建立TBI小鼠模型并确认NK细胞浸润
验证NK细胞是否在TBI后浸润脑实质及其时间动态。
使用CCI方法建立小鼠TBI模型,在伤后不同时间点(6小时、12小时等)通过免疫荧光和流式细胞术检测脑内NK细胞数量和表型。
Natural killer cells aggravate neuroinflammation through microglial type I interferon pathway activation after traumatic brain injury
包含多层级证据:体外细胞实验、动物模型、单细胞转录组学和体内功能验证。
小鼠控制性皮质撞击(CCI)TBI模型 原代皮质神经元与NK细胞共培养体系
CCI模型参数:撞击速度5 m/s,停留时间150 ms,变形深度1.8 mm NK细胞耗竭:抗NK1.1抗体(PK136)200 µg(首次)后100 µg每4天腹腔注射 IFN-γ中和:抗IFN-γ抗体(XMG1.2)200 µg每5天腹腔注射 检测时间点:NK细胞浸润峰值在伤后12小时,免疫和转录分析在伤后3天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证NK细胞是否在TBI后浸润脑实质及其时间动态。
使用CCI方法建立小鼠TBI模型,在伤后不同时间点(6小时、12小时等)通过免疫荧光和流式细胞术检测脑内NK细胞数量和表型。
揭示TBI后脑内NK细胞的转录组特征和分化轨迹。
通过流式分选获取血和脑中的NK细胞(CD3-CD45+NK1.1+),进行10x Genomics单细胞RNA测序,使用Monocle2进行拟时间分析。
评估NK细胞在TBI后炎症反应中的功能作用。
腹腔注射抗NK1.1抗体耗竭NK细胞,然后通过免疫荧光、流式细胞术、ELISA、qRT-PCR等检测炎性介质和免疫细胞浸润。
验证NK细胞是否调节TBI后皮质I型干扰素信号通路。
对损伤皮质进行批量RNA测序,进行GSEA分析,并通过qRT-PCR和Western blot验证关键IFN通路基因(STAT1、IRF7等)和蛋白。
确定小胶质细胞是否参与NK细胞介导的I型干扰素信号调节。
通过FACS分选小胶质细胞(CD45intCD11b+),qRT-PCR检测IFN通路基因和M1/M2标记基因,Western blot验证STAT1、IFIT3、IRF7蛋白。
探究NK细胞是否通过调节神经元ER应激影响IFN-β产生。
免疫荧光共定位GRP78与NeuN,Western blot检测ER应激标志物(GRP78、p-PERK等),ELISA检测IFN-β水平,比较NK耗竭和对照。
体外验证NK细胞是否通过IFN-γ诱导神经元ER应激和IFN-β产生。
原代神经元与NK细胞共培养,使用transwell或直接接触,并用IFN-γ中和抗体处理,检测ER应激标志物和IFN-β。
验证IFN-γ在体内是否是NK细胞驱动的病理过程的重要介质,并评估其对神经功能的影响。
腹腔注射抗IFN-γ抗体(XMG1.2)中和IFN-γ,检测ER应激标志物和神经功能(mNSS、转棒、水迷宫)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型 | 异氟烷 | -- | -- |
| NK细胞耗竭 | LEAF纯化抗小鼠NK1.1 (PK136)单克隆抗体 | BioLegend | -- |
| NK细胞耗竭对照 | LEAF纯化大鼠IgG2a同型对照 | BioLegend | -- |
| IFN-γ中和 | 抗IFN-γ抗体(XMG1.2) | -- | -- |
| 细胞分离 | Ficoll淋巴细胞分离液 | -- | -- |
| 细胞消化 | 胶原酶 | -- | -- |
| 髓鞘去除 | Percoll分离液 | -- | -- |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | GIBCO | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清(FBS) | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 神经元培养 | Neurobasal培养基 | -- | -- |
| B27添加剂 | -- | -- | |
| 多聚-D-赖氨酸(PDL) | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞因子刺激 | 重组小鼠白细胞介素-2(IL-2) | -- | -- |
| NK细胞分离 | 小鼠NK细胞分离试剂盒II | Miltenyi Biotec | 130-096-892 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | 莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶 | TransGen Biotech | -- |
| qPCR | HiffTM QPCR SYBR Green预混液 | Accurate Biology | AG11740 |
| 7500实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| 抗STAT1抗体(ab288157) | Abcam | ab288157 | |
| 抗IRF7抗体(sc-74471) | Santa Cruz | sc-74471 | |
| 抗IFIT3抗体(sc-393396) | Santa Cruz | sc-393396 | |
| 抗GRP78抗体(sc-13539) | Santa Cruz | sc-13539 | |
| 抗磷酸化eIF2α-S51抗体(87179-2-RR) | Proteintech | 87179-2-RR | |
| 抗eIF2α抗体(11170-1-AP) | Proteintech | 11170-1-AP | |
| 抗磷酸化PERK (Thr980)抗体(16F8) | Cell Signaling Technology | 16F8 | |
| 抗PERK抗体(C33E10) | Cell Signaling Technology | C33E10 | |
| 抗ATF4抗体(D4B8) | Cell Signaling Technology | D4B8 | |
| 抗GAPDH抗体 | ABclonal | -- | |
| Chemi XT4成像系统 | Syngene | -- | |
| 细胞因子阵列 | 小鼠细胞因子蛋白组学芯片试剂盒A | R&D Systems | ARY006 |
| ELISA | 小鼠CXCL10 ELISA试剂盒 | Abclonal | RK00056 |
| 小鼠CXCL1 ELISA试剂盒 | Abclonal | RMK0441 | |
| 小鼠CCL2 ELISA试剂盒 | Abclonal | RK05261 | |
| 小鼠CXCL12 ELISA试剂盒 | Abclonal | RK00168 | |
| 小鼠TIMP-1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M3071 | |
| 单细胞测序建库 | 10x Genomics Chromium Next GEM单细胞3'试剂盒v3.1 | 10x Genomics | 1000268 |
| 单细胞测序 | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| RNA-seq建库 | NEBNext rRNA去除试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| NEBNext Ultra II定向RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- | |
| BioAnalyzer 2100系统 | Agilent Technologies | -- | |
| 免疫荧光 | 抗小鼠NKp46抗体(AF2225) | R&D Systems | AF2225 |
| 抗Ly6G抗体(1A8) | Santa Cruz | 1A8 | |
| 抗TMEM119抗体(28-3) | Abcam | 28-3 | |
| 抗CD68抗体(ED1) | Novus | ED1 | |
| 抗CD8抗体(53-6.7) | eBioscience | 53-6.7 | |
| 抗CD4抗体(GK1.5) | eBioscience | GK1.5 | |
| 抗CD19抗体(1D3) | BD Bioscience | 1D3 | |
| 抗IFN-β抗体(7F-D3) | Santa Cruz | 7F-D3 | |
| 抗GRP78抗体(76-E6) | Santa Cruz | 76-E6 | |
| 流式抗体 | 抗CD45抗体(30-F11) | BD Bioscience | 30-F11 |
| 抗CD11b抗体(M1/70) | BD Bioscience | M1/70 | |
| 抗CD3抗体(17A2) | BD Bioscience | 17A2 | |
| 抗F4/80抗体(BM8) | BD Bioscience | BM8 | |
| 抗Ly-6G抗体(1A8) | BD Bioscience | 1A8 | |
| 抗CD19抗体(6D5) | BD Bioscience | 6D5 | |
| 抗CD4抗体(GSK1.5) | BD Bioscience | GSK1.5 | |
| 抗CD8抗体(53-6.7) | BD Bioscience | 53-6.7 | |
| 抗NK1.1抗体(PK136) | BD Bioscience | PK136 | |
| 抗IFN-γ抗体(XMG1.2) | BD Bioscience | XMG1.2 | |
| 抗IFN-β抗体(7FD3) | BD Bioscience | 7FD3 | |
| 抗穿孔素抗体(s16009B) | BD Bioscience | s16009B | |
| 细胞分选 | FACS Aria II流式细胞分选仪 | BD Bioscience | -- |
| 细胞过滤 | 70 μm细胞过滤器 | Falcon | -- |
| 40 μm细胞过滤器 | Falcon | -- | |
| 转染/共培养 | Transwell膜插入物(0.4 μm孔径) | Corning | -- |
| 行为学 | Ethovision软件 | Noldus | -- |
| 图像分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
| 免疫组化 | 蔗糖溶液 | -- | -- |
| 冷冻切片包埋剂 | -- | -- | |
| 正常驴血清 | -- | -- | |
| Triton X-100 | -- | -- | |
| 蛋白裂解 | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | CCI参数:速度、停留时间、变形深度;小鼠品系、年龄、性别;麻醉方式 阅读提示:Material and methods 中 Controlled cortical impact 部分 |
| NK细胞耗竭 | 抗NK1.1抗体剂量和给药方案 阅读提示:Material and methods 中 Mice treatment 部分 |
| IFN-γ中和 | 抗IFN-γ抗体剂量和给药方案 阅读提示:Material and methods 中 Mice treatment 部分 |
| 单细胞测序 | 细胞分选策略、建库试剂盒版本、测序平台、质控参数 阅读提示:Material and methods 中 Single cell sequencing 和 Single-cell RNA-seq data processing and quality control 部分 |
| 小胶质细胞分选 | 分选策略(CD45intCD11b+)、分选纯度、样本混合数量 阅读提示:Material and methods 中 Microglia sorting 部分 |
| 体外共培养 | NK细胞纯化方法、刺激条件、共培养比例、时间、IFN-γ中和浓度 阅读提示:Material and methods 中 NK cell isolation and stimulation in vitro 和 Primary neuron - NK co-cultures 部分 |