识别免疫相关去泛素化酶(IR-DUBs)
鉴定与MSS CRC免疫浸润相关的DUBs,并探究其表达和突变谱。
通过TCGA和GEO队列的转录组数据,使用ssGSEA及多种算法评估免疫浸润,筛选与CD8+ T和NK细胞显著相关的DUBs,并比较MSS与MSI-H的突变频率。
Immune-related deubiquitylation spectrum of microsatellite stability colorectal cancer reveals USP7 as a potential immunotherapeutic target
体外细胞实验(敲低/抑制USP7)、体内小鼠模型(CT26和MC38)及临床样本分析(IHC、mIF)等多层级证据,并包括功能验证和机制验证。
MSS CRC细胞系(SW480、SW1116) CT26小鼠MSS CRC模型 MC38小鼠MSI-H CRC模型 临床CRC组织样本(队列)
SW480和SW1116细胞系中USP7敲低(shUSP7)或P5091抑制 CT26小鼠模型中USP7敲低或P5091抑制联合抗PD-1治疗(100 μg/鼠,每3天一次,腹腔注射) P5091剂量:10 μM(体外)和25 mg/kg(体内,每日腹腔注射) CD8+ T细胞迁移实验共培养6小时,杀伤实验共培养12小时 患者样本中USP7表达与CD8+ T细胞、NK细胞浸润的负相关(R=-0.61, P=1.7e-05等)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与MSS CRC免疫浸润相关的DUBs,并探究其表达和突变谱。
通过TCGA和GEO队列的转录组数据,使用ssGSEA及多种算法评估免疫浸润,筛选与CD8+ T和NK细胞显著相关的DUBs,并比较MSS与MSI-H的突变频率。
基于IR-DUBs将MSS CRC分为不同亚型,并验证其免疫状态和预后差异。
用共识聚类方法将MSS样本分为DUB-H和DUB-L亚型,比较免疫评分、T细胞炎症GEP、TIDE评分、免疫细胞浸润及生存期,并用GEO队列验证。
确认USP7在MSS CRC中的特异性高表达及其与免疫抑制表型的相关性。
分析USP7表达与免疫细胞浸润、免疫评分、CMS亚型、MMR基因和预后的关系,并通过IHC和mIF在临床样本中验证。
确定USP7敲低或抑制对MSS CRC细胞趋化因子分泌和CD8+ T细胞功能的直接影响。
在SW480和SW1116细胞中敲低或抑制USP7,检测趋化因子分泌,并通过迁移实验、流式细胞术和杀伤实验评估CD8+ T细胞功能。
评估遗传敲低或药理抑制USP7联合抗PD-1在MSS CRC模型中的抗肿瘤效果和免疫重塑。
在CT26和MC38小鼠模型中,建立USP7敲低或P5091处理,联合抗PD-1抗体,检测肿瘤生长、生存期和肿瘤浸润免疫细胞。
初步探索USP7表达水平是否与MSS CRC患者对PD-1抑制剂治疗的响应相关。
对10例接受抗PD-1治疗的晚期MSS CRC患者的治疗前肿瘤样本进行USP7 IHC染色,比较应答者与非应答者的表达差异。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 细胞转染 | 脂质体转染试剂2000 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | EZB | 15596026CN |
| cDNA合成 | SuperScript II逆转录酶 | Vazyme | R222-01 |
| qPCR | SYBR Green预混液试剂盒 | Vazyme | Q341-02 |
| Western blot | 5×非变性凝胶加样缓冲液 | New Cell Molecular Biotech | WB3002 |
| USP7抗体 | Abcam | ab264422 | |
| IHC | 抗USP7抗体 | Proteintech | 66514-1-Ig |
| 多重免疫荧光 | 抗CD3抗体 | Zuochengbio | ZA0053 |
| 抗CD8抗体 | Zuochengbio | ZA0055 | |
| 抗CD56抗体 | Zuochengbio | ZA0272 | |
| 抗GZMB抗体 | Zuochengbio | ZA0485 | |
| 细胞因子检测 | XMplex人类29重定制检测试剂盒 | XMBIOTECH Biotechnology | XMplex01029 |
| XMplex-01033检测平台 | XMBIOTECH Biotechnology | -- | |
| ELISA | 人CXCL9 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6062 |
| 人CXCL10 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0050 | |
| 人CXCL11 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0051 | |
| PBMC分离 | Lymphoprep™分离液 | StemCell Technologies | 18061 |
| CD8+ T细胞分选 | 人CD8⁺ T细胞分选试剂盒 | StemCell Technologies | 17953 |
| T细胞培养 | ImmunoCult™-XF T细胞扩增培养基 | StemCell Technologies | 10981 |
| T细胞活化 | ImmunoCult™人CD3/CD28/CD2 T细胞活化剂 | StemCell Technologies | 10970 |
| 迁移实验 | 24孔Transwell系统 | Corning | -- |
| 药物处理 | P5091 | Topscience | T6925 |
| 动物实验 | 抗小鼠PD-1单克隆抗体 | Bioxcell | BE0146 |
| 流式分析 | 肿瘤解离试剂盒 | RWD Life Science | DHTE-5001 |
| 红细胞裂解液 | Beyotime | C3702 | |
| PE/Cyanine7抗小鼠CD45抗体 | BioLegend | 103107 | |
| FITC抗小鼠CD3抗体 | BioLegend | 100227 | |
| APC抗小鼠CD4抗体 | BioLegend | 100412 | |
| PE抗小鼠CD8a抗体 | BioLegend | 100708 | |
| PE抗小鼠NKp46抗体 | BioLegend | 137604 | |
| Brilliant Violet 421™抗小鼠CD27抗体 | BioLegend | 124223 | |
| Alexa Fluor® 647抗小鼠CD11b抗体 | BioLegend | 101220 | |
| 转录因子染色缓冲液套装 | Thermo Fisher Scientific | 00-5523 | |
| APC抗人/小鼠GZMB抗体 | BioLegend | 372204 | |
| APC抗小鼠IFN-γ抗体 | BioLegend | 505810 | |
| APC抗小鼠TNF-α抗体 | BioLegend | 506308 | |
| APC抗人IFN-γ抗体 | BioLegend | 502512 | |
| APC抗人TNF-α抗体 | BioLegend | 502913 | |
| BD Fortessa流式细胞仪 | BD | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | SW480和CT26用RPMI-1640,SW1116和MC38用DMEM,均含10% FBS和1%青霉素/链霉素,37°C、5% CO2。 阅读提示:Methods: Cell culture, transfection, virus infection |
| 基因敲低 | shUSP7和对照质粒购自MiaoLing,瞬时转染用Lipofectamine 2000,稳转用慢病毒(序列5'-CCTGCAATGTTAGATAATGAA-3'),嘌呤霉素筛选。 阅读提示:Methods: Cell culture, transfection, virus infection |
| 趋化因子检测 | SW480和SW1116细胞经shUSP7敲低或P5091 (10 μM)处理后,加或不加IFN-γ刺激,收集上清液用29-Plex试剂盒或ELISA检测CXCL9/10/11。 阅读提示:Methods: Cytokines and chemokines detection; ELISA |
| CD8+ T细胞功能实验 | 健康供者PBMC分离CD8+ T细胞,用ImmunoCult激活,与处理细胞共培养:迁移实验6h,杀伤实验12h。 阅读提示:Methods: CD8+ T cell migration assay; T cell-mediated tumor cell-killing assay |
| 体内实验 | BALB/c小鼠皮下接种CT26 (1×10^6)或C57BL/6接种MC38 (5×10^5),肿瘤达5mm后给予抗PD-1 (100μg/鼠/3d,i.p.)和P5091 (25mg/kg,每日i.p.),记录肿瘤体积和生存期。 阅读提示:Methods: In vivo experiments; Fig. 7A, 8A |
| 流式分析 | 肿瘤解离后染色,抗体包括CD45、CD3、CD4、CD8a、NKp46、CD27、CD11b及GZMB、IFN-γ、TNF-α,使用BD Fortessa收集数据。 阅读提示:Methods: Flow cytometry analysis |