小鼠暴露实验
评估Nafion BP2的毒性效应和剂量-反应关系
分别从Lang等研究和本研究获取小鼠肝脏样本,包括多项剂量、性别、体重/肝重、组织学、甘油三酯和转录组分析。
Dose-response modeling of effects in mice after exposure to a polyfluoroalkyl substance (Nafion byproduct 2)
包含多剂量多性别小鼠体内实验、肝脏组织病理、RT-qPCR、RNA-Seq/TempO-Seq转录组学及基准剂量建模等多个独立证据层级,并进行功能(脂质积累、细胞增殖)和机制(转录因子)验证。
Balb-c小鼠(雌性和雄性) 肝脏组织(体外/离体)
小鼠品系为Balb-c,年龄10-12周(补充研究) 暴露途径为口服灌胃,持续7天 剂量范围:Lang研究0-6 mg/kg/d,本研究0-3 mg/kg/d 转录组平台:雌性RNA-Seq,雄性TempO-Seq(需注意平台差异) 基准剂量建模软件:BMDExpress 3.20.0095 (转录组)和BMDS 3.1.2 (表型)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估Nafion BP2的毒性效应和剂量-反应关系
分别从Lang等研究和本研究获取小鼠肝脏样本,包括多项剂量、性别、体重/肝重、组织学、甘油三酯和转录组分析。
评估肝脏组织病理学变化(肥大、微泡脂肪变性、细胞增殖)
对肝脏切片进行H&E染色和IHC染色(Acox1、Cyp1a1、Ki67),由病理学家评估。
定量评估肝脏脂质积累(脂肪变性)
使用Zenbio试剂盒测定肝脏甘油三酯浓度。
鉴定Nafion BP2引起的全基因组表达变化和分子机制
对Lang研究中的雌性肝脏进行RNA-Seq,对雄性肝脏进行TempO-Seq,分析差异表达基因并通过生物标志物和通路分析推断转录因子激活。
验证关键基因的表达变化
对选定的基因(如Cyp2b10、Cyp2c55、Gstm3等)进行RT-qPCR验证。
计算表型和转录效应的BMD、BMDL和BMDU值
使用BMDExpress 3.20.0095对转录组数据进行BMD分析,使用BMDS 3.1.2对表型数据进行BMD分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | Nafion BP2 | SynQuest Laboratories | 749836-20-2 |
| 组织处理 | RNAlater-ICE | Life Technologies | -- |
| 组织病理 | Acox1抗体 | Proteintech | 10957-1-AP |
| Cyp1a1抗体 | Proteintech | 13241-1-AP | |
| Ki67抗体 | ThermoScientific | RM-9106 | |
| 脂质测定 | 甘油三酯测定试剂盒 | Zenbio | TG-1-NC |
| BMG CLARIOstar酶标仪 | BMG Labtech | -- | |
| RNA提取 | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| RNA质量分析 | NanoDrop ND-1000分光光度计 | NanoDrop Technologies | -- |
| RNA 6000 Nano试剂盒 | Agilent | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| RNA测序 | Apollo324 NGS文库制备系统 | TakaraBio USA | -- |
| PrepX PolyA mRNA分离试剂盒 | TakaraBio | -- | |
| PrepX RNA-Seq文库制备试剂盒 | TakaraBio | -- | |
| Qubit dsDNA HS检测试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| Illumina NextSeq 500 | Illumina Inc. | -- | |
| RT-qPCR | SensiFAST cDNA合成试剂盒 | Bioline | -- |
| Sso Advanced Universal SYBR Green Supermix | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物暴露 | 小鼠品系(Balb-c)、性别、年龄、剂量组、暴露途径(口服灌胃)、暴露持续时间(7天) 阅读提示:Materials and methods - Treatment of mice in the Lang et al. study |
| 肝脏组织病理 | 组织固定方式(RNAlater-ICE)、病理评估标准、免疫组化指标(ACOX1、CYP1A1、Ki67)和评分方法 阅读提示:Materials and methods - Histopathological analysis of the livers |
| 甘油三酯测定 | 肝脏样品处理方法、试剂盒(Zenbio TG-1-NC)和比色法波长(540nm) 阅读提示:Materials and methods - Assessment of steatosis |
| 转录组分析 | RNA质量和完整性、文库制备试剂盒、测序平台(RNA-Seq/TempO-Seq)、差异表达阈值(P<0.05) 阅读提示:Materials and methods - RNA sequencing and TempO-Seq analysis |
| RT-qPCR | 逆转录酶、引物序列、SYBR Green混合物、内参(Gapdh)和计算方法(2-ΔΔCt) 阅读提示:Materials and methods - Evaluation of gene expression by RT-qPCR |
| 基准剂量建模 | BMD软件(BMDExpress/BMDS)、BMR类型和因子、方差假设、基因集限定(GOBP、BioPlanet)以及过滤条件 阅读提示:Materials and methods - Benchmark dose analysis of gene expression and nongenomic effects |