转录组测序与比较分析
鉴定MD与JPS的差异表达基因和信号通路。
对3例MD、3例JPS和3例正常胃黏膜样本进行RNA-seq,排除低质量样本后,利用DESeq2进行差异表达分析,并进行通路富集分析。
Transcriptomic profiling reveals the role of Hedgehog signaling as a biomarker and in the pathogenesis of Ménétrier's disease
包含转录组分析、RT-qPCR、免疫组化、免疫印迹、小鼠模型、类器官等多层次验证,并进行了功能获得与功能丧失实验,验证了机制与治疗效果。
MT-TGFα小鼠 野生型小鼠 人胃类器官 人胃组织样本
RNA-seq样本选择:3例MD、3例JPS、3例正常对照,排除低质量样本 Hh抑制剂sonidegib处理MT-TGFα小鼠:5 mg/kg,隔日腹腔注射,持续3周 Hh激动剂SAG处理野生型小鼠:20 mg/kg,隔日腹腔注射,持续2周 人胃类器官处理:EGFR抑制剂P1X/P2X(100 μg/ml)或sonidegib(50 μM)处理48 h
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定MD与JPS的差异表达基因和信号通路。
对3例MD、3例JPS和3例正常胃黏膜样本进行RNA-seq,排除低质量样本后,利用DESeq2进行差异表达分析,并进行通路富集分析。
验证RNA-seq中发现的Hh信号通路靶基因表达差异。
使用RT-qPCR检测MD、JPS和NL样本中GLI1、BOC、HHIP的表达。
在蛋白水平验证GLI1和HHIP在MD、JPS和NL中的表达差异。
对MD、JPS和NL胃组织切片进行GLI1、HHIP、PTCH1免疫组化染色,并使用QuPath计算H-score。
评估Hh信号在MD发病机制中的作用。
用Hh抑制剂sonidegib处理MT-TGFα小鼠,用Hh激动剂SAG处理野生型小鼠,观察组织学变化及细胞类型数量。
探究EGFR和Hh信号通路在MD中的上下游关系。
MD患者胃类器官分别用EGFR抑制剂P1X/P2X或Hh抑制剂sonidegib处理,检测p-EGFR和GLI1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | RNeasy Plus 微型试剂盒 | Qiagen | -- |
| RNA测序 | Illumina测序平台 | Illumina | -- |
| RNA测序分析 | Partek Flow软件 | Partek | -- |
| 通路分析 | Ingenuity通路分析 | Qiagen | -- |
| Enrichr | -- | -- | |
| cDNA合成 | iScript Advanced cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| qPCR | SsoAdvanced Universal SYBR Green Supermix | Bio-Rad | -- |
| CFX Opus96实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫印迹 | 4-12%梯度Bis-Tris SDS-PAGE凝胶 | Invitrogen | -- |
| iBlot干转印系统 | Invitrogen | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 化学发光HRP底物 | Thermo Fisher Scientific | 34096 | |
| ChemiDoc XRS+成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 抗GLI1抗体 | Bioss | Bs-1206R | |
| 抗p-EGFR抗体 | Abcam | ab40815 | |
| 抗HEY1抗体 | Proteintech | 19929-1-AP | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| HRP偶联二抗 | Invitrogen | A16035 | |
| 免疫荧光 | 蛋白封闭液 | Abcam | ab64226 |
| 抗H+/K+ ATPase抗体 | -- | -- | |
| 抗GIF抗体 | MyBioSource | MBS2014736 | |
| 抗Ki-67抗体 | Cell Signaling Technology | 12202S | |
| 加纳籽凝集素II | Invitrogen | L21415 | |
| 荆豆凝集素1 | Vector Laboratories | FL-1062 | |
| 荧光显微镜 | KEYENCE | BZ-X800 | |
| 免疫组化 | 抗HHIP抗体 | Invitrogen | PA5-115355 |
| 抗Patched 1抗体 | R&D Systems | MAB41051 | |
| Motic EasyScan系统 | Motic | -- | |
| QuPath软件 | -- | ver. 0.4.3 | |
| 类器官培养 | Primocin | InvivoGen | ant-pm-1 |
| 牛生长血清 | Cytiva | SH30541.03 | |
| 二硫苏糖醇 | Sigma-Aldrich | D9779 | |
| EDTA/EGTA | Corning/Sigma-Aldrich | 46-034-Cl/E3889 | |
| 基质胶 | Corning | 354234 | |
| 人肠道类器官培养基 | STEMCELL Technologies | 06010 | |
| Y-27632 | Sigma-Aldrich | Y0503 | |
| 胃泌素I | Sigma-Aldrich | G9145 | |
| N-乙酰-L-半胱氨酸 | Sigma-Aldrich | A9165 | |
| A83-01 | Tocris | 2939 | |
| 成纤维细胞生长因子-2 | Thermo Fisher | 233-FB-010 | |
| 胰岛素样生长因子-1 | BioLegend | 590904 | |
| 药物处理 | 索尼德吉 | Med Chem Express | HY-16582A |
| 平滑激动剂 | Med Chem Express | HY-12848 | |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | D4540 | |
| 玉米油 | Sigma-Aldrich | C8267 | |
| 类器官药物处理 | P1X/P2X抗体 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| RNA-seq | 样本量:3例MD、3例JPS、3例NL;排除标准:平均覆盖度<10×或读数低;分组依据:TGFA表达水平 阅读提示:Methods: RNA isolation and RNA-sequencing analysis; Results: Mining the RNA-sequencing datasets; Figure 2 |
| 小鼠模型药物处理 | 动物品系:MT-TGFα小鼠(2-4月龄);给药剂量:sonidegib 5 mg/kg,SAG 20 mg/kg;给药方式:腹腔注射,隔日;持续时间:3周(sonidegib)、2周(SAG);对照组:10% DMSO/90%玉米油 阅读提示:Methods: Animal experiments; Figure 5 and 6 legends |
| 人胃类器官培养 | 样本:MD患者胃组织;培养基:Human IntestiCult加补充因子;处理:P1X/P2X (100 μg/ml)或sonidegib (50 μM)处理48 h;EGFR信号抑制时需去除EGF 阅读提示:Methods: Human gastric organoids; Supplementary Figure S5 |