患者样本转录组分析
探索IBD患者炎症黏膜中肥大细胞活化与ISC/干性/Wnt通路的相关性
使用MSCCR队列的批量RNA-seq数据,通过CIBERSORT评估免疫细胞浸润,分析MC活化与ISC标志物、干性基因及Wnt/Notch通路基因的相关性,并进行GSEA和中介分析。
Mast Cells Inhibit Stem Cell-driven Epithelial Repair in Inflammatory Bowel Disease via Suppressing Wnt/lrp6/β-Catenin Signaling Pathway
包含了患者样本转录组分析、MC缺陷大鼠模型、药理学干预、类器官共培养等多层级实验,并进行了功能验证和机制验证。
MC缺陷Ws/Ws大鼠及BN大鼠DSS结肠炎模型 C57BL/6J小鼠DSS结肠炎模型 小鼠小肠类器官与BMMC共培养体系 IBD患者肠道活检组织批量RNA-seq数据(MSCCR队列)
MC缺陷大鼠(Ws/Ws)与野生型BN大鼠在DSS诱导急性结肠炎中的表型差异 C57BL/6J小鼠在DSS结肠炎恢复期接受色甘酸钠(100 mg/kg)腹腔注射或CPA抑制剂(2-苄基琥珀酸,200 mg/kg)口服的干预效果 BMMC与小肠类器官共培养体系中BMMC活化(50 μM P物质)及HLY78(20 μM)或CPA抑制剂(10 μM)处理对类器官生长的影响 RNA-seq分析中MC活化评分与ISC/干性/Wnt通路基因的相关性及中性粒细胞介导的中介效应
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探索IBD患者炎症黏膜中肥大细胞活化与ISC/干性/Wnt通路的相关性
使用MSCCR队列的批量RNA-seq数据,通过CIBERSORT评估免疫细胞浸润,分析MC活化与ISC标志物、干性基因及Wnt/Notch通路基因的相关性,并进行GSEA和中介分析。
验证肥大细胞缺乏对急性结肠炎中ISC维持和Wnt信号的影响
对MC缺陷Ws/Ws大鼠和野生型BN大鼠给予3% DSS 7天诱导急性结肠炎,评估疾病严重程度、MC数量、Lgr5表达及Wnt通路蛋白水平。
验证抑制肥大细胞活化或CPA3活性是否促进ISC介导的上皮修复
C57BL/6J小鼠饮用2.5% DSS 6天诱导结肠炎,恢复期开始给予色甘酸钠(100 mg/kg,腹腔注射)或CPA抑制剂(2-苄基琥珀酸,200 mg/kg,口服),持续至第12天,评估上皮修复和Wnt信号。
验证肥大细胞对ISC的直接抑制和毒性作用,并测试Wnt激动剂和CPA抑制剂能否逆转
从C57BL/6J小鼠骨髓培养BMMC,用P物质激活后与小肠类器官在Transwell系统中共培养3天,检测类器官生长、ISC基因表达、凋亡基因及Wnt信号,并分别用HLY78或CPA抑制剂处理。
验证肥大细胞是否通过招募中性粒细胞间接抑制ISC介导的上皮修复
通过MSCCR数据的相关性分析和中介分析,结合小鼠结肠炎模型中中性粒细胞浸润检测,评估中性粒细胞在MC抑制ISC/干性/Wnt基因表达中的中介作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞因子补充 | 白细胞介素-3 | MCE | HY-P7062 |
| 白细胞介素-4 | MCE | HY-P7080 | |
| 干细胞因子 | MCE | HY-P70528 | |
| MC活化 | P物质 | MCE | HY-P0201 |
| Wnt激动剂处理 | HLY78 | MCE | HY-122816 |
| CPA抑制 | 2-苄基琥珀酸 | MCE | HY-W044764 |
| CPA抑制剂 | MCE | HY-70005 | |
| MC稳定 | 色甘酸钠 | -- | -- |
| ELISA | CPA3 ELISA试剂盒 | JONLNBIO | -- |
| 类器官培养 | IntestiCult OGM小鼠试剂盒 | Stemcell | -- |
| 基质胶 | Corning | -- | |
| 共培养 | Transwell系统 | Corning | -- |
| IHC | 抗肥大细胞类胰蛋白酶抗体 | Abcam | ab2378 |
| IF | 抗CD11b抗体 | Servicebio | GB15058 |
| 抗Ly6g抗体 | Servicebio | GB12229 | |
| 抗总β-catenin抗体 | CST | 8480 | |
| 抗非磷酸化(活性)β-Catenin (Ser33/37/Thr41)抗体 | CST | 8814 | |
| 抗c-kit抗体 | Abcam | ab32363 | |
| Alexa Fluor 488偶联的山羊抗兔IgG抗体 | Servicebio | GB25303 | |
| CY3偶联的山羊抗大鼠IgG抗体 | Servicebio | GB21302 | |
| DAPI | Servicebio | G1012 | |
| SlowFade Gold封片剂 | Invitrogen | S36936 | |
| mIHC | TSAPLus荧光三标四色染色试剂盒 | Servicebio | GDP1013 |
| 抗Sox9抗体 | Abcam | ab185966 | |
| HRP偶联的抗兔抗体 | Servicebio | GB23303 | |
| HRP偶联的抗小鼠抗体 | Servicebio | GB23301 | |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | TIANGEN | -- |
| 反转录 | All-In-One 5X Master Mix | ABM | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green实时PCR预混液 | Toyobo | -- |
| WB | RIPA裂解缓冲液 | Applygen | C1035 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Bimake | B14001 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Applygen | P1511 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 脱脂奶粉 | Applygen | P0216 | |
| 抗Lgr5抗体 | Abcam | ab75850 | |
| 抗Lrp6抗体 | CST | 3395 | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | CST4967 | |
| HRP偶联的二抗 | ZSGB-BIO | ZB-2301 | |
| Immobilon Western化学发光HRP底物 | Millipore | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| DSS诱导急性结肠炎(大鼠) | 3% DSS饮水7天;MC缺陷Ws/Ws大鼠与野生型BN大鼠;每日评估体重、DAI;第7天取材。 阅读提示:见Animal Models and Interventions、Figure 4和图5 |
| DSS诱导结肠炎恢复期干预(小鼠) | 2.5% DSS饮水6天;色甘酸钠100 mg/kg腹腔注射,或CPA抑制剂(2-苄基琥珀酸)200 mg/kg口服;从DSS停止后第6天开始,持续至第12天;每日DAI评估。 阅读提示:见Animal Models and Interventions、Figure 6和图8 |
| BMMC培养与活化 | 6-8周龄C57BL/6J小鼠骨髓;RPMI 1640 + 10% FBS + 1%青霉素/链霉素 + 2 ng/mL IL-3 + 2 ng/mL IL-4 + 5 ng/mL SCF;培养4周;用50 μM P物质活化。 阅读提示:见Mouse Bone Marrow-derived MC culture |
| 类器官培养与共培养 | 小肠隐窝分离用3 mM EDTA;200-400个隐窝/孔接种于50% IntestiCult OGM + 50% Matrigel;共培养使用Transwell,BMMC(P物质活化)种在上室,器官样种在下室,共培养3天;HLY78(20 μM)或CPA抑制剂(10 μM)处理。 阅读提示:见Organoid Construction and Culture及Co-culture of Organoid and MCs |
| 分子检测 | RT-qPCR内参GAPDH;WB定量用β-actin;ELISA检测CPA3(结肠组织匀浆,5000×g离心10分钟);IF染色总β-catenin和活性β-catenin(CST #8480和#8814)。 阅读提示:见RNA Extraction and qRT-PCR、WB、ELISA、IF Staining and Microscopic Imaging |