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PRECISE-seq揭示具有表型可塑性的疾病相关TCR受体库
PRECISE-seq reveals disease-relevant TCR repertoires with phenotypic plasticity
摘要
将T细胞表型与抗原特异性及功能亲和力关联，对于理解感染和癌症中的体内免疫反应至关重要。本文开发了PRECISE-seq方法，该方法整合了多组学T细胞分析与接触依赖性邻近标记技术，能够快速筛选疾病相关的T细胞库，并在单细胞分辨率下将相对TCR亲和力与T细胞表型关联起来。PRECISE-seq准确地从人外周血中检索出CMV特异性克隆型，并在生理环境下定量测量功能亲和力。我们发现，高效力的CMV特异性T细胞优先获得耗竭表型。在肿瘤中，多克隆肿瘤反应性CD8+ T细胞主要分化为促肿瘤Ly49+调节状态（TLy49），其特征是抑制性杀伤细胞凝集素样受体表达，并源自效应记忆T细胞，其分化轨迹与耗竭状态不同。值得注意的是，PD-1阻断减少了TLy49的形成并促进效应功能恢复，这与免疫疗法的反应性相关。总之，PRECISE-seq实现了TCR效力和T细胞表型的高分辨率图谱绘制，揭示了塑造肿瘤中T细胞命运的调节轴。
实验方法
产品清单
| 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|
| LSR II流式细胞仪 | BD | -- |
| Symphony流式细胞仪 | -- | -- |
| FACSAria II细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
| FACSAria III细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
| FlowJo分析软件 | Tree Star | -- |
| Chromium Next GEM单细胞5' GEM、文库及凝胶珠试剂盒 v1.1 | 10X Genomics | 1000165 |
| Illumina HiSeq X Ten测序平台 | Illumina | -- |
| SMARTer人TCRα/β分析试剂盒 v2 | Takara Bio | -- |
| Illumina NovaSeq测序仪 | Illumina | -- |
| Cell Ranger 6.0分析软件 | -- | -- |
| Seurat R软件包 | -- | 3.2.3 |
| CITE-seq-Count分析软件 | -- | 1.4.5 |
| URD R软件包 | -- | 1.1.1 |
| survminer R软件包 | -- | -- |
| GraphPad Prism 8分析软件 | GraphPad Software | -- |
| MATLAB R202la分析软件 | -- | -- |
| Cogent NGS免疫分析仪 | Takara Bio | 1.0 |
| Nucleofector 4D电转系统 | Lonza | -- |
| EasySep小鼠CD8+ T细胞分离试剂盒 | STEMCELL | -- |
| 0.45微米PES注射器过滤器 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 70微米细胞滤网 | -- | -- |
| 96孔U型底板 | -- | -- |
| 6厘米培养皿 | -- | -- |
| 10厘米培养皿 | -- | -- |
| 24孔板 | -- | -- |
| 培养箱 | -- | -- |
| 离心机 | -- | -- |
| 细胞分选仪 | -- | -- |