HNO培养及RSV感染
建立成人和儿童HNO-ALI培养模型并感染RSV,模拟气道上皮感染环境
使用来自成人和儿童供体的HNO-ALI培养物,以MOI 0.01感染RSV/A或RSV/B,感染1.5小时后维持气液界面,收集5 dpi样本。
Single cell sequencing analysis of respiratory syncytial virus-infected pediatric and adult human nose organoids reveals age differences, proliferative diversity and identifies novel cellular tropism
包含单细胞转录组学、流式细胞术和免疫组化等多层级验证,并进行了细胞亚群和通路分析,验证了功能与机制。
成人人鼻类器官(HNO 204,75岁女性) 儿童人鼻类器官(HNO 9005,1.5岁男性) 验证用成人HNO(HNO 918,45岁女性) 验证用儿童HNO(HNO 9003,0.8岁女性)
RSV感染剂量:MOI 0.01,感染1.5小时 感染后时间点:5天(5 dpi) RSV毒株:RSV/A/USA/BCM813013/2013(ON)和RSV/B/USA/BCM80171/2010(BA) 样本量:单细胞测序使用成人HNO 204和儿童HNO 9005,流式验证使用HNO 918和HNO 9003 统计设计:使用非参数Wilcoxon秩和检验和GSEA进行差异表达和通路富集分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立成人和儿童HNO-ALI培养模型并感染RSV,模拟气道上皮感染环境
使用来自成人和儿童供体的HNO-ALI培养物,以MOI 0.01感染RSV/A或RSV/B,感染1.5小时后维持气液界面,收集5 dpi样本。
分析感染前后的细胞类型和转录变化
从感染和未感染的HNO中分离单细胞,使用10x Genomics Chromium平台进行文库制备,基于Illumina NovaSeq 6000测序,使用Cell Ranger和Seurat进行数据处理和聚类分析。
鉴定上皮细胞亚群,比较成人和儿童HNO的细胞组成差异
使用UMAP降维和聚类,基于标记基因注释细胞类型,并进行亚聚类深入分析。
识别感染RSV的细胞类型
通过检测表达至少四种RSV基因(NS1, NS2, N, P)的细胞来确定感染细胞,比较不同细胞亚群中的病毒载量。
分析候选RSV受体在不同细胞亚群中的表达
检查已知RSV受体(如CX3CR1, NCL, IGF1R, EGFR, ICAM1)在细胞亚群中的表达水平。
通过独立方法验证单细胞RNA测序发现的关键结果
使用多光谱流式细胞术检测RSV F蛋白和细胞标记(如KRT5, KRT23, Arl13b),免疫组化检测Ki67增殖标记。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 10x Genomics Chromium平台 | 10x Genomics | -- |
| Single Cell 3'试剂盒v2或v3 | 10x Genomics | -- | |
| 测序 | Illumina NovaSeq 6000 | Illumina | -- |
| 流式细胞术 | Cytek Aurora CS光谱流式细胞仪 | Cytek | -- |
| KRT5抗体 | Abcam | ab224985 | |
| KRT23抗体 | Novus Biologicals | NBP2-22590AF488 | |
| Arl13b抗体 | Santa Cruz | sc-515784 PE | |
| 乙酰化α-微管蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-23950 AF488 | |
| RSV-F蛋白抗体 | Novus Biologicals | NB100-63020AF647 | |
| 细胞培养 | PneumaCult-ALI培养基 | -- | -- |
| Matrigel | -- | -- | |
| 胶原蛋白包被的Transwell | -- | -- | |
| AO培养基 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素-两性霉素B | -- | -- | |
| 细胞消化 | Accutase | -- | -- |
| TrypLE Select | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞染色 | LIVE/DEAD™可固定紫死细胞染色试剂盒 | Thermo Fisher | -- |
| 细胞固定破膜 | Cytofix/Cytoperm™固定/破膜试剂盒 | BD Biosciences | -- |
| 免疫组化 | Ki67抗体 | Abcam | ab15580 |
| ImmPRESS®马HRP抗兔PLUS聚合物试剂盒 | Vector Labs | MP-7801 | |
| 固定 | image-iT™固定液 | -- | FB002 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HNO培养与RSV感染 | MOI 0.01,感染1.5小时,感染后5天收集样本 阅读提示:材料与方法:人鼻类器官培养和RSV感染 |
| 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台,Single Cell 3' Kit v2或v3,测序参数 阅读提示:材料与方法:单细胞RNA测序 |
| 流式验证 | 抗体浓度、孵育时间、流式细胞仪设置 阅读提示:材料与方法:细胞内染色和FACS分析 |
| 免疫组化 | 固定、脱水、抗原修复、抗体浓度 阅读提示:材料与方法:免疫组织化学 |