分析RGC亚型中唾液酸转移酶表达
确定不同RGC亚型中唾液酸转移酶的基线表达差异,寻找潜在保护因子。
利用公开的小鼠RGC scRNA-seq数据集,比较不同RGC亚型(包括αRGCs、ipRGCs等)中唾液酸转移酶基因的表达水平。
St6gal1-mediated sialylation protects retinal ganglion cells by restraining microglial phagocytosis
包含体外细胞实验、多种小鼠损伤模型(ONC、I/R、NMDA)、单细胞转录组分析及功能验证,多层级证据支持机制。
小鼠视神经挤压模型 小鼠视网膜缺血/再灌注模型 NMDA兴奋性毒性小鼠模型
3Fax-PN浓度:1mM,玻璃体注射,体积3μl AAV2/2-CAG-St6gal1-IRES-EGFP滴度≥1×10^13 vg/ml AAV注射时间:ONC前2周 RGC存活率统计时间:ONC后7或14天 微胶质细胞亚群分析时间:ONC后3天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定不同RGC亚型中唾液酸转移酶的基线表达差异,寻找潜在保护因子。
利用公开的小鼠RGC scRNA-seq数据集,比较不同RGC亚型(包括αRGCs、ipRGCs等)中唾液酸转移酶基因的表达水平。
检测ONC后RGCs内唾液酸化水平和ST6Gal1表达的动态变化,并比较不同亚型的差异。
通过SNA凝集素染色和ST6Gal1免疫染色,在ONC后不同时间点检测视网膜中α2,6-唾液酸化水平和ST6Gal1表达,并比较αRGCs(SPP1+)与其他RGCs的差异。
验证唾液酸化对RGC存活的作用,特别是对αRGCs的影响。
在ONC后立即玻璃体注射唾液酸转移酶抑制剂3Fax-PN,在ONC后7天和14天统计RGC总存活率及αRGCs(SPP1+)和非αRGCs的存活率。
探讨增强唾液酸化是否能为多种损伤模型中的RGC提供保护。
通过玻璃体注射AAV2/2-CAG-St6gal1-IRES-EGFP在ONC前2周过表达ST6Gal1,在ONC、I/R和NMDA模型中检测RGC存活率,并通过PERG评估NMDA模型中的视觉功能。
确定ST6Gal1过表达是否能促进视神经轴突再生,并初步探究其分子机制。
在ONC后,通过CTB顺行标记和iDISCO透明化观察轴突再生情况,并检测再生相关信号通路蛋白的磷酸化水平。
探究ST6Gal1过表达对小胶质细胞激活状态和吞噬表型的影响。
在ONC后3天,对视网膜细胞进行scRNA-seq,分析小胶质细胞亚群组成,并通过免疫染色检测小胶质细胞密度和形态。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | C57BL/6J小鼠 | Gempharmatech Co., Ltd. | -- |
| 药物处理 | 3Fax-peracetyl Neu5Ac (3Fax-PN) | Sigma-Aldrich | 566224 |
| 二甲基亚砜 | MP Biomedicals | 196055 | |
| 基因操作 | AAV2/2-CAG-St6gal1-IRES-EGFP | Tsingke Biotech Co., Ltd. | -- |
| AAV2/2-CAG-GFP | Tsingke Biotech Co., Ltd. | -- | |
| AAV2/2-H1-shPTEN-GFP | Tsingke Biotech Co., Ltd. | -- | |
| AAV2/2-H1-shScramble-GFP | Tsingke Biotech Co., Ltd. | -- | |
| 轴突示踪 | Alexa Fluor 555偶联的CTB | Invitrogen | C22843 |
| 免疫染色 | Triton X-100 | Solarbio | T8200 |
| DAPI | Beyotime | P0131 | |
| 抗淬灭封片剂 | Solarbio | S2100 | |
| 一抗SPP1 | R&D Systems | AF808 | |
| 一抗ST6Gal1 | Proteintech | 14355-1-AP | |
| 一抗TUJ1 | Biolegend | 801202 | |
| 一抗RBPMS | GeneTex | GTX118619 | |
| 一抗melanopsin | Advanced Targeting Systems | AB-N39 | |
| 一抗pCREB | Abcam | ab32096 | |
| 一抗pCaMKII | Abcam | ab32678 | |
| 一抗pS6 | Cell Signaling Technology | 2211S | |
| 一抗pSTAT3 | Cell Signaling Technology | 9145S | |
| 一抗pAKT | Cell Signaling Technology | 4060S | |
| 一抗p-c-Jun | Cell Signaling Technology | 2361S | |
| 一抗IBA1 | Wako | 019-19741 | |
| 二抗Alexa Fluor 488山羊抗小鼠 | Abcam | ab150113 | |
| 二抗Alexa Fluor 488山羊抗兔 | Abcam | ab150077 | |
| 二抗Alexa Fluor 488驴抗山羊 | Abcam | ab150129 | |
| 二抗Alexa Fluor 555山羊抗小鼠 | Abcam | ab150114 | |
| 二抗Alexa Fluor 555驴抗兔 | Abcam | ab150062 | |
| 二抗Alexa Fluor 594驴抗山羊 | Abcam | ab150132 | |
| 二抗Alexa Fluor 647山羊抗小鼠 | Abcam | ab150115 | |
| 二抗Alexa Fluor 647驴抗兔 | Abcam | ab150075 | |
| SNA染色 | SNA-FITC | Invitrogen | L32479 |
| SNA-Cy5 | Vector Laboratories | CL-1305-1 | |
| 免疫染色 | OCT包埋剂 | SAKURA | 4583 |
| 正常驴血清 | Acmec biochemical | ASL050 | |
| 牛血清白蛋白 | Millipore Sigma | A1933 | |
| 组织透明化 | 二苄醚 | Millipore Sigma | 33630 |
| 切片 | 冰冻切片机CM1950 | Leica | -- |
| 显微镜 | 共聚焦显微镜LSM980 | Zeiss | -- |
| DMi8显微镜 | Leica | -- | |
| Eclipse Ni-U显微镜 | Nikon | -- | |
| 玻璃体注射 | 30号针头 | BD | 305107 |
| 10微升Hamilton注射器 | Hamilton | 80001 | |
| 电生理记录 | Roland-RETI scan | Electrophysiological Diagnostic Systems | -- |
| 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq 6000平台 | Illumina | -- |
| 10x Genomics GemCode单细胞仪器 | 10x Genomics | -- | |
| Chromium Next GEM Single Cell 5'试剂盒(v2.0) | 10x Genomics | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 10 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(6-8周龄或8周)、体重(18-22g)、性别(雌雄随机)、饲养环境(12小时光暗循环、温度、湿度) 阅读提示:Materials and methods - Animals |
| ONC模型 | 麻醉剂量(氯胺酮100mg/kg,甲苯噻嗪10mg/kg)、夹持时间(8秒)、夹持位置(距球后约0.5mm)、术后护理(妥布霉素眼膏) 阅读提示:Materials and methods - Optic nerve crush (ONC) model |
| 玻璃体注射 | 注射体积、给药时间(ONC后立即或前2周)、药物浓度(3Fax-PN 1mM,NMDA 20mM)、AAV滴度(≥1×10^13 vg/ml) 阅读提示:Materials and methods - Intravitreal injection |
| RGC存活定量 | 标记物(TUJ1、RBPMS、SPP1、melanopsin)、统计时间(7dpc、14dpc)、视野大小(1260×1260 μm)、每视网膜取样区域数(4个) 阅读提示:Materials and methods - Immunostaining, fluorescence microscopy, and image analysis |
| 小胶质细胞分析 | scRNA-seq时间(ONC后3天)、每组视网膜数量(6个)、小胶质细胞密度和形态定量(免疫染色) 阅读提示:Materials and methods - Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and data analysis; Results - Fig. 5 legends |