MPTP诱导PD小鼠模型建立及山药干预
评估膳食山药对MPTP诱导的PD小鼠模型的神经保护作用。
8周龄雄性C57BL/6J小鼠随机分为三组:对照组(正常饮食)、MPTP组(正常饮食)、MPTP+Yam组(含10%山药粉末的饮食),连续喂养6周。PD模型通过在第2周开始腹腔注射MPTP(30 mg/kg/天)连续5天诱导。
Dietary Yam (Dioscorea opposita Thunb.) Ameliorates Parkinson's Disease in Mice via Gut Microbiota-Driven Mitochondrial Improvement and Neuroinflammation Inhibition
研究包含行为学、组织学、神经化学、16S rRNA测序、代谢组学、转录组学及Western blot等多层次独立实验,并进行了功能与机制验证。
MPTP诱导的C57BL/6J小鼠PD模型 小鼠SNc组织 小鼠肠道内容物
MPTP剂量为30 mg/kg/天,腹腔注射5天 山药粉末添加量为10%(w/w)的饲料,连续喂养6周 每组10只8周龄雄性C57BL/6J小鼠 肠道通透性通过ZO-1和Claudin-3的表达评估
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估膳食山药对MPTP诱导的PD小鼠模型的神经保护作用。
8周龄雄性C57BL/6J小鼠随机分为三组:对照组(正常饮食)、MPTP组(正常饮食)、MPTP+Yam组(含10%山药粉末的饮食),连续喂养6周。PD模型通过在第2周开始腹腔注射MPTP(30 mg/kg/天)连续5天诱导。
评估山药干预对MPTP诱导的PD小鼠运动功能和协调能力的影响。
通过杆测试、转棒测试、倒网格测试和后肢抓握测试评估小鼠的运动表现。
评估山药干预对MPTP诱导的黑质纹状体多巴胺能神经元变性和纹状体多巴胺水平的影响。
通过免疫组化和免疫荧光染色检测SNc和纹状体中的酪氨酸羟化酶(TH)阳性神经元;通过Western blot检测TH和DAT蛋白水平;通过ELISA或高效液相色谱检测纹状体多巴胺及其代谢物(DOPAC、HVA)的水平。
评估山药干预对MPTP诱导的肠道屏障功能障碍的影响。
通过H&E染色、AB-PAS染色检测结肠组织学变化;通过免疫荧光检测紧密连接蛋白ZO-1和Claudin-3的表达;通过ELISA检测血清LPS和炎症因子水平。
评估山药干预对MPTP诱导的PD小鼠肠道菌群多样性和组成的影响。
收集粪便样本,提取基因组DNA,扩增16S rRNA基因V3-V4区域,进行Illumina MiSeq测序。分析alpha多样性(Ace、Chao、Shannon指数)和beta多样性(PCA、PCoA、NMDS),并鉴定差异菌群(LEfSe、ANCOM)。
评估山药干预对MPTP诱导的PD小鼠肠道代谢物谱的影响。
对结肠内容物进行非靶向代谢组学分析,使用UPLC-QTOF/MS检测,并通过PLS-DA和OPLS-DA分析鉴定差异代谢物,并进行KEGG通路富集分析。
探究山药干预对MPTP诱导的PD小鼠SNc基因表达谱的影响,以揭示分子机制。
提取SNc组织RNA,进行Illumina NovaSeq6000测序,分析差异表达基因并进行GO和KEGG富集分析,并通过Western blot验证关键通路蛋白表达。
系统评估山药干预在肠道菌群、代谢物和宿主基因表达层面的整体协调效应。
整合16S rRNA测序、代谢组学和转录组学数据,使用DIABLO框架进行多组学数据整合,分析跨组学相关性,并构建Circle图、CIM热图和Sankey图展示关联网络。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 1-甲基-4-苯基-1,2,3,6-四氢吡啶 | -- | -- |
| 饲料制备 | 山药粉 | -- | -- |
| 组织学染色 | AB-PAS染色试剂盒 | Wuhan Servicebio Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 免疫荧光/免疫组化 | 抗TH一抗 | Proteintech Group, Inc. | -- |
| 免疫荧光 | 抗ZO-1一抗 | Proteintech Group, Inc. | -- |
| 抗Claudin-3一抗 | Proteintech Group, Inc. | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 抗TH抗体 | Proteintech | 25859-1-AP | |
| 抗DAT抗体 | Proteintech | 22524-1-AP | |
| 抗COX7c抗体 | Proteintech | 11411-2-AP | |
| 抗PGC1α抗体 | Novus Biologicals | NBP1-04676 | |
| 抗p-CREB抗体 | CST | 9198 | |
| 抗CREB抗体 | CST | 9197 | |
| 抗NLRP3抗体 | Abcam | ab263899 | |
| 抗Caspase-1抗体 | CST | 83383 | |
| 抗Cleavage Caspase-1抗体 | Thermo Fisher | PA5-99390 | |
| 抗β-actin抗体 | Abcam | ab8226 | |
| HRP偶联的抗兔二抗 | Thermo Fisher | 32460 | |
| HRP偶联的抗鼠二抗 | Thermo Fisher | 31430 | |
| ECL化学发光试剂 | -- | -- | |
| ChemiDoc Touch成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 16S rRNA测序 | QIAamp Fast DNA粪便微型试剂盒 | Qiagen | -- |
| Illumina MiSeq平台 | Illumina | -- | |
| 代谢组学 | ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱 | Waters Corporation | -- |
| Xevo G2 XS QTOF质谱仪 | Waters Corporation | -- | |
| 转录组学 | Nanodrop2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Agilent5300 | Agilent Technologies | -- | |
| AMPure XP磁珠 | Beckman | -- | |
| Qubit荧光定量仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Bioanalyzer生物分析仪 | Agilent | -- | |
| Illumina NovaSeq6000平台 | Illumina | -- | |
| ELISA | ELISA试剂盒(TNF-α、IL-1β、IL-6、IL-18、IL-10、LPS) | Meimian Industrial Limited by Share Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型与分组 | 动物品系(C57BL/6J)、性别(雄性)、年龄(8周龄)、每组样本量(10只)、随机分组方法、山药饲料添加比例(10% w/w)、MPTP剂量(30 mg/kg/天)、MPTP给药途径(腹腔注射)及给药天数(5天) 阅读提示:见Methods 2.1节 |
| 山药粉制备 | 山药品种(铁棍山药)、供应商、蒸煮时间(40分钟)、冻干和过筛步骤(100目筛)、储存条件(-20°C) 阅读提示:见Methods 2.1节 |
| 行为学测试 | 杆测试、转棒测试、倒网格测试及后肢评分具体参数(如转棒转速加速范围、倒网格最大观察时间等)、测试重复次数及间隔时间、实验者设盲情况 阅读提示:见Methods 2.2节 |
| 多巴胺能神经元分析 | SNc和纹状体组织取材方法、免疫组化/免疫荧光抗体信息(如TH抗体品牌及货号)、Western blot抗体信息及稀释比例、图像定量分析方法(如Image-J) 阅读提示:见Methods 2.5, 2.6节及Figure 1 legends |
| 肠道屏障评估 | 结肠组织固定、包埋、切片厚度(4 μm)、H&E和AB-PAS染色步骤及试剂盒信息、紧密连接蛋白抗体品牌及货号、血清LPS及炎症因子ELISA试剂盒品牌 阅读提示:见Methods 2.4, 2.5, 2.3节 |
| 16S rRNA测序 | 粪便样本收集与储存条件、DNA提取试剂盒(QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit)、扩增区域(V3-V4)、引物序列、PCR条件、测序平台(Illumina MiSeq)及数据分析流程(如OTU聚类、α/β多样性分析、LEfSe等) 阅读提示:见Methods 2.7节 |
| 代谢组学分析 | 结肠内容物样本处理(如甲醇超声提取、离心和过滤)、色谱条件(如柱子型号、流动相、梯度洗脱)、质谱条件(如离子模式、毛细管电压)、数据分析和差异代谢物筛选标准 阅读提示:见Methods 2.8节 |
| 转录组学分析 | SNc组织RNA提取方法、RNA质量要求(浓度、RQN、OD260/280)、文库构建流程(如mRNA富集、cDNA合成)、测序平台(Illumina NovaSeq6000)、数据分析流程(如比对参考基因组、差异表达基因筛选标准) 阅读提示:见Methods 2.9节 |
| 多组学整合分析 | 整合方法(DIABLO)、输入特征选择(如菌属、代谢物、基因数量)、交叉验证策略(如rdCV-PLSDA) 阅读提示:见Methods 2.10节 |