鉴定FGL1乙酰化修饰及位点
确定FGL1是否存在乙酰化修饰,并鉴定主要乙酰化位点。
在HEK293T细胞中过表达Flag-FGL1,结合去乙酰化酶抑制剂处理,用乙酰化抗体检测乙酰化水平;通过赖氨酸点突变筛选确定乙酰化位点;用位点特异性抗体和质谱确认Lys 98。
Targeting fibrinogen-like protein 1 enhances immunotherapy in hepatocellular carcinoma
包含体外细胞实验、体内动物模型及临床样本分析等多层级验证,明确功能验证和机制验证。
HEK293T细胞 HCC细胞系(HCCLM3、SMMC-7721、Huh7等) Hepa 1-6和H22同系小鼠肿瘤模型 HCC患者组织样本
FGL1 Lys 98乙酰化修饰及其对蛋白稳定性的影响(通过突变、特异性抗体、质谱验证) SIRT2作为FGL1去乙酰化酶的作用(过表达、敲低、敲除及抑制剂AGK2) AGK2或阿司匹林处理对FGL1降解及T细胞杀伤功能的影响(体外共培养和杀伤实验) AGK2或阿司匹林与抗PD-L1联合治疗的体内抗肿瘤效果(Hepa 1-6和H22模型) 临床样本中SIRT2与FGL1表达及乙酰化水平的相关性及预后意义(免疫组化分析)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定FGL1是否存在乙酰化修饰,并鉴定主要乙酰化位点。
在HEK293T细胞中过表达Flag-FGL1,结合去乙酰化酶抑制剂处理,用乙酰化抗体检测乙酰化水平;通过赖氨酸点突变筛选确定乙酰化位点;用位点特异性抗体和质谱确认Lys 98。
探究FGL1乙酰化对其蛋白稳定性和降解途径的影响。
用NAM处理多种HCC细胞系,检测FGL1蛋白和mRNA水平;用蛋白酶体、溶酶体和自噬抑制剂处理,观察FGL1降解途径;通过泛素化实验和CHX追踪实验分析降解速率。
筛选并验证负责FGL1 Lys 98去乙酰化的SIRT家族成员。
在HCC细胞中过表达SIRTs,检测FGL1蛋白水平;通过共免疫沉淀和免疫印迹验证相互作用;通过SIRT2野生型、催化突变体、抑制剂AGK2和siRNA敲低,检测FGL1乙酰化和泛素化水平。
验证通过AGK2抑制SIRT2降低FGL1水平是否增强T细胞抗肿瘤活性。
建立肝癌细胞与活化T细胞的体外共培养体系;用PHA活化Jurkat细胞,检测IL-2 mRNA;进行T细胞杀伤实验。
检验AGK2与抗PD-L1抗体联合治疗在体内对HCC肿瘤生长和生存期的影响。
使用Hepa 1-6和H22同系小鼠模型,分别给予AGK2、抗PD-L1或联合治疗;监测肿瘤生长和生存期;通过免疫印迹和免疫组化分析FGL1水平、CD8+ T细胞浸润和颗粒酶B表达。
探究阿司匹林是否能直接乙酰化FGL1并促进其降解,及其对T细胞活性的影响。
体外重组FGL1蛋白与阿司匹林孵育,检测乙酰化;用质谱确认Lys 98乙酰化;处理多种细胞,检测FGL1蛋白水平、泛素化及降解途径;在共培养体系中检测IL-2 mRNA和T细胞杀伤。
验证阿司匹林与抗PD-L1联合治疗在体内是否增强抗肿瘤免疫。
在Hepa 1-6和H22模型中,给予阿司匹林、抗PD-L1或联合治疗;监测肿瘤生长和生存期;检测FGL1表达和免疫浸润。
探讨SIRT2与FGL1乙酰化水平在HCC组织中的相关性及其预后意义。
对HCC组织微阵列进行免疫组化染色,检测SIRT2、总FGL1和乙酰化K98-FGL1水平;分析其与肿瘤分期、大小和患者生存期的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Meilun Biotechnology | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | EZ-trans转染试剂 | Life-iLab | -- |
| 病毒感染 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 药物处理 | 曲古抑菌素A | -- | -- |
| 烟酰胺 | -- | -- | |
| AGK2 | TargetMol | -- | |
| 阿司匹林 | Ouhe Technology | -- | |
| 质粒构建 | KOD Fx DNA聚合酶 | TOYOBO | -- |
| DpnI限制酶 | Takara | -- | |
| NcmDH5-α感受态细胞 | NCM Biotech | -- | |
| RNA提取 | EZ-press RNA纯化试剂盒 | EZ Bioscience | -- |
| RT-qPCR | 4×反转录预混液 | EZ Bioscience | -- |
| 2× SYBR qPCR预混液 | AlpaLife | -- | |
| Applied Biosystems 7300 Plus序列检测系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫印迹 | 蛋白酶抑制剂混合物 | ApexBio | -- |
| 抗乙酰化赖氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 9441 | |
| 抗FGL1抗体 | Proteintech | 16000-1-AP | |
| 抗FGL2抗体 | Proteintech | 67152-1-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗SIRT2抗体 | Abcam | ab211033 | |
| 抗LAG-3抗体 | Proteintech | 16616-1-AP | |
| 抗His抗体 | HUABIO | R1207-2 | |
| 抗Flag抗体 | AbHO | HOA012FL01 | |
| 抗HA抗体 | AbHO | HOA012HA01 | |
| 抗乙酰化K98 FGL1抗体 | ABclonal Technology Biotech | -- | |
| HRP标记的抗小鼠二抗 | Signalway Antibody | L3032 | |
| HRP标记的抗兔二抗 | Signalway Antibody | L3012 | |
| 免疫沉淀 | 抗Flag磁珠 | AbHO | HOA032FL01 |
| Protein G琼脂糖凝胶 | GE Healthcare | 17-0618-01 | |
| 免疫印迹 | Tanon 5200成像系统 | Tanon | -- |
| 蛋白沉淀 | TCA蛋白沉淀试剂盒 | Sangon Biotech | -- |
| ELISA | 人FGL1 ELISA试剂盒 | CUSABIO Technology | -- |
| RNA干扰 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- |
| T细胞培养 | ImmunoCult-XF T细胞扩增培养基 | STEMCELL Technologies | 10981 |
| T细胞活化 | ImmunoCult人CD3/CD28/CD2 T细胞活化剂 | STEMCELL Technologies | 10970 |
| T细胞培养 | 白细胞介素-2 | Pepro Tech | -- |
| T细胞杀伤实验 | 抗CD3抗体 | eBioscience, Thermo Fisher Scientific | 160027 |
| LAG-3阻断 | 瑞拉利单抗 | Selleck Chemicals | A2029 |
| 对照抗体 | 对照IgG | Sino Biological | HG4K |
| 质谱分析 | TIMS-TOF Pro质谱仪 | Bruker Daltonics | -- |
| 动物实验 | 抗PD-L1单克隆抗体 | -- | -- |
| 免疫组化 | 脱蜡液 | Solarbio Life Science | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| FGL1乙酰化检测 | 去乙酰化酶抑制剂的浓度和处理时间(TSA 5 μM, 16 h;NAM 10 mM, 6 h);Flag-FGL1稳定表达细胞株 阅读提示:Methods: Cell culture, transfection, virus infection, and treatments;Figure 1A-C |
| FGL1降解机制 | 蛋白酶体抑制剂MG132使用条件(浓度和时间);FGL1蛋白半衰期测定(CHX浓度100 μg/mL) 阅读提示:Methods: Cell culture, transfection, virus infection, and treatments;Figure 1J-L; Supplemental Figure 1 |
| SIRT2去乙酰化实验 | SIRT2过表达或敲低的效率验证;SIRT2催化失活突变体(H187Y);AGK2处理浓度和时间 阅读提示:Methods: Cell culture, transfection, virus infection, and treatments; Plasmids; RNA interference;Figure 2 |
| 体外T细胞功能实验 | 共培养体系中肿瘤细胞预处理浓度和时间;Jurkat细胞活化条件(PHA 500 ng/mL, 72 h);共培养比例和时长;T细胞杀伤实验中效应和靶细胞比例 阅读提示:Methods: Coculture experiments; T cell–mediated tumor cell–killing assay;Supplemental Figure 3 |
| 体内联合治疗实验 | 肿瘤模型建立(细胞数量、注射部位);药物剂量和方案(AGK2 10 mg/kg, i.p., 每周三次;阿司匹林 50 mg/kg, i.p., 每天一次;anti-PD-L1 100 μg, i.p., 指定天数);分组和随机化方法;生存期终点标准 阅读提示:Methods: Animal experiments;Figure 3A-D, Figure 5A-D |
| 阿司匹林直接乙酰化实验 | 重组FGL1蛋白浓度、阿司匹林浓度(0.125-0.25 mM)和孵育时间(30 min);质谱分析流程 阅读提示:Methods: Mass spectrometric analysis;Figure 4A-C |
| 临床样本分析 | 组织芯片的来源和样本数(94例HCC, 86例癌旁);IHC染色评分标准;统计分析选择(t检验、Pearson相关、Kaplan-Meier) 阅读提示:Methods: Human tissue microarray analysis; Statistics;Figure 6 |