体 | Atlas Antibodies | HPA028305 | |
| 抗SPEF2抗体 | Atlas Antibodies | HPA039606 | |
| 抗RPGRIP1L抗体 | ProteinTech | 556160-1-AP | |
| 抗MKS1抗体 | ProteinTech | 16206-1-AP | |
| 抗MKS3抗体 | ProteinTech | 13975-1-AP | |
| 抗CEP290抗体 | ProteinTech | 22490-1-AP | |
| 抗NPHP4抗体 | ProteinTech | 13812-1-AP | |
| 抗AHI1抗体 | Atlas Antibodies | HPA031698 | |
| 抗CC2D2A抗体 | Atlas Antibodies | 22293-1-AP | |
| 抗Vangl1抗体 | Atlas Antibodies | HPA025235 | |
| 抗gelsolin抗体 | ProteinTech | 11644-2-AP | |
| 抗ARL13B抗体 | ProteinTech | 17711-1-AP | |
| Alexa Fluor 488二抗 | Thermo Fisher Scientific | A11034 | |
| Alexa Fluor 555二抗 | Thermo Fisher Scientific | A21428 | |
| Alexa Fluor 647二抗 | Thermo Fisher Scientific | A21237 | |
| Alexa Fluor 647标记鬼笔环肽 | Thermo Fisher Scientific | A22287 | |
| Phalloidin STAR RED | Abberior | STRED-0100-20UG | |
| 药物处理 | 拉特伦库林A | -- | -- |
| Y27632 | -- | -- | |
| 纤毛标记 | 小麦胚芽凝集素–Alexa Fluor 488 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本采集和ALI培养 | 鼻刷样本收集方法、ALI分化培养时间(4周和8周)、培养基成分(PneumaCult-ALI,STEMCELL Technologies 05001) 阅读提示:Methods: Cell collection and culturing |
| 纤毛长度和纤毛形成测量 | 使用的抗体(乙酰化微管蛋白、POC1B)、成像方法、数据统计方法(t检验、ANOVA) 阅读提示:Figure 1 legends, Methods: Statistics |
| 纤毛搏动分析 | WGA-Alexa 488标记、成像设备、像素频率分析、纤毛搏动频率计算方法、波形分类、协调性评估方法 阅读提示:Figure 2 legends, Supplemental Methods |
| RPGR KO MCCs生成 | sgRNA序列和靶向位置、转染方法、敲除效率(整体约99%,ORF15特异性70%在HBECs、59%在HNCs)、验证方法(DNA凝胶电泳、Sanger测序、免疫染色) 阅读提示:Figure 3 legends, Supplemental Methods |
| F-肌动蛋白和凝胶蛋白分析 | 超分辨显微镜类型(STED、STORM、3D-SIM)、phalloidin标记浓度、F/G-肌动蛋白比例定量方法、凝胶蛋白免疫染色条件 阅读提示:Figure 5 and Figure 6 legends, Supplemental Methods |
| 药物处理实验 | LatA浓度(0.2μM用于hTERT-RPE1)和Y27632浓度、处理起始时间(ALI第0天或第4周)、处理持续时间、评估时间点(ALI第4周或第8周) 阅读提示:Figure 7 and Figure 8 legends, Supplemental Methods |