鉴定PLEK2信号体组分
确定PLEK2相互作用蛋白,发现新的信号体组分
通过生物素连接酶标记PLEK2的亲和纯化及质谱鉴定,并用链霉亲和素下拉和共免疫沉淀验证与PPIL2的相互作用。
PPIL2 is a target of the JAK2/STAT5 pathway and promotes myeloproliferation via degradation of p53
包含体外细胞实验(CD34+细胞、HUDEP-2细胞)、体内小鼠模型(Jak2V617F敲入、骨髓移植)、人iPSC来源骨髓类器官,并进行了机制验证(泛素化、蛋白稳定性)。
人CD34+造血干祖细胞来源的红系细胞 小鼠骨髓lineage阴性细胞来源的红系细胞 Jak2V617F敲入小鼠模型 iPSC来源人骨髓类器官
PPIL2与PLEK2的相互作用通过streptavidin pulldown和co-IP验证 PPIL2对p53的泛素化及降解作用在HEK293T细胞中验证,包括半衰期、泛素化检测 Ppil2缺失在Jak2V617F小鼠模型中通过骨髓移植验证其对MPN表型的影响 环孢素A在Jak2V617F小鼠模型中的治疗效果(剂量、给药方式) 人骨髓类器官中患者来源CD34+细胞的植入及环孢素A处理效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定PLEK2相互作用蛋白,发现新的信号体组分
通过生物素连接酶标记PLEK2的亲和纯化及质谱鉴定,并用链霉亲和素下拉和共免疫沉淀验证与PPIL2的相互作用。
验证PPIL2在红系分化中的功能
在人CD34+细胞和小鼠骨髓lineage阴性细胞中敲除PPIL2,检测细胞增殖、分化和凋亡。
验证PPIL2与p53的相互作用及其E3连接酶活性
通过免疫共沉淀、GST下拉、泛素化实验、蛋白半衰期测定和结构域映射,证明PPIL2直接结合并泛素化p53,促进其降解;并检测MDM2的依赖性。
评估Ppil2在造血中的体内功能
通过骨髓移植将Ppil2敲除的c-Kit+ HSPCs移植到致死辐照受体小鼠,检测血常规、骨髓和脾脏红系造血。
证明PPIL2受JAK2/STAT5通路直接调控
利用EPO刺激、JAK抑制剂鲁索替尼、STAT5抑制剂以及STAT5过表达/突变体,检测PPIL2表达;通过荧光素酶报告基因、DNA下拉和ChIP-qPCR验证STAT5与PPIL2启动子结合。
验证PPIL2在MPN患者中的表达上调
分析公开数据库(GSE54644)中MPN患者的PPIL2 mRNA表达,并在独立患者队列中检测PBMC的PPIL2表达(qPCR和Western blot)。
评估Ppil2缺失是否改善MPN表型
从Jak2V617F敲入小鼠中纯化c-Kit+ HSPCs,敲除Ppil2后移植至受体小鼠,8周后分析血常规、脾重、红系分化、HSPC群体及组织病理。
测试环孢素A对PPIL2功能抑制及MPN治疗潜力
体外:用CsA处理小鼠红系母细胞,检测增殖、分化、PPIL2和p53水平及泛素化;体内:在Jak2V617F移植小鼠中单独给予CsA,评估血常规、脾重和组织病理。
评估联合治疗是否增强疗效
体外:用CsA、nutlin、RG7112及组合处理;体内:用低剂量CsA和RG7112单独或联合处理移植小鼠,分析血常规、红系分化、p53/p21表达及组织病理。
在人类背景下验证CsA对JAK2突变细胞的敏感性
将JAK2V617F突变MPN患者的CD34+细胞植入iPSC来源骨 marrow organoids,并用CsA处理,检测供体红系和髓系细胞比例变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | StemSpan SFEM培养基 | StemCell Technologies | -- |
| IMDM培养基 | -- | -- | |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | StemCell Technologies / Gibco | -- | |
| 细胞因子 | 重组人促红细胞生成素 | Amgen | -- |
| 干细胞因子 | -- | -- | |
| 白细胞介素-3 | StemCell Technologies | -- | |
| 白细胞介素-6 | StemCell Technologies | -- | |
| Flt3配体 | -- | -- | |
| 细胞培养 | 人全转铁蛋白 | MilliporeSigma | -- |
| 重组人胰岛素 | MilliporeSigma | -- | |
| 地塞米松 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 强力霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 药物处理 | 环孢素A | -- | -- |
| Nutlin | -- | -- | |
| RG7112 | Selleck | -- | |
| 鲁索替尼 | -- | -- | |
| MG132 | -- | -- | |
| 转染 | TransIT-LT1转染试剂 | Mirus | -- |
| 病毒包装 | 聚凝胺 | MilliporeSigma | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | Superscript III逆转录酶 | Invitrogen | -- |
| PerfeCTa SYBR Green qPCR FastMix ROX | Quanta BioSciences, Inc. | -- | |
| Western blot | 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- |
| 磷酸酶抑制剂PhosSTOP | Roche | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | Merck KGaA | -- | |
| 脱脂奶粉 | Bio-Rad | -- | |
| ECL HRP底物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 流式细胞术 | CD235a-PE-Cy7抗体 | BioLegend | 349112 |
| CD71-FITC抗体 | eBioscience | 2460053 | |
| Ter119-APC抗体 | eBioscience | 17-5921-83 | |
| CD71-FITC抗体 | eBioscience | 11-0711-85 | |
| Hoechst-33342-BV421染料 | Thermo Fisher Scientific | H3570 | |
| CD44-FITC抗体 | BioLegend | 103006 | |
| CD45-PE抗体 | eBioscience | 12-0454-83 | |
| Gr1-PE抗体 | eBioscience | 12-5931-83 | |
| CD11b-PE抗体 | eBioscience | 12-0112-83 | |
| Sca1-FITC抗体 | BioLegend | 160908 | |
| cKit-BV421抗体 | BioLegend | 105820 | |
| CD34-PE抗体 | BioLegend | 128610 | |
| CD135-APC抗体 | BioLegend | 135310 | |
| CD16/32抗体 | BioLegend | 156608 | |
| CD11b-PE-Cy7抗体 | BioLegend | 101216 | |
| CD3-FITC抗体 | BioLegend | 344803 | |
| CD34-BV421抗体 | BioLegend | 343609 | |
| CD235-PE抗体 | BioLegend | 306603 | |
| 免疫沉淀 | 抗Flag磁珠 | -- | -- |
| 抗V5磁珠 | -- | -- | |
| 蛋白A/G琼脂糖珠 | Bimake | -- | |
| GST下拉 | MagneGST谷胱甘肽磁珠 | Promega | -- |
| MagneHis磁珠 | Promega | -- | |
| DNA下拉 | 链霉亲和素偶联Dynabeads | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ChIP | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9002 |
| 抗STAT5抗体(25656) | Cell Signaling Technology | 25656 | |
| 抗组蛋白H3抗体(4620) | Cell Signaling Technology | 4620 | |
| 正常兔IgG(2729) | Cell Signaling Technology | 2729 | |
| 类器官成像 | Nikon AXR共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
| Imaris软件 | -- | -- | |
| 类器官培养 | StemFlex培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RevitaCell添加剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| APEL2培养基 | StemCell Technologies | -- | |
| 骨形态发生蛋白4 | -- | -- | |
| 成纤维细胞生长因子2 | -- | -- | |
| 血管内皮生长因子165 | -- | -- | |
| 血管内皮生长因子C | -- | -- | |
| 促血小板生成素 | -- | -- | |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | -- | -- | |
| I型胶原酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| CellTrace远红外染料 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 骨髓移植 | c-Kit+细胞分选试剂盒 | StemCell Technologies | -- |
| 新霉素 | MilliporeSigma | -- | |
| 多粘菌素B | MilliporeSigma | -- | |
| 血细胞分析 | Hemavet 950血液分析仪 | Drew Scientific | -- |
| 统计 | GraphPad Prism 9.0软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人CD34+细胞红系分化 | 人CD34+细胞来源、培养阶段(I-III)的细胞因子组合(SCF、IL-3、EPO)和浓度,红细胞生成素浓度,转铁蛋白和胰岛素浓度,培养时间 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 小鼠红系分化培养 | 小鼠背景(C57BL/6),lineage阴性细胞分离方法,培养基成分(IMDM、FBS、BSA、转铁蛋白、胰岛素、β-巯基乙醇、EPO),EPO浓度(2 U/mL),培养时间 阅读提示:Methods: Cell culture |
| CRISPR-Cas9敲除 | sgRNA序列(PPIL2 sgRNA,Ppil2 sgRNA,ROS A26对照),载体(lentiCRISPR v2),感染复数(MOI),感染时间,筛选药物(puromycin浓度) 阅读提示:Methods: Virus packaging and infection |
| 免疫共沉淀(Co-IP) | 裂解缓冲液成分(Tris-HCl, NaCl, Triton X-100, PMSF, protease inhibitor, PhosSTOP),抗体(抗Flag, 抗V5, 抗Ppil2),蛋白量(1 mg),磁珠体积,洗脱方法 阅读提示:Methods: IP and GST pulldown assay |
| 泛素化实验 | 质粒(Flag-PPIL2, V5-p53, HA-Ub),MG132浓度(1 mM)和处理时间(6小时),变性IP条件(尿素8M,NaCl 75mM,HEPES 50mM) 阅读提示:Methods: IP and GST pulldown assay; Results: PPIL2 is an E3 ubiquitin ligase of p53 |
| 蛋白半衰期测定 | CHX浓度(2 μg/mL),时间点(0-6小时),Western blot检测p53水平,ImageJ定量方法 阅读提示:Figure 2, G and H; Methods: IP and GST pulldown assay |
| 荧光素酶报告基因 | PPIL2启动子片段长度(815bp,碱基79-893),质粒(pNL1.1-PPIL2, pGL-4.53, MAC-STA5A),转染量(0.5μg reporter, 0.02μg pGL-4.53, 0.5μg STAT5),转染后时间(24小时) 阅读提示:Methods: Luciferase reporter assay |
| ChIP-qPCR | ChIP试剂盒(SimpleChIP),抗体(抗Stat5, 抗H3,IgG),染色质量(10-15 μg),抗体量(3 μg),qPCR引物 阅读提示:Methods: ChIP-qPCR assay |
| 骨髓移植 | 供体鼠(WT, Jak2V617F, p53 KO)年龄(6-10周),受体鼠(CD45.1+)辐照剂量(9.5-10 Gy),移植细胞数(1-2×10^6),CRISPR敲除感染细节(MOI,时间),抗生素水配方 阅读提示:Methods: Bone marrow transplantation |
| 环孢素A处理 | CsA浓度(体外:0-20 μM;体内:60 mg/kg/day IP,或联合用药时20-37.5 mg/kg/every 2 days),处理时间(体外1-2天,体内1周或8周),溶剂对照(DMSO) 阅读提示:Methods: Mice; Results: Inhibition of Ppil2 blocks erythropoiesis... |
| 类器官实验 | iPSC来源(StemCell Technologies)、分化方案(StemFlex, APEL2, 细胞因子配方),患者CD34+细胞数量(5,000),共培养时间(3天),CsA浓度,流式抗体组合 阅读提示:Methods: Bone marrow organoids derived from iPSCs |
| 统计设计 | 样本量(n),重复次数,统计方法(t检验、ANOVA),显著性阈值(P<0.05),数据展示(mean ± SEM) 阅读提示:Methods: Statistics |