感染呼吸道合胞病毒的成人和儿童人鼻类器官的单细胞测序分析揭示年龄差异、增殖多样性并识别新的细胞嗜性

Single cell sequencing analysis of respiratory syncytial virus-infected pediatric and adult human nose organoids reveals age differences, proliferative diversity and identifies novel cellular tropism

作者信息Anubama Rajan, Divya Nagaraj, Carolyn Bomidi, Gina M Aloisio, Ashley M Murray, Emily M Schultz, Amal Kambal, Mary K Estes, Erin Nicholson, Vasanthi Avadhanula, Sarah E Blutt, Pedro A Piedra
PMID40975328
期刊J Infect
发布时间2025-10
DOI10.1016/j.jinf.2025.106617

实验完整度

包含单细胞转录组学、流式细胞术和免疫组化等多层级验证,并进行了细胞亚群和通路分析,验证了功能与机制。

主要模型

成人人鼻类器官(HNO 204,75岁女性) 儿童人鼻类器官(HNO 9005,1.5岁男性) 验证用成人HNO(HNO 918,45岁女性) 验证用儿童HNO(HNO 9003,0.8岁女性)

重点核对

RSV感染剂量:MOI 0.01,感染1.5小时 感染后时间点:5天(5 dpi) RSV毒株:RSV/A/USA/BCM813013/2013(ON)和RSV/B/USA/BCM80171/2010(BA) 样本量:单细胞测序使用成人HNO 204和儿童HNO 9005,流式验证使用HNO 918和HNO 9003 统计设计:使用非参数Wilcoxon秩和检验和GSEA进行差异表达和通路富集分析

摘要

呼吸道合胞病毒(RSV)是全球婴儿死亡的主要原因。年龄是导致幼儿感染严重程度的重要因素。RSV主要感染气道上皮的纤毛细胞,诱导黏液过度分泌,损害黏液纤毛清除。需要在细胞水平上更好地了解RSV感染,以开发有效的治疗干预措施。为了研究年龄差异并全面了解与RSV感染相关的基因特征,我们对感染RSV的成人和儿童人鼻类器官(HNOs)进行了单细胞转录组分析。我们的分析揭示了成人和儿童HNOs之间与细胞分化和增殖途径相关的转录组特征的显著差异。此外,我们发现了对RSV感染的独特先天免疫反应,儿童HNO显示出较低且失调的反应。通过纤毛细胞群的亚聚类分析,我们确定初级纤毛细胞是RSV感染的新型和突出的易感纤毛细胞类型。有趣且出乎意料的是,我们发现在儿童HNO中,RSV感染其他新型气道细胞,包括基底细胞和离子细胞/簇细胞,而成人HNO中较少,这通过增加的RSV基因计数和干扰素相关途径的诱导得到证明。总之,我们的研究提供了第一个HNO细胞图谱,剖析了成人和儿童HNO之间气道上皮RSV感染的异质性,并确定了易受RSV感染的新型细胞类型,这共同为RSV发病机制、治疗和疫苗研究提供了关键资源。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
成人和儿童鼻气道上皮细胞对RSV感染的易感性和反应存在哪些年龄相关差异,是否存在新的细胞嗜性?
核心机制
RSV主要感染初级纤毛细胞,且在儿童HNO中还可感染KRT23+基底细胞亚群和离子细胞,这可能涉及ICAM1、CX3CL1等受体表达差异。
主要证据
通过单细胞RNA测序发现RSV基因(NS1, NS2, N, P)在成人初级纤毛细胞和儿童基底细胞、离子细胞中富集,并通过多光谱流式细胞术和免疫组化验证。
研究意义
首次提供成人vs儿童HNO的RSV感染细胞图谱,识别新型易感细胞类型,为RSV发病机制、治疗和疫苗开发提供资源。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

HNO培养及RSV感染

建立成人和儿童HNO-ALI培养模型并感染RSV,模拟气道上皮感染环境

使用来自成人和儿童供体的HNO-ALI培养物,以MOI 0.01感染RSV/A或RSV/B,感染1.5小时后维持气液界面,收集5 dpi样本。

2

单细胞RNA测序及数据处理

分析感染前后的细胞类型和转录变化

从感染和未感染的HNO中分离单细胞,使用10x Genomics Chromium平台进行文库制备,基于Illumina NovaSeq 6000测序,使用Cell Ranger和Seurat进行数据处理和聚类分析。

3

细胞亚群鉴定和聚类分析

鉴定上皮细胞亚群,比较成人和儿童HNO的细胞组成差异

使用UMAP降维和聚类,基于标记基因注释细胞类型,并进行亚聚类深入分析。

4

RSV感染细胞识别

识别感染RSV的细胞类型

通过检测表达至少四种RSV基因(NS1, NS2, N, P)的细胞来确定感染细胞,比较不同细胞亚群中的病毒载量。

5

受体表达分析

分析候选RSV受体在不同细胞亚群中的表达

检查已知RSV受体(如CX3CR1, NCL, IGF1R, EGFR, ICAM1)在细胞亚群中的表达水平。

6

验证实验

通过独立方法验证单细胞RNA测序发现的关键结果

使用多光谱流式细胞术检测RSV F蛋白和细胞标记(如KRT5, KRT23, Arl13b),免疫组化检测Ki67增殖标记。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
10x Genomics Chromium平台10x Genomics--
Single Cell 3'试剂盒v2或v310x Genomics--
Illumina NovaSeq 6000Illumina--
Cytek Aurora CS光谱流式细胞仪Cytek--
KRT5抗体Abcamab224985
KRT23抗体Novus BiologicalsNBP2-22590AF488
Arl13b抗体Santa Cruzsc-515784 PE
乙酰化α-微管蛋白抗体Santa Cruzsc-23950 AF488
RSV-F蛋白抗体Novus BiologicalsNB100-63020AF647
PneumaCult-ALI培养基----
Matrigel----
胶原蛋白包被的Transwell----
AO培养基----
青霉素-链霉素-两性霉素B----
Accutase----
TrypLE SelectThermo Fisher Scientific--
LIVE/DEAD™可固定紫死细胞染色试剂盒Thermo Fisher--
Cytofix/Cytoperm™固定/破膜试剂盒BD Biosciences--
Ki67抗体Abcamab15580
ImmPRESS®马HRP抗兔PLUS聚合物试剂盒Vector LabsMP-7801
image-iT™固定液--FB002

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
HNO培养与RSV感染
MOI 0.01,感染1.5小时,感染后5天收集样本
阅读提示:材料与方法:人鼻类器官培养和RSV感染
单细胞RNA测序
10x Genomics平台,Single Cell 3' Kit v2或v3,测序参数
阅读提示:材料与方法:单细胞RNA测序
流式验证
抗体浓度、孵育时间、流式细胞仪设置
阅读提示:材料与方法:细胞内染色和FACS分析
免疫组化
固定、脱水、抗原修复、抗体浓度
阅读提示:材料与方法:免疫组织化学