G55表达调控机制验证
验证TP53缺失是否通过miR-34a上调G55表达
通过CRISPR/Cas9敲除A549细胞TP53,检测G55表达;使用miR-34a模拟物和抑制剂、p53表达载体、3'UTR荧光素酶报告基因和ChIP实验
A protumorigenic secretory pathway activated by p53 deficiency in lung adenocarcinoma
包含体外细胞实验(增殖、迁移、侵袭、克隆形成)、体内动物模型(同系免疫活性小鼠、裸鼠)、患者来源异种移植、条件培养基蛋白质组学、分子机制验证(miR-34a靶点、蛋白相互作用、囊泡 trafficking)等多层级验证。
TP53缺失A549细胞系 TP53突变LUAD细胞系(H1299、H2122、CALU-1等) 鼠源344SQ/344P同系移植瘤模型 患者来源肺腺癌异种移植(PDX)
TP53状态(WT vs KO vs 突变)及p53表达水平 G55表达调控(miR-34a依赖性) GRASPIN处理浓度(10μM体外,25或50mg/kg体内)及给药方案 分泌蛋白(IGFBP2、SPP1)的检测方法 体内模型类型(同系、裸鼠、PDX)及肿瘤接种细胞数
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证TP53缺失是否通过miR-34a上调G55表达
通过CRISPR/Cas9敲除A549细胞TP53,检测G55表达;使用miR-34a模拟物和抑制剂、p53表达载体、3'UTR荧光素酶报告基因和ChIP实验
评估G55对TP53突变LUAD细胞增殖、迁移、侵袭和克隆形成的影响
使用siRNA/shRNA敲低G55,进行WST-1增殖、软琼脂克隆形成、Boyden小室迁移侵袭实验;过表达G55观察相反效果
验证G55对肿瘤生长和转移的作用
将G55敲低的344SQ细胞皮下注射同系免疫活性小鼠,或过表达G55的344P细胞注射,测量肿瘤重量、肺转移灶和生存期
鉴定G55依赖性分泌蛋白
收集G55缺陷和对照细胞的CM,进行LC-MS分析,比较蛋白丰度,并验证关键蛋白(SPP1、IGFBP2)
验证SPP1和IGFBP2在肿瘤进展中的作用
使用siRNA或中和抗体敲低SPP1、IGFBP2,进行体外功能实验(克隆形成、迁移、侵袭)和体内肿瘤模型;加入重组蛋白回补
验证G55-G45相互作用抑制剂GRASPIN的抗肿瘤作用
用GRASPIN处理细胞和动物,检测G55-G45结合、IGFBP2/SPP1分泌、细胞增殖、克隆形成、肿瘤生长和转移
阐明G55依赖性分泌的分子机制
通过Co-IP、pull-down、LC-MS鉴定相互作用蛋白;敲低G45、MYOIIA、RAB6A等观察分泌和囊泡形成;使用突变体和阻断肽验证功能性相互作用
评估G55依赖性分泌对血管生成和免疫浸润的影响
流式分析肿瘤组织中内皮细胞和CD8+ T细胞亚群;HUVEC管形成实验;多因子检测细胞因子
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| jetPRIME转染试剂 | Polyplus | -- | |
| 药物处理 | GRASPIN | Vitas-M Laboratory | PubChem CID: 3113208 |
| 渥曼青霉素 | MilliporeSigma | -- | |
| 3-甲基腺嘌呤 | MilliporeSigma | -- | |
| Nutlin-3 | MilliporeSigma | -- | |
| 布雷菲德菌素A | MilliporeSigma | -- | |
| 抗体 | 抗G55抗体 | Novus Biologicals | NB100-74431 |
| 抗GM130抗体 | BD Transduction Laboratories | 560066 | |
| 抗G45抗体 | Aviva Systems Biology | OAAN01805 | |
| 抗GOLPH3抗体 | Abcam | ab98023 | |
| 抗IGFBP2抗体 | Proteintech | 11065-3-AP | |
| 抗SPP1抗体 | Proteintech | 22952-1-AP | |
| 抗MYO18A抗体 | Proteintech | 14611-1-AP | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | MilliporeSigma | T9026 | |
| 抗EGFP抗体 | MilliporeSigma | G6539 | |
| 抗PARP-1抗体 | Cell Signaling Technology | 9542 | |
| 抗血凝素标签抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| 抗p53抗体 | Cell Signaling Technology | 9282 | |
| 抗GM130抗体 | Cell Signaling Technology | 12480 | |
| 抗EEA1抗体 | Cell Signaling Technology | 3288 | |
| 抗泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 43124 | |
| 抗肌球蛋白IIA抗体 | Cell Signaling Technology | 3403 | |
| 抗ACBD3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-101277 | |
| 抗GRASP65抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-374423 | |
| 抗p53抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-126 | |
| 抗钙联蛋白抗体 | Abcam | ab22595 | |
| 抗RAB11抗体 | Abcam | ab95375 | |
| 抗RNA聚合酶II抗体 | MilliporeSigma | 05-623 | |
| 中和抗体 | 抗IGFBP2中和抗体 | R&D Systems | AF674 |
| 抗SPP1中和抗体 | R&D Systems | AF1433 | |
| 重组蛋白 | 重组IGFBP2蛋白 | Abcam | ab63223 |
| 重组SPP1蛋白 | Abcam | ab92964 | |
| ELISA试剂盒 | 人IL-6 ELISA试剂盒 | Abcam | ab46027 |
| 细胞增殖检测 | 细胞增殖试剂WST-1 | Roche | -- |
| 凋亡检测 | 死细胞凋亡检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | V13242 |
| ChIP实验 | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9002 |
| RNA提取 | RNeasy小型RNA提取试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| 反转录 | qScript cDNA预混液 | Quanta Biosciences | -- |
| qPCR | SYBR Green实时PCR预混液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白质组学 | S-Trap离心柱 | protifi.com | -- |
| 三(2-羧乙基)膦 | Thermo Fisher Scientific | 77720 | |
| 高尔基体分离 | Minute高尔基体富集试剂盒 | Invent Biotechnologies | GO-037 |
| 细胞培养 | 内皮细胞生长培养基-2 BulletKit | Lonza | CC-5035 |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | InvivoGene | -- | |
| G418 | Corning | -- | |
| 转染 | GFP-G55质粒 | -- | -- |
| Myosin-IIA-GFP质粒 | -- | -- | |
| EGFP-RAB6A质粒 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基类型、血清浓度、培养条件 阅读提示:Methods - Cell lines |
| TP53敲除实验 | guide RNA序列、转染方法、敲除验证 阅读提示:Methods - Cell lines |
| miR-34a调控实验 | miR模拟物/抑制剂浓度、转染效率、3'UTR报告基因序列 阅读提示:Results - Figure 1, Methods - Luciferase reporter assays |
| 细胞功能实验 | 细胞密度、处理时间、Matrigel浓度等 阅读提示:Methods - Cell proliferation, colony formation, migration and invasion assays |
| 体内肿瘤模型 | 小鼠品系、细胞注射数量、注射部位、药物剂量和给药方案 阅读提示:Methods - Animal husbandry, Figure legends - Figure 4 |
| 分泌蛋白检测 | CM收集时间、过滤孔径、Western blot条件 阅读提示:Methods - CM assays |
| GRASPIN处理 | 体外处理浓度和时长;体内给药剂量、频率、溶剂 阅读提示:Methods - Reagents, Figure legends - Figure 4 |
| 高尔基体分离 | 试剂盒操作步骤、细胞数量、离心条件 阅读提示:Methods - Isolation of Golgi and vesicle fractions |