建立异种移植瘤模型并观察表型
验证OSRC-2和RXF393细胞是否诱导恶病质表型,并评估PT2399对生存和体重的影响。
将OSRC-2或RXF393细胞植入免疫缺陷小鼠(原位或皮下),监测体重和肿瘤重量,部分小鼠接受PT2399或载体处理。
Targeting of HIF2-driven cachexia in kidney cancer
包含体外细胞实验、异种移植瘤模型、临床患者样本分析等多个独立证据层级,并进行了CRISPR基因敲除、回复实验、药物干预等功能验证和机制验证。
OSRC-2原位异种移植瘤模型 RXF393异种移植瘤模型 786-O原位异种移植瘤模型 ccRCC患者队列
PT2399剂量(每日口服45 mg/kg或30 mg/kg) OSRC-2细胞中PTHLH的CRISPR基因敲除 786-O细胞中Dox诱导的PTHLH表达 高钙血症和恶病质表型的变化 PT2399处理后的转录组和蛋白质组变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证OSRC-2和RXF393细胞是否诱导恶病质表型,并评估PT2399对生存和体重的影响。
将OSRC-2或RXF393细胞植入免疫缺陷小鼠(原位或皮下),监测体重和肿瘤重量,部分小鼠接受PT2399或载体处理。
表征恶病质过程中的能量代谢和脂肪组织重塑。
通过MRS扫描测量脂肪和瘦体重,收集iWAT、eWAT、BAT、腓肠肌和股四头肌,进行H&E染色、Ucp1免疫荧光和Western blot分析。
鉴定OSRC-2细胞分泌的、受HIF2调控的蛋白,特别是与恶病质相关的因子。
将BirA-ER标记的OSRC-2和786-O细胞用PT2399或DMSO处理,通过链霉亲和素富集分泌蛋白,进行LC-MS/MS定量分析。
证明PTHLH是HIF2的直接转录靶点。
通过ChIP-seq检测HIF2α在PTHLH位点的结合,RNA-seq和RT-qPCR分析PT2399处理后的PTHLH表达,PRO-seq和polysome-seq检测转录和翻译效率。
证明PTHLH对于恶病质和高钙血症是必要的且充分的。
通过CRISPR敲除OSRC-2中的PTHLH,进行原位移植瘤实验;在786-O细胞中诱导PTHLH表达,观察表型;并利用DOX诱导的回复实验验证靶向性。
评估HIF2抑制剂对ccRCC患者PTHrP水平和恶病质/高钙血症的影响。
收集接受belzutifan、ICI或VEGF TKI治疗的ccRCC患者的血浆样本,测量PTHrP和校正钙水平,记录体重和BMI变化;分析NKT2152治疗患者的纵向数据。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | GIBCO | 11875093 |
| DMEM培养基 | GIBCO | 11965092 | |
| DMEM-F-12, GlutaMAX培养基 | GIBCO | 10565018 | |
| 胎牛血清 | GeminiBio | 100-106 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 25200056 | |
| 氢化可的松 | Sigma-Aldrich | H0135-1MG | |
| MycoAlert支原体检测试剂盒 | Lonza | LT07-318 | |
| 药物处理 | PT2399 | Merck & Co. | -- |
| 生物素 | Sigma-Aldrich | B4501-1G | |
| 多西环素 | Takara | 631311 | |
| Western blot | 抗细胞周期蛋白D1抗体 | Cell Signaling Technologies | 2978 |
| 抗HIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 29973S | |
| 抗NDRG1抗体 | Cell Signaling Technology | 5196S | |
| 抗Vinculin抗体 | Sigma | V9131 | |
| 抗V5标签抗体 | Cell Signaling Technology | 13202S | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 3700S | |
| 链霉亲和素-辣根过氧化物酶 | Cell Signaling Technology | 3999S | |
| 抗IGFBP3抗体 | Cell Signaling Technology | 25864S | |
| 抗MMP2抗体 | Cell Signaling Technology | 87809S | |
| 质粒构建 | Agilent QuikChange II XL定点突变试剂盒 | Agilent | 200522 |
| pENTR221质粒 | Horizon Discovery | OHS5894-202497874 | |
| pLIX_403-Puro载体 | Addgene | 41395 | |
| pLIX403-ccdB-Blast载体 | Addgene | 158560 | |
| Gateway LR Clonase II酶混合物 | Invitrogen | 11791100 | |
| lentiCRISPR v2-Puro载体 | Addgene | 52961 | |
| lentiCRISPR v2-Blast载体 | Addgene | 83480 | |
| psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 | |
| pMD2.G包膜质粒 | Addgene | 12259 | |
| pLX304-BirA-G3*-ER载体 | -- | -- | |
| BsmBI限制酶 | Thermo Fisher Scientific | ER0451 | |
| T4连接酶 | NEB | M0202M | |
| 病毒包装 | Opti-MEM培养基 | Gibco | -- |
| TransIT-VirusGEN转染试剂 | Mirus | MIR 6700 | |
| 病毒感染 | 聚凝胺 | Santacruz | sc-134220 |
| 分泌蛋白标记 | Amicon Ultra-15浓缩管 | Millipore | UFC900324 |
| RIPA裂解液 | Life Technologies | 89901 | |
| 蛋白酶抑制剂 | Roche | 1836170 | |
| 磷酸酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | 04906837001 | |
| 链霉亲和素磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 65002 | |
| 蛋白质谱 | 胰蛋白酶 | -- | -- |
| TMT16标记试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Vanquish Neo超高效液相色谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Picofrit毛细管柱 | New Objective | PF360-75-10-N-5 | |
| ReproSil-Pur C18-AQ填料 | Dr Maisch | r119.aq | |
| 色谱柱加热套 | PhoenixST | -- | |
| RT-qPCR | RNeasy小型提取试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| iScript RT反转录预混液 | Bio-Rad Laboratories | 1708841 | |
| LightCycler 480 II实时荧光定量PCR仪 | Roche Diagnostics | -- | |
| LightCycler 480 SYBR Green I预混液 | Roche Diagnostics | 04887352001 | |
| 血清钙测定 | 比色法钙测定试剂盒 | Abcam | ab102505 |
| ELISA | PTHrP (1-34) EIA试剂盒 | Phoenix Pharmaceuticals | EK-056-04 |
| 人GDF-15 ELISA试剂盒 | R&D Systems | DGD150 | |
| 基因编辑 | SPRI磁珠 | GE Healthcare | 65152105050250 |
| Alt-R Cas9核酸酶V3 | IDT | 1081059 | |
| Alt-R Cas9电穿孔增强剂 | IDT | -- | |
| 4D-Nucleofector X电转仪 | Lonza | -- | |
| Alt-R HDR增强剂V2 | IDT | -- | |
| ChIP-seq | FLAG抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 |
| 蛋白G磁珠 | Life Technologies | 10004D | |
| MinElute PCR纯化试剂盒 | Qiagen | 28004 | |
| RNA-seq | KAPA RNA HyperPrep试剂盒(含RiboErase) | Roche | 08098131702 |
| Corning组织培养皿 | Corning | 353003 | |
| NanoDrop分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | ND-8000-GL | |
| ERCC RNA加标试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 4456740 | |
| Agilent TapeStation自动化电泳系统 | Agilent Technologies | G2991BA | |
| Qubit 2.0荧光计 | Life Technologies | -- | |
| KAPA文库定量试剂盒 | KAPA Biosystems | KK4824 | |
| 蛋白质谱 | StageTips固相萃取柱 | -- | -- |
| 动物实验 | 多西环素饲料 | TestDiet | 1811824 |
| Ucp1抗体 | Sigma | U6382 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、抗生素浓度 阅读提示:Methods: Cell lines |
| 药物处理 | PT2399浓度(2 μM)、处理时间(24-72小时) 阅读提示:Methods: Chemicals; Figure legends for Fig. 2 and Extended Data Fig. 2-3 |
| 基因敲除 | sgRNA序列、转染方法、敲除验证 阅读提示:Methods: Plasmids, Lentivirus preparation; Figure legends for Fig. 4 and Extended Data Fig. 4 |
| 动物模型 | 小鼠品系(NCr nude, NSG)、性别(雌性)、年龄(8-10周)、细胞接种数和途径、给药剂量和途径 阅读提示:Methods: Mouse xenograft models |
| 表型评估 | 体重测量频率、MRS扫描时间点、组织收集和称重方法、Ucp1免疫荧光定量 阅读提示:Methods: Mouse xenograft models; Figure legends for Fig. 1 and Extended Data Fig. 1 |
| 临床样本 | 患者队列的纳入标准、血浆样本采集时间点、PTHrP测量方法 阅读提示:Methods: Clinical data for belzutifan, ICI and VEGF TKI; Methods: Clinical data for NKT2152 |