多组学数据整合与LID靶点筛选
系统描绘乳腺癌同工酶表达模式,识别具有治疗潜力的LID靶点。
整合FUSCC队列(1111例)的RNA-seq、WES、CNV和蛋白质组数据,并利用TCGA等外部队列验证。基于ENZYME数据库构建同工酶数据库,通过差异表达分析和表达阈值筛选LID靶点,并利用DepMap依赖分数验证代谢脆弱性。
Collateral metabolic vulnerabilities unveiled by loss of isozyme diversity in breast cancer
基于多组学队列分析、体外细胞实验、患者来源类器官模型和动物模型,包含功能验证和机制验证。
乳腺癌细胞系MCF7、T47D 乳腺癌细胞系Hs578T、MDA-MB-231、MDA-MB-453、CAL-148等 患者来源类器官(PDO) BALB/c裸鼠原位移植瘤模型
使用CRISPR/Cas9系统敲除NMT2,并用三个独立sgRNA验证。 使用两种独立的shRNA敲低NMT1,检测细胞增殖和克隆形成。 体外药物敏感性实验使用PCLX-001处理72小时,计算IC50值。 PDO模型中,NMT2表达水平通过RT-qPCR和IHC验证。 动物实验中,使用5周龄雌性BALB/c裸鼠,每组5只,PCLX-001给药剂量为50 mg/kg。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
系统描绘乳腺癌同工酶表达模式,识别具有治疗潜力的LID靶点。
整合FUSCC队列(1111例)的RNA-seq、WES、CNV和蛋白质组数据,并利用TCGA等外部队列验证。基于ENZYME数据库构建同工酶数据库,通过差异表达分析和表达阈值筛选LID靶点,并利用DepMap依赖分数验证代谢脆弱性。
解析LID发生的基因组和表观遗传机制。
分析拷贝数变异(GISTIC2.0)和DNA甲基化(ChAMP),发现拷贝数丢失和启动子超甲基化驱动LID,如NMT2。
验证NMT2缺陷是否导致对NMT1抑制的敏感性增加。
在MCF7和T47D细胞中通过CRISPR/Cas9敲除NMT2,使用siRNA和shRNA敲低NMT1,通过CCK-8和克隆形成评估增殖。
阐明NMT1抑制导致合成致死的分子机制。
通过IP和LC-MS/MS鉴定NMT1/2相互作用蛋白,确认FXR2为底物。使用click chemistry检测肉豆蔻酰化,构建G2A突变体,并评估FXR2稳定性及功能。
评估NMT2缺陷是否增强NMT抑制剂PCLX-001的抗肿瘤效果。
在细胞系和PDO中进行药物敏感性实验,并在BALB/c裸鼠移植瘤模型中验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 人表皮生长因子 | -- | -- | |
| 支原体检测试剂盒 | Yeason | 40612ES | |
| 基因编辑 | pLent-U6-spgRNA-EFFS-spCas9-P2A-Blasticidin载体 | YiXueSheng Biosciences Inc. | -- |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 13778150 | |
| 病毒包装 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 |
| 聚凝胺 | Beyotime | C0351 | |
| 细胞筛选 | 杀稻瘟菌素 | Selleck | S7419 |
| 嘌呤霉素 | Selleck | S7417 | |
| G418硫酸盐 | Selleck | S3028 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗NMT2抗体 | Santa Cruz | sc-136005 | |
| 抗NMT1抗体 | Proteintech | 11546-1-AP | |
| 抗FXR2抗体 | Santa Cruz | sc-32266 | |
| 抗Flag抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-lg | |
| HRP标记二抗 | Proteintech | -- | |
| 增强化学发光试剂 | Tanon | -- | |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Selleck | B34302 |
| 免疫沉淀 | Protein A/G磁珠 | Epizyme | YJ003 |
| 抗Flag磁珠 | Epizyme | YJ007 | |
| 点击化学 | Click-iT®肉豆蔻酸叠氮化物 | Thermo Fisher Scientific | C10268 |
| 生物素-炔烃 | Thermo Fisher Scientific | B10185 | |
| Click-iT®蛋白反应缓冲液试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | C10276 | |
| 链霉亲和素磁珠 | Epizyme | YJ011 | |
| 药物敏感性实验 | PCLX-001 | Selleck | E1217 |
| 他莫昔芬 | Selleck | S1238 | |
| 瑞博西利 | Selleck | S7440 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | 逆转录预混液 | Vazyme | R323 |
| qRT-PCR | SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711 |
| ABI 7900HT快速实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| PDO培养 | 基底膜提取物 | -- | -- |
| PDO活力检测 | 3D细胞活力检测试剂盒 | Promega | G9681 |
| IHC | 抗NMT2抗体 | Proteintech | 15720-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(ATCC)、培养基类型、血清浓度、培养条件(37℃、5% CO2)。 阅读提示:Methods: Cell lines |
| 基因编辑 | sgRNA和shRNA序列、载体类型、转染/感染试剂及浓度、筛选药物及浓度。 阅读提示:Methods: DNA constructs, transfection and virus infection |
| 药物处理 | 药物浓度、处理时间、细胞密度、IC50计算方式。 阅读提示:Methods: Drug sensitivity assays |
| PDO实验 | PDO建立方法、培养基、处理浓度和时间、活力检测试剂。 阅读提示:Methods: Patient-derived organoid (PDO) studies |
| 动物实验 | 小鼠品系、周龄、性别、激素处理、细胞注射数量、给药剂量和方式、肿瘤测量时间。 阅读提示:Methods: Animal studies |