鉴定脱落敏感基因特征
识别卵巢癌细胞基质脱落后早期上调的基因,以发现潜在关键分子。
对三个腹水来源的卵巢癌细胞系进行RNA-seq,比较附着和锚定非依赖培养2小时后的基因表达变化。
RHOV is a Detachment-Responsive Rho GTPase Necessary for Ovarian Cancer Peritoneal Metastasis
包含体外细胞实验、体内动物模型、患者样本验证及机制研究,涉及功能验证和机制验证。
OVCAR3、OVCA433、SKOV3卵巢癌细胞系 患者腹水来源的原代细胞 患者肿瘤组织标本 NSG小鼠异种移植模型
RHOV基因敲除效率及克隆筛选 RHOV过表达及突变体的构建和验证 细胞培养条件(附着与锚定非依赖) 动物模型中的细胞接种数量和给药方式 统计分析方法及样本量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别卵巢癌细胞基质脱落后早期上调的基因,以发现潜在关键分子。
对三个腹水来源的卵巢癌细胞系进行RNA-seq,比较附着和锚定非依赖培养2小时后的基因表达变化。
确认RHOV在患者样本中的表达变化及其与临床预后的关联。
从患者腹水和肿瘤组织样本中提取细胞,检测RHOV mRNA水平,并进行生存分析。
评估RHOV对卵巢癌细胞体外功能的影响。
利用CRISPR-Cas9敲除RHOV,通过多种功能实验检测细胞存活、增殖、迁移和侵袭能力。
评估RHOV缺失对卵巢癌小鼠模型腹膜转移的影响。
将对照和RHOV敲除的细胞注射入NSG小鼠腹腔或卵巢囊,监测肿瘤生长和转移。
探究RHOV调控卵巢癌细胞转移的分子机制。
通过RNA-seq、Western blot、免疫荧光等方法分析RHOV敲除对信号通路和细胞骨架的影响。
确定RHOV功能所需的关键结构域。
在RHOV敲除细胞中表达野生型或突变型RHOV,检测功能恢复情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MCDB/M199培养基 | -- | -- |
| RPMI 1640培养基 | Corning | 10-040-CV | |
| DMEM培养基 | Corning | 10-017-CV | |
| 199培养基 | Corning | 10-060-CV | |
| MCDB105培养基 | Cell Applications | 117-500 | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 胰蛋白酶-EDTA | Fisher Scientific | 25-200-056 | |
| TrypLE Express酶 | Thermo Scientific | 12605028 | |
| Accutase | BD Biosciences | 561527 | |
| EDTA | Fisher Scientific | AM9260G | |
| 杀稻瘟菌素 | Thermo Scientific | A1113903 | |
| 分子克隆 | pLX304慢病毒载体 | Addgene | 25890 |
| pcDNA3-APEX2载体 | Addgene | 49386 | |
| psPAX2 | Addgene | 12260 | |
| pMD2.G | Addgene | 12259 | |
| 聚凝胺 | MilliporeSigma | TR-1003 | |
| RNA提取和PCR | Direct-zol RNA小量提取试剂盒 | Zymo Research | R2052 |
| qScript cDNA合成试剂盒 | Quantabio | 95047 | |
| iTaq Universal SYBR Green预混液 | Bio-Rad | -- | |
| 蛋白质分析 | RIPA裂解液 | Thermo Scientific | 89901 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Scientific | 78443 | |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | 23225 | |
| 硝酸纤维素膜 | Fisher Scientific | 45-004-001 | |
| 牛血清白蛋白 | Fisher Scientific | BP1600-100 | |
| 一抗 | 各种品牌 | -- | |
| HRP偶联二抗 | Cytiva | -- | |
| 荧光标记二抗 | LI-COR Biosciences | -- | |
| SuperSignal West Femto最大灵敏度底物 | Thermo Scientific | 34096 | |
| 丽春红S | MilliporeSigma | P7170-1L | |
| Amicon超滤离心管 | MilliporeSigma | UFC901024 | |
| 药物处理 | MG132 | Sigma-Aldrich | 474790 |
| 重组人TGF-β1 | R&D Systems | 7754-BH-005 | |
| 细胞功能检测 | CellTrace CFSE | Invitrogen | C34554 |
| CellTrace Far Red | Invitrogen | C34572 | |
| 钙黄绿素AM | -- | -- | |
| 溴化乙锭二聚体 | Sigma | -- | |
| Caspase-Glo 3/7 3D试剂 | Promega | G8981 | |
| Caspase-Glo 3/7试剂 | Promega | G8090 | |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| 碘化丙啶 | Abcam | ab139418 | |
| 细胞分析 | FluoReporter Blue荧光定量dsDNA试剂盒 | Invitrogen | F2962 |
| Hoechst 33258 | -- | -- | |
| D-荧光素 | PerkinElmer | 122799 | |
| 基质胶 | Corning | 354248 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488偶联羊抗兔二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11008 |
| Alexa Fluor 647偶联鬼笔环肽 | Thermo Fisher Scientific | A22287 | |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂含DAPI | Cell Signaling Technology | 8961 | |
| Triton X-100 | Fisher Scientific | BP151500 | |
| Pierce SuperBlock T20 (TBS)封闭液 | Thermo Scientific | 37535 | |
| 动物实验 | NSG小鼠 | Jackson Laboratory | IMSR_JAX:005557 |
| 10%中性缓冲福尔马林 | Fisher Scientific | 5735 | |
| 细胞培养耗材 | 超低吸附板 | Corning | -- |
| 圆底96孔超低吸附板 | Corning | 7007 | |
| 平底96孔超低吸附板 | Corning | 3474 | |
| 6孔超低吸附板 | Corning | 3471 | |
| 8孔腔室玻片 | Falcon | 08-774-26 | |
| ibidi µ培养皿带培养插入3孔 | ibidi | 80366 | |
| I型胶原 | Sigma-Aldrich | 8919 | |
| 链霉亲和素磁珠 | New England Biolabs | S1420S | |
| 仪器 | CFX Opus 96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- |
| SW41转子 | Beckman Coulter | -- | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| IVIS成像系统 | -- | -- | |
| Leica Thunder成像系统 | Leica | -- | |
| ChemiDoc XRS+系统 | Bio-Rad | -- | |
| Odyssey CLx成像系统 | LI-COR | -- | |
| Victor X荧光酶标仪 | PerkinElmer | -- | |
| GloMax Explorer酶标仪 | Promega | -- | |
| IncuCyte S3活细胞分析系统 | Sartorius | -- | |
| Leica DMI8共聚焦显微镜 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 培养基种类、血清浓度、培养条件(附着或锚定非依赖) 阅读提示:参考细胞系和培养条件部分 |
| 基因敲除 | sgRNA序列、转染方法、筛选标记 阅读提示:参考“CRISPR-Cas9介导的RHOV敲除”部分 |
| 体外功能实验 | 细胞接种密度、培养时间、检测试剂浓度 阅读提示:参考“细胞培养在超低吸附条件下”及功能实验具体方法 |
| 体内转移模型 | 小鼠品系、细胞注射数量、注射途径、监测时间 阅读提示:参考“肿瘤异种移植”部分 |
| 信号通路检测 | 抗体稀释比、刺激条件(如TGF-β1浓度、时间) 阅读提示:参考“Western blot”和“TGF-β1刺激”方法 |