队列关联分析
评估尿液腺嘌呤/肌酐比值(UAdCR)与糖尿病肾病患者不良结局的关联。
分别在CRIC(n=904)、SMART2D(n=309)和美国印第安人(n=54)队列中检测基线UAdCR,并随访ESKD和全因死亡率。
Endogenous adenine mediates kidney injury in diabetic models and predicts diabetic kidney disease in patients
包含多队列临床关联分析、空间代谢组学、单细胞转录组学、细胞实验、小鼠体内验证及抑制剂干预,形成多层级证据链。
CRIC队列 SMART2D队列 美国印第安人队列 db/db小鼠 C57BL/6J小鼠 HK-2细胞 MCT细胞
队列样本量:CRIC n=904,SMART2D n=309,美国印第安人 n=54 随访时间:CRIC 10年,SMART2D 7年,美国印第安人超过20年 恩格列净治疗:T1D患者,25 mg/d,持续8周 细胞处理:腺嘌呤浓度20 μM,时间点文中未全部明确,但含多个时间点 小鼠处理:C57BL/6J小鼠腺嘌呤饮水处理4周;db/db小鼠MTDIA处理8周(第10至18周)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估尿液腺嘌呤/肌酐比值(UAdCR)与糖尿病肾病患者不良结局的关联。
分别在CRIC(n=904)、SMART2D(n=309)和美国印第安人(n=54)队列中检测基线UAdCR,并随访ESKD和全因死亡率。
评估SGLT2抑制剂恩格列净对UAdCR的影响。
在T1D非大量白蛋白尿患者(n=40)中,进行正常血糖和高血糖钳夹试验,并在恩格列净治疗前后检测UAdCR。
定位腺嘌呤在肾脏组织中的分布及其与病理特征的关系。
对健康对照和糖尿病患者的肾活检组织进行MALDI-MSI成像,检测腺嘌呤信号并对比病理区域。
鉴定非大量白蛋白尿DKD患者近端小管细胞中富集的信号通路。
对KPMP(n=28)和CROCODILE研究中的DKD患者肾活检进行单细胞转录组测序,分析差异表达基因并进行通路富集分析。
验证腺嘌呤是否通过mTOR通路刺激近端肾小管细胞产生基质分子。
用20 μM腺嘌呤处理人(HK-2)和小鼠(MCT)近端肾小管细胞,检测纤连蛋白表达及S6激酶磷酸化,并使用雷帕霉素抑制mTORC1验证通路。
评估外源性腺嘌呤对小鼠肾脏的影响。
给C57BL/6J小鼠饮水中添加腺嘌呤4周,检测血清sTNFR1、血浆KIM-1、肾脏mTOR活性及基质分子。
验证抑制内源性腺嘌呤产生能否减轻db/db糖尿病小鼠的肾损伤。
给db/db小鼠(10周龄)给予MTDIA(MTAP抑制剂)8周,检测肾脏腺嘌呤水平、肾功能指标、肾肥大、KIM-1、基质蛋白及mTOR活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 尿液代谢物检测 | Zip-Chip微流控芯片 | 908 Devices | -- |
| Q-Exactive质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 动物实验 | 白蛋白ELISA试剂盒 | Bethyl Laboratories Inc. | E101 and E90-134 |
| 肌酐比色试剂盒 | Enzo Life Sciences Inc. | ADI-907-030A | |
| Quantikine ELISA试剂盒(小鼠胱抑素C) | R&D Systems | MSCTC0 | |
| KIM-1 ELISA试剂盒 | R&D Systems | DY1817 | |
| 细胞实验 | 腺嘌呤 | -- | -- |
| 雷帕霉素 | Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | 抗磷酸化Thr389 S6激酶抗体 | Cell Signaling Technology | 9205 |
| 抗磷酸化Ser240/244核糖体蛋白S6抗体 | Cell Signaling Technology | 2215 | |
| 抗核糖体蛋白S6抗体 | Cell Signaling Technology | 2217 | |
| 抗MTAP抗体 | Cell Signaling Technology | 62765 | |
| 抗纤连蛋白抗体 | Abcam Plc | ab2413 | |
| 抗1型胶原α2抗体 | Proteintech Group Inc. | 14695-1-AP | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Millipore Sigma | A2066 | |
| 空间代谢组学 | Q Exactive HF-X质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床队列 | 队列入选标准、样本量、随访时间、统计调整因素 阅读提示:Methods: Clinical cohorts; 表1和表2 |
| 恩格列净干预 | 患者特征(T1D,非大量白蛋白尿)、恩格列净剂量(25 mg/d)及治疗时长(8周)、尿样采集时间点 阅读提示:Methods: Clinical cohorts(ATIRMA); 图2C |
| 空间代谢组学 | 肾活检样本来源(KPMP和CROCODILE)、健康对照数量、成像平台参数(MALDI-MSI)、数据分析软件 阅读提示:Methods: MSI and optical imaging of kidney biopsies; 图3 |
| 单细胞转录组学 | 患者样本数量(KPMP n=28, CROCODILE n=6)、差异表达基因筛选标准(调整P≤0.01)、通路富集方法(MBCO) 阅读提示:Methods: Bioinformatic and systems medicine analysis; 图4A-C |
| 细胞实验 | 细胞系(HK-2、MCT)、腺嘌呤浓度(20 μM)、处理时间、雷帕霉素浓度及预处理时间 阅读提示:Methods: Cell culture; 图4D-F |
| 小鼠模型 | 小鼠品系(C57BL/6J、db/db)、腺嘌呤剂量及暴露时长(4周)、MTDIA剂量及给药方式(8周,从第10至18周)、每组动物数 阅读提示:Methods: Animal studies; 图4G-K和图5 |